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有一些讽刺性的文字参照相当直白。比如，“思想自由”这个条目就直接指向了狄德罗编撰的有关基督教的“偏狭”这个条目，其尖锐的论述促进了读者批判性观点的形成。另一些文字参照更加戏谑，比如“方济各会”，这个条目一本正经地从这个宗教团体的历史讲起，又不厌其详地描述了这些教士的祭服，尤其是祭服上的兜帽；结尾，条目赞扬了该宗教团体的肃穆、虔诚和道德准则，及其培养出的上帝出色的仆人。然而，这一条目相互参照的，则是有关“兜帽”的条目，在这段滑稽的文字中，狄德罗解释说，包括方济各会在内的很多宗教团体，曾激烈讨论过他们应当穿戴什么样式和形状的兜帽。紧随这个“事实”之后的是一段杜撰出来的故事，故事细致讲述了方济各会内部的两个派系长达一个世纪的战争：“一派想要窄兜帽，另一派想要宽点儿的。他们怀着深深的敌意，激烈地争论了一个世纪还没个结果，最终，还是靠四位教宗的诏书才勉强让他们偃旗息鼓。”[36]
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就讽刺的尖锐程度来讲，“方济各会”和“兜帽”这个相互参照，虽然将荒谬的趣闻逸事和詹森派与耶稣会之间无法解决的纷争相提并论，但还算比较温和。有一些主题和学科没有出现在狄德罗的“百科全书”这个条目中，而他们之间的对照可没有这么客气。最有名的是“食人族”：这个条目直接对应着“祭坛”、“教会”和“圣餐仪式”。
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因为有可能找到类似惊世骇俗的讽刺条目，读者在阅读《百科全书》时也就更加全面和详细。但狄德罗和达朗贝尔非常谨慎，没有把最明确的反宗教思想放在最显眼的地方。在处理潜在的敏感话题时，比如“亚当”“无神主义者”“天使”“洗礼”“耶稣”“有神论者”“圣约”，这两位编辑一般会遵循宗教正统。对于最具有煽动性的话题，比如唯物主义，狄德罗则选择了完全放弃。
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“植物羊”，《百科全书》描述的一种传说中的植物
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不过，狄德罗和达朗贝尔确实通过在辞典各处，尤其是在最晦涩的条目中安插反宗教理念来自娱自乐。比如，狄德罗在辞典中写到了中亚地区的“植物羊”。传说这种植物会开出巨大的花朵，花朵中会生长出像羊一样的动物，有头有蹄，其腹部和植物高大的主干相连。写到这里时，狄德罗提醒读者，一个“事实”越是看起来令人惊奇，人们越是应当去寻找能够证明其真实性的目击者。狄德罗最后总结道，所有这种奇迹从来都没几个人亲眼见过，所以“不足为信”，而读者对这一总结的弦外之音应该都心知肚明。[37]
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狄德罗和达朗贝尔还运用了另一类讽刺：他们在一些条目的编写上古板而郑重其事地墨守成规，带来了独特的嘲讽效果。比如，马莱神父为了解释“诺亚方舟”这个条目，编撰了长达五千字的枯燥内容，为了从神创论者的角度讲述世界的起源，这位神父花费的功夫之多简直到了荒唐可笑的程度。他讲解了方舟的建造用了多少木材，有多少动物被救（和被宰杀食用），以及为了处理船上成千上万的动物的排泄物而建造的粪便处理系统。无论马莱神父自己是否意识到了这一点，但他对传统的教廷教义的详细解释，不仅让他的这段文字深陷令人难以信服和自相矛盾的泥沼，而且他提出的问题远比他解决的要多。
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并不是所有的条目都使用了这种间接的讽刺。1750年，狄德罗为“灵魂”这个极具争议的条目撰写了一篇文章，并将其附在了基督教哲学家克洛德·伊冯神父对这一话题的讨论之后。伊冯应狄德罗的邀请编写该条目，并为之撰写了一篇约一万七千字的长文，他在文中追溯了灵魂这一概念的历史，并反击了斯宾诺莎、霍布斯和唯物主义带来的威胁。从伊冯所采取的笛卡尔思想的角度来看，灵魂与上帝相连，和上帝一样是非物质且永生的，而且动物中只有人类有幸获得了这种无形的要素。读者不得不担心，面对这样一篇冗长的论文，狄德罗很可能会做出不明智的事情，无法忍住不做反驳。[38]
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狄德罗在他附加在这个条目后的文章中（该文在《百科全书》出版后立刻遭到了耶稣会人士的攻击），没有为艰涩的神学问题与伊冯纠缠不清，而是提出了一个比伊冯的论述简单得多的问题：如果说非物质性的灵魂是意识和情感的来源，那灵魂是在什么位置与身体连接起来的呢？是如笛卡尔所说的那样，在松果体那里吗？还是在大脑呢？或者在是神经？心脏？血液？[39]在道出了神学无力回答的问题后，狄德罗接着指出，所谓的非物质性的意识和灵魂，与物质世界的联系，比人们想象的要紧密得多。狄德罗说，如果一个人在出生时，接生婆的操作出了问题，或是后来不幸中风，或者脑部遭到重击，“那他就与理性和判断力无缘了”，就得和具有所谓超越物质的灵魂“说再见”了。[40]狄德罗的批评者很清楚这位哲人的意思：灵魂实际上只存在于人们的想象中。[41]
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唯一比宗教更棘手的话题是政治。当时的法国没有政治党派，对煽动叛乱的惩罚是到桨帆船上服苦役，或是被处死，所以达朗贝尔和狄德罗从来没有明确地质疑王权在精神上和政治上的权威。但是，《百科全书》依然成功地倡导了自由、开明的准则，其中包括思想自由和对政治权力更理性的运用。《百科全书》中的这些文字与法国大革命时期的政治论调相比，或许显得有些不温不火，却在动摇专制制度的几个重要逻辑前提中扮演了重要角色。
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在这个方面，狄德罗最直接、最具威胁性的一个条目，是由他编撰但没有署名的“政治权力”，出现在《百科全书》的第一卷。有幸读到这个条目的读者立刻就会发现，条目的开头并不是对政治权力的定义，而是一个有力的断言，即无论上帝还是自然都没有给予任何个人统治的权力。[42]
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政治权力：没有任何一个人从自然那里获得了对其他人的管辖权。自由是上天赐给人类的礼物，同一物种中每个个体，一旦有了理性思考的能力，都有权享有自由。
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作为卢梭几年后在《论人类不平等的起源和基础》（1755）中提出的理论的预示，“政治权力”这个条目不止挑战了君权神授的理念。狄德罗在文中继续讲述了政治权力和社会不平等的起源，指出了两个可能的来源：一个是某个人通过“武力或暴力”夺走了他人的自由，这个观点来自霍布斯；另一个是某个被征服了的群体通过制定契约将统治权交给他人，这个观点来自洛克。狄德罗没有直接否定法国国王的统治权——他在后文中还歌颂了路易十五——但他提出了一个非常危险的想法，即政治权力的真正来源是人民，作为一个政治群体，人民拥有委托他人管理社会的权利，以及收回这个委托的权利，而这个权利是不可剥夺的。四十年后，法国大革命期间，1793年的《人权宣言》在其第三十五条，也就是最后一条中，不仅主张人民的统治权，而且主张人民拥有反抗压迫的权利和为反抗压迫而起义的责任，而正是“政治权力”这个条目中最有启发性的元素，搭建起了这一主张的核心框架。
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视觉的《百科全书》
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《百科全书》的两位编辑为传播颠覆性思想——无论是作茧自缚的神学条目，还是讽刺性的条目间的相互参照——设计了巧妙的表现方式，这是辞典最引人入胜的一面。然而，辞典中大多数的条目都不带有一丝讽刺的痕迹。《百科全书》的核心是数以万计、简单直接的条目，阐述了包括解剖学、建筑学、天文学、钟表制作、殖民活动、园艺、水力发电、医学、矿物学、音乐、博物学、绘画、药理学、物理和外科学在内的各类主题。与辞典中反对教权的和政治性的评述相比，其余收录于辞典中的知识，大部分都保持政治中立。但这些如同洪水一般涌来的信息，或许正是《百科全书》最重要的政治表达：对既有的知识结构的颠覆。
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最能体现这一点的，在于这部辞典对于当时的主要行业的展现，这些行业在《百科全书》共十一卷图编的插图中得到了华丽的描绘。[43]从第一卷插图中以对乡村中的家庭农业生产生活的表现为开始，在三千张插图之后，以一系列对纺织机的图解作为结束。这些图片涉及范围极广，其中包括有关各类手工业和技术的知识，比如针的制作工艺、制靴和造船，不仅将当时的各行各业和手工艺提升到了一个新的高度，而且重新定义了百科全书这类图书可以且应当涵盖的范围。[44]
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根据最初的设计，《百科全书》的插图部分本应作为对文字的视觉补充出现，只应有几百张。[45]但到最终成书时，插图和文字一样，成为《百科全书》至关重要的一部分。与制作这些插图有关的传说塑造了一个精力无比充沛，对知识无所不通的狄德罗的形象：为了制作这些插图的雕版，他在巴黎的各个作坊之间奔走、拜访工匠，将他们对技术通俗的叙述转化成优雅的法语表述，并照着他们使用的机器制作模型。狄德罗本人在辞典的《简章》中也为读者营造了相同的印象：“我们不遗余力，探访他们的作坊，向他们提问，将他们所说记录下来，将他们的思想具体化，用专门的表达描述他们的专业，绘制表格和示意图……像这样，我们通过多次、长时间的采访，清楚阐释了那些在其他地方没有得到完美回答，或者解释得晦涩，有时给出的回答不尽可靠的那些问题。”[46]
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毋庸置疑，这位出生于朗格勒的刀匠之子对某些行业有着特殊的兴趣——据说他对织袜机的模型非常入迷，一直将其摆放在自己的书桌上——但狄德罗很可能夸大了他与手工业者接触的程度与频率。从他后来的书信中看，他在18世纪50年代至60年代期间，将时间基本花在了编辑工作上，而大部分与插图相关的工作则交给了几位插图画家，为首的是让-雅克·古西耶。
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古西耶是《百科全书》的几位重要的无名英雄中的一位，他在1747年签约，开始了辞典的相关工作。在狄德罗的监督下和一小队草图绘制师的协助下，这位画家辛勤耕耘了25年，制作了所有2885张插图中的900余张。[47]根据现代的标准，在这个过程中花费的心血之多令人难以想象。首先，很多插图的主题需要大量的前期调研，然后才能画出初稿。据说，古西耶本人花了六周在蒙塔日专门研究造纸工艺，在卢瓦尔河畔科讷库尔花了一个月学习锚的制作，在香槟和勃艮第花了六个月了解铁艺和复杂的镜子制作工艺。
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古西耶和其他画家（包括伯努瓦-路易·普雷沃、A. J. 德·费尔和雅克-雷蒙·吕科特）将精细的插画制作完毕，就会马上交给狄德罗，由他在每一幅上签字批准，并用几个字标明插画可以送去制作成雕版。[48]通过审核的插画继而被送往雕刻师那里，由他们负责将纸上的绘画转刻到对开本大小的铜版上。
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狄德罗批准通过的签字
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《百科全书》中描绘雕版过程的插图表现出一个井井有条的工作场所。
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