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关于上帝存在的第四项证明，是从承认有限物的种种完善程度开始的，也就是说，事先设定存在着某种十全十美的事物。第五项论证指出，自然界的非生命体似乎要顾及某个目的，即让世界充满某种秩序。这种观点是说一个外在智力的目的要如此来获得满足，因为非生命体不可能具有自己的目的，该论证被称为目的论证或设计论证。它假设必须对秩序加以解释，这样的假设当然是没有逻辑根据的，因为我们同样也可以说，无序也需要解释，那么论证也就走上了歧途。托马斯否定了圣·安瑟伦的本体论，但奇怪的是，他并不是从逻辑上否定，而是从实用角度否定它。既然被创造的（因此也是有限的）心灵不能理解上帝的本质，那么上帝的存在（隐含于本质）实际上就永远也不可能这样推导出来。
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新柏拉图主义的上帝似乎与世界一样广阔而悠久，而托马斯的上帝则是一种处于被创造世界之上的无形的天父，并且具有无限多的、一切肯定性质。这一点是从上帝存在的空洞事实中推出来的，尽管我们否定这一问题的答案。托马斯认为，有限的心灵不能做出肯定的定义。
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◎罗吉尔·培根
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正是由于托马斯的描述和改编，亚里士多德学说才能主导文艺复兴前的哲学界。但是在文艺复兴时期遭到拒绝的也并不全是亚里士多德和托马斯的教导，更多的只是某些愚昧的形而上学思辨习惯。罗吉尔·培根反对的就是这种形而上学思辨，他强调了经验研究的重要性。培根是一位弗兰西斯派学者，由于他们的影响，中世纪的思维方式开始瓦解。培根与托马斯是同时代人，但他从未反对过神学。在为后来的研究路线奠定基础时，他也无意去破坏教会在宗教事务中的权威。事实上，13世纪后期和14世纪初期的弗兰西斯派思想家也大多如此，不过，他们对信仰与理性问题的态度和观点，却加快了中世纪的崩溃。
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前面说过，托马斯主义认为理性与启示可以重叠。弗兰西斯派学者们重新研究了这一问题，并寻求两者之间更准确的定义。通过对智慧领域和信仰领域的明确划分，他们试图让纯粹的神学摆脱对古典哲学的依赖。但同时，哲学也由此割断了它对神学目的的从属关系。随着对哲学思辨的自主追求，科学研究开始了。尤其是弗兰西斯派再次强调了鼓励数学研究的新柏拉图主义的作用。理性探索被严格排除在信仰领域之外，这就要求科学与哲学不要再对信仰条款吹毛求疵。同时，信仰也不得随便宣布教义，它必须让理性的科学和哲学能够坚持己见。和以前相比，这种情形导致了更尖锐的冲突。因为，如果信仰的执行者对某件事发号施令，却又发现事实上这是错的，那么接着他们就得收回成命，否则就要在自己没有资格的领域进行论争。启示要想保持自己的独立性，惟一的办法就是不加入辩证法的论争。用这种方式，人们才能在献身于科学研究的同时，还能坚持对上帝的信仰。托马斯主义者试图证明上帝的存在，但这种论证不仅本身没有取得成功，而且还削弱了他们的神学地位。从宗教信仰的角度看，这意味着理性标准根本不适用，在某种意义上，灵魂可以自由、忠诚地对待它所喜爱的一切。
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罗吉尔·培根大约生于1214年，死于1294年，不过这两个年份都不很确切。他在牛津和巴黎求学期间，全面地掌握了所有学问分支的渊博知识，这有点像过去的阿拉伯哲学家。他在反对托马斯主义时是直言不讳的。托马斯在不能直接阅读原著的情况下，竟然只根据译本写出了关于亚里士多德的权威评注，这一点似乎令他很吃惊。译文是不可靠也不可信的，更何况，亚里士多德虽然很重要，但还有同样重要的东西，尤其是托马斯主义者不大懂数学。要获得新知识，我们必须依靠实验，而不是权威。培根并没有批判经院辩证法的演绎法本身，但他坚持认为，仅仅推导结论是不够的，要使人信服，则必须经得起实验的验证。
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◎阿西西的圣·弗兰西斯，弗兰西斯修士会的创始人。
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这种新颖的观点自然会引起正统派的反感。1257年，培根被逐出牛津，并流亡到巴黎。1265年，居·德·福勒克（前教廷驻英格兰使节）当上了教皇，即克莱门特四世。教皇对这位英国学者很感兴趣，就请他写一篇自己的哲学纲要。1268年，培根不顾弗兰西斯派的禁令，提交了这份纲要。他的学说得到了教皇的支持，于是获准返回了牛津。但教皇当年就去世了，这时的培根仍然没有学会圆滑的处世之道。1277年，大规模的定罪讨伐运动发生了，培根和别的许多人都被召去解释自己的观点。不知道是根据哪一条来认定他有罪的，总之他坐了十五年的牢，1292年才获释，两年后他就去世了。
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邓斯·司各脱（约1270～1308）对哲学的兴趣更大，我们从他的姓氏可以看出，他是苏格兰人，也是弗兰西斯修士会成员。他是在牛津上的学，23岁时成了牛津的一名教师。后来他到巴黎和科隆执教，最后在科隆去世。邓斯·司各脱更为明确地指出了信仰与理性之间的分离。一方面，理性的范围在逐渐缩小，另一方面，上帝恢复了完全的自由和独立。涉及上帝的神学，不再是一种理性学科，而是一种为启示所激发的有用信仰。正是凭着这种精神，邓斯拒绝接受托马斯主义者关于上帝存在的种种论证，因为他们所依赖的是感知经验。同样，他也拒绝接受奥古斯丁的论证，因为它们在某种程度上要借助于神的启发。既然论证与证明属于哲学，而神学又与哲学互相排斥，因而他就不能接受奥古斯丁的证明。另一方面，他并不反对将一种概念性证明建立在第一个无起因存在的观点之上，这多少有点倾向于阿维森纳。这实际上是安瑟伦本体论的一个变种。然而关于上帝的知识是不可能通过被创造的事物来获得的，因为它们的存在只是偶然的，而且取决于上帝的意志，实际上，万物的存在与本质是一致的。不妨回顾一下，托马斯认为这种同一性有助于对上帝进行定义。知识源于本质，所以它们与上帝心中的理念不同，因为我们不能认识上帝。既然本质与存在相一致，那么使个体得以存在的东西就不可能是物质，而必须是形式，这和托马斯的观点是相对立的。尽管邓斯认为形式是实质性的，但也并不赞同彻底的柏拉图实在论。在个体中就可能存在这各种各样的形式，由于它们只是在形式上有所不同，所以它们是不可能独立存在。
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◎邓斯·司各脱认为意志支配着理性；柏拉图则持相反的观点。
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正如上帝的意志产生了至高无上的力量一样，邓斯认为在人的灵魂中，正是人的意志左右着人的智力，是意志的力量给了人们自由，而智力则受其所指对象的限制。我们从这一点就可以得出结论，意志只能把握有限的事物，因为无限物的存在是必然的，因此就取消了自由。自由学说是符合奥古斯丁传统的，它通过弗兰西斯派的学者之手，极大地影响了怀疑主义。假如上帝不受世界永恒法则的约束，那么我们可以相信上帝什么，也就令人怀疑了。
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一种更为激进的经验主义出现在奥卡姆·威廉的著作中。奥卡姆是弗兰西斯派学者中最伟大的一位，他大约在1290～1300年之间的某个时候，生于苏黎的奥坎姆。他在牛津求过学，也授过课，后来又去了巴黎。由于他的学说不大合乎正统，1324年，他奉命去阿维农晋见教皇。四年后，他再一次与教皇约翰二十二世发生了争执。唯灵派（弗兰西斯修士会的一个极端教派）坚持清贫的苦行生活，曾引起教皇的不快。教皇在形式上拥有修士会产权的协定已经实行了一段时间，现在却被取消了，于是许多修士会成员公然蔑视教廷的权威。由于奥卡姆、巴都阿的马西哥利欧、西塞纳的米凯尔（修士会会长）站在反叛者一边，因此在1328年被教皇开除了教籍，所幸的是，他们逃离了阿维农，并在慕尼黑路易皇帝的宫廷中受到了保护。
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在两股力量的斗争中，教皇扶持了另一位伪皇帝，并开除了路易的教籍。路易针锋相对，也在一次全教会议上以异端的罪名指控了教皇。为了报答皇帝的保护，奥卡姆自愿充当了皇帝咄咄逼人的小册子的撰稿人，对教皇口诛笔伐，猛烈抨击其插手世俗事务的行为。1338年，路易去世，而奥卡姆仍然留在慕尼黑，直到1349年去世。
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巴都阿的马西哥利欧（1270～1342）是奥卡姆的朋友和难友。他也同样反对教皇，并且对世俗与宗教势力的组织、职能提出了十分现代的观点。在这两方面，最终的统治权都应当属于大多数人民，全教会议也应通过全民选举形成，只有这样的会议才有权开除人的教籍。全教会议可以独立制定正统标准，但教会不得干预国事。虽然奥卡姆的政治思想并不都是如此极端，但也深受马西哥利欧的影响。
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◎奥卡姆的剃刀，节省的原则；运用最简单的假设。
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在哲学方面，奥卡姆比其他任何一位弗兰西斯派学者都更接近于经验主义。邓斯·司各脱尽管把上帝请出了理性思维的领域，但仍保留着一定程度的传统形而上学，而奥卡姆则全面地反对形而上学。按照奥卡姆的观点，柏拉图、亚里士多德及其追随者所坚持的一般本体论，是根本不能成立的。实在性隶属于个别、单一的东西，只有它们才可能成为经验的对象，并产生直接而明确的知识。这就是说，亚里士多德苦心经营的形而上学体系是完全多余的，它无法解释存在。我们应该在这个意义上来解释奥卡姆的如下论断：“能简则简，繁复无益。”这句话为另一句更有名的格言提供了基础，即“如非必要，勿增实体”。虽然这句格言不在奥卡姆的著作里，却作为“奥卡姆剃刀”闻名遐迩。当然，这里所说的实体是指传统形而上学中的形式和实质之类的东西。然而那些主要对科学方法感兴趣的后世思想家们，却对这一准则作了完全不同的曲解。当他们解释现象时，“奥卡姆剃刀”成了一种通用的节省原则。如果简单的解释说得过去，就不必寻求复杂的解释。当奥卡姆这样坚持存在属于个体时，他也允许在词语的逻辑领域出现字义的普遍知识。这并非一个直接理解的问题（针对个体），而是一个抽象的问题；另外，它也不保证这样得出的东西就会作为某物存在。因此，奥卡姆是一位地地道道的唯名论者。在严格的亚里士多德派意义上，逻辑必须被视为一种语言工具，它涉及的是术语的含义。在这一点上，奥卡姆发展了11世纪早期唯名论者的观点。事实上，鲍依修斯很早就坚决主张亚里士多德的范畴论是关于词语的。
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论述和交谈中使用的概念或术语完全是思想的产物。在没有用词语表达它们之前，它们被称为自然的共相或符号，与此形成对照的是约定俗成的符号。为了避免出现可笑的错误，必须仔细地将事物的陈述和词语的陈述区分开来。当我们谈及事物时，所使用的术语就叫第一概念；如果我们谈到的是词语，所用的术语则被称为第二概念，在论证过程中，保证所有使用的术语具有同一的概念是至关重要的。运用这些定义，就可以这样来表达唯名论者的观点：“共相”这个术语属于第二概念。实在论者认为共相具有第一概念是错误的。托马斯主义不仅赞同奥卡姆拒绝把共相概念看做事物的观点，他们还进一步同意允许共相先于事物而存在，犹如上帝心中的理念。前面说过，这一准则的源头要追溯到阿维森纳。然而，托马斯认为这是一个得到了理性支持的形而上学真理，而奥卡姆则把它看做一个神学命题，因此脱离了理性的领域。在奥卡姆眼里，神学是一个纯粹的信仰问题，上帝的存在是不能用逻辑证明来确立的。他在这一点上比邓斯·司各脱走得更远，他不仅拒绝了托马斯，而且拒绝了安瑟伦。他认为，不能通过感知经验来认识上帝，也不能通过理性手段来确立有关他的任何东西，是否相信上帝及上帝的种种属性，完全取决于我们有没有这种信仰。有关三位一体、灵魂不朽、创世纪之类的全部教义体系同样如此。
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于是，奥卡姆在这个意义上被说成了一个怀疑论者，但如果我们认为他是个异教徒，那就错了。通过对理性范围的限定，并使逻辑学摆脱形而上学与神学的约束，奥卡姆为促进科学研究的复兴做了大量工作；同时，信仰领域也向所有喜欢自由的人敞开了大门。因此，奥卡姆学说导致了一场在许多方面回归了新柏拉图传统的怀疑主义运动，也就不奇怪了。这一运动最有名的代表人物是爱克哈特大师（1260～1327），他是多米尼克教派成员，其理论完全不考虑正统的要求。在现有的教会看来，一个神秘主义者的危险性，即使不超过一个自由思想家，也会和后者一样。1329年，艾克哈特的学说被教廷宣布为异端。
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