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多年以来，狄德罗一直被反对百科全书派的团体指控为集各种违背法律和道德的行为于一身的罪魁祸首。然而，卢梭在这篇名为《关于戏剧问题致达朗贝尔的一封信》的文章中，指控狄德罗背信弃义，这比他经受过的任何公开攻击都更严重地伤害了他。说出这样的话的是他的知心朋友，是一个曾经与他相互钦慕的人，这让他难以承受。狄德罗不愿意与卢梭当众撕破脸，这样做对只能让仇者快，但他还是匆匆写下了一篇文章，以此回应与他断交的这位旧友对自己的背叛。这篇文章措辞激烈得有违他的平日作风，被收录在一本名为《书板》的笔记中，这部笔记集合了狄德罗的反思性文章。狄德罗写道，卢梭为了更深刻地激怒自己，已经变成了一个滥竽充数、满口假话的人；他“虚伪、像撒旦一样自负、不懂得感激，残忍、伪善且卑鄙”。狄德罗总结道：“事实上，他已经丧失人性了。”[55]
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1759，恐怖之年
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狄德罗和卢梭痛苦的决裂，恰好赶上了《百科全书》最艰难的几个月。1758年2月，伏尔泰预感到狄德罗、达朗贝尔、《百科全书》和羽翼未丰的文人共和国[56]将要进入一个新的充满危险的时代，宗教“狂热分子和恶棍”已经组成了“庞大的阵营”，马上就要将哲人们的喉咙“一个接一个地”割断。[57]身处安全无虞的日内瓦，伏尔泰敦促达朗贝尔和狄德罗，要么尽快停止巴黎的活动或者彻底离开巴黎，要么将整个《百科全书》工程转移到波茨坦或者圣彼得堡的宫廷。他向狄德罗保证，在那里，《百科全书》的全部潜力将最终得到实现，不受审查控制的思想将一卷接着一卷地流返法国，像炸弹一样砸向教廷。
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狄德罗很清楚继续留在巴黎将带来的风险和责任。但是，他在写给伏尔泰的信中说，选择留下同样有无数理由。首先，《百科全书》的手稿不是他想带到世界各地就可以的。手稿的所有者是勒·布雷顿及其合伙人。狄德罗写道：“在外国完成《百科全书》是个幻想。和供稿人签约的是几位编辑[58]；拿到的手稿属于他们，不属于我们。”狄德罗明确地告诉伏尔泰，更重要的是，离开是缺乏勇气的撤退行为：“放弃这项工程，就等于临阵脱逃，这正是那些恶棍想要的……我们应当怎么做？我们应当像勇士一样，鄙视我们的敌人，对他们发起追击，并且向我们一直以来所做的那样，利用那些审查官的愚蠢。”[59]
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这个充满勇气的立场在7月底接受了检验，当时，18世纪最激进的一部作品，克洛德-阿德里安·爱尔维修的《论精神》开始在各个书店中广泛销售。爱尔维修是一位非常富有的税款包收人，还是凡尔赛宫的侍臣，花钱买到了王后的侍应总管一职，这部分为上下两卷的专著在出版之前，是通过了符合标准的审查渠道的。这部作品的第一版由《百科全书》的合伙人之一洛朗·迪朗印刷，得到了审查官泰尔西耶的认可，他声明，这本书在他看来不存在任何问题。
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然而，爱尔维修的《论精神》通篇尽是冒犯之语。该书系统地讲解了人类的头脑及其动机，而且，这位反宗教作家比狄德罗更进一步将人类的状态简化为对愉悦和痛苦的一系列机械化反应。他的理论是，人类主要依据自身获取感官上的满足的能力，或者是避免身体和心理上的不适和痛苦的能力，来指导自己的生活。这种对人类精神的理解，不仅挑战了灵魂的概念、宗教的实用性和基督教长久以来坚持的先天观念，还呼吁应当对社会进行彻底的重组。
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爱尔维修的思想波及面过大，也几乎没有转圜之地，这令大部分哲人——甚至连那些与他一样持有唯物主义信仰的哲人——都感到让这本书出版很不明智。[60]凡尔赛宫的反应证实了哲人们的判断。爱尔维修亲自送了一本书给身为虔诚天主教徒的王太子，据说后者在读完这本书后，愤怒地冲出自己的房间，大声喊着要让王后看看她的侍应总管都写了些什么“美妙的东西”。[61]命令很快下达，该书遭到了禁止和焚毁，爱尔维修的特权被剥夺，审查官被革职。尽管爱尔维修在三个不同场合公开表示他后悔发表了这部作品，但他还是丢掉了在宫廷中的位置。
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《论精神》事件发生之后，《百科全书》迎来了最黑暗的日子。批评者们成功地将普拉德神父的论文和《百科全书》挂钩的事情仍历历在目，而一个更庞大的，由宗教、文学和王室势力组成的联盟也开始将爱尔维修的轻率之举归因于百科全书派煽动起来的放任自流的思想气候。比较重要的批评者中，王太子的门生亚伯拉罕-约瑟夫·德·肖梅出版了一部共六卷的作品，标题为《针对〈百科全书〉的合理偏见》，高唱辞典的反调。他毫不含糊地发出警告：阅读这本辞典，与吸收伪装成营养品的“毒液”没有什么分别。[62]
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这类文字上的指责得到了巴黎最高法院的支持。1759年1月，法国的检察总长奥默·德·弗勒里发出了针对爱尔维修和《百科全书》的公开谴责，文中言辞激烈地称“对上帝的不敬［现在正］昂首向前”，包括狄德罗和爱尔维修在内的思想家们正试图“传播唯物主义，毁掉宗教，激起独立精神，腐化道德品质”。[63]同月，最高法院再次发出了一个新的反对《百科全书》的声明，压倒性地支持禁止印刷商和其他所有人售卖和分送该辞典。[64]另外两个王室禁令也随之颁布，其中第二个是3月8日来自国王顾问委员会的最终“禁止令”。就这样，《百科全书》再一次被认定为非法出版物。
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狄德罗作为《百科全书》一直以来的编辑，承担着苦活、累活，也经历过各种充满戏剧性的事件，但这次，局势发展到了崩溃的边缘。狄德罗先是得到消息说教宗将《百科全书》列入了教廷禁书目录，这个目录列出了被天主教禁止的读物；而后他又惊恐地发现，有一位《百科全书》的匿名支持者写了一篇（颇为成功的）讽刺文章，抨击了亚伯拉罕·肖梅，而后者一生都致力于终结《百科全书》这个项目。凡尔赛宫的保守势力有充分的理由认为这一切都是狄德罗指使的，叫嚷着要把他投入监牢。[65]
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国王没有签发逮捕令，但是命令马勒泽布立刻没收《百科全书》的手稿。在1759年的春天，唯一对百科全书派有利的，是这整个事件发展的怪异方式。审查长兼图书业总管马勒泽布重复了几年前的做法，不仅在搜查的前一天向狄德罗发出预警，而且主动提出由自己来收缴这些手稿。这些数以千计的，已经校勘、整理过的稿件，被狄德罗整齐地摞在木箱中，存放在他位于塔兰内路上的办公室里。据狄德罗记述，搜查的前一天晚上，他成功地把这些木箱一个一个地从公寓的六楼搬了下来，运到了马车上。第二天，在警察们在巴黎各处搜寻手稿的踪迹时，马勒泽布正把这些木箱安全地运往自己的住所。
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对这一时期的紧张气氛最好的总结来自狄德罗本人，他将1759年早春的这些沉重的事件记录在了写给格林的一封长信中。面对着监禁或是流放的悲惨前景，同时也面对着将整个项目转移到荷兰或俄罗斯的可能性，狄德罗叙述了他与勒·布雷顿在后者位于阿尔普路的家中会面，一起商讨对策的情形。当晚，《百科全书》的另外三位印刷商，以及霍尔巴赫男爵，路易·德·若古和达朗贝尔也都在场。
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下午四点，我们坐到了一起。当时我们欢欣鼓舞，饮酒、大笑、用餐；夜幕降临，我们开始讨论手头的这个问题［即在禁止令颁布的情况下，如何继续编撰《百科全书》］。我说明了完成手稿所需的工作。我无法形容，我亲爱的同事［达朗贝尔］在听到我的描述时，有多么惊讶和不耐烦。他开始愤怒地控诉，像平时一样幼稚且鲁莽，对待其他几位编辑就像是对待用人一样。他认为继续这个项目是愚蠢的，还对我说了很多不中听的话，但我不得不咽下这口气。
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达朗贝尔越是反对，越是犯傻，我就越是用温和和平静回应他。很明显，《百科全书》没有比这个男人更坚定的敌人了……
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你猜猜看，我们的朋友霍尔巴赫伯爵，在［达朗贝尔大声抱怨的］过程中是什么表情？他都快坐不住了。我很怕达朗贝尔不理智的吵嚷随时都可能激怒他，让他忍不住和达朗贝尔吵起来。至于德·若谷爵士，他一个字儿都没说，只是低垂着头，仿佛吓呆了似的。最终，达朗贝尔结结巴巴地骂了几句，转过身，走了。他之后再也没联系过我。
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在这个傻瓜终于离开后，我们又回归到我们为之而聚首的这个项目上来。我们从各个角度审视了这部辞典；我们做了安排；我们相互鼓励，发誓要完成这个任务；我们一致同意，辞典的下一卷要和此前的几卷一样坚持自由的原则，如果需要，我们会在荷兰将其出版。[66]
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接下来的几周，达朗贝尔决定不再支持《百科全书》的编撰工作。由狄德罗及其合作者组成的团队的规模比之前小了很多，但他们仍然继续为辞典撰文，尽管这些工作是在他们各自的家中完成的。霍尔巴赫花费了大量时间，在他位于皇家路上、拥有三千本藏书的图书馆中查阅资料，编写了剩下的许多有关自然历史、冶金学、化学、哲学和历史的条目。同样，狄德罗在提到自己在1759年的状态时，形容自己的生活像修士一样单调：他天亮就起床，来到自己位于六楼的办公室，在创作戏剧、编写辞典条目，以及编辑辞典尚待出版的数以万计的条目这三个任务之间来回忙碌。
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毫无疑问，狄德罗在这一时期做了大量的工作，但辞典余下的部分主要是由路易·德·若古编写的。德·若谷骑士虽然是一位富有的贵族，但他选择成为一名医生，并于1751年他四十七岁时以谦逊的姿态成为百科全书派的成员。当时，他仍然在为丢失了一部规模巨大的手稿而痛心，他为了出版这部作品，前后花费了几十年。1750年，这部多卷本的解剖学辞典原本要被用船运往出版商那里，可是船刚驶出荷兰不久，就不幸随船沉到了北海的海底。1759年，眼看着《百科全书》马上就能完成，这位骑士决不能允许再次失去自己的作品。此后六年间，他为辞典倾注了全部心血，也因此赢得了“《百科全书》的奴隶”的绰号。这位不求闻名于世的骑士夜以继日地工作，与他自己出资雇来的多位抄写人员和秘书协同合作，最终将1.7万个条目交到了狄德罗手中。[67]他可以算是《百科全书》的第三位，也是没有获得荣誉的一位主编。
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路易·德·若谷，版画
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在《百科全书》第八卷的序言中，狄德罗终于对德·若谷完成的艰巨的工作表达了深深的感谢，并坦言：如果说自己和留下来的百科全书派人士现在可以像水手们一样高喊“靠岸喽”的话，那么这全都要归功于这位骑士做出的巨大努力。[68]但是，狄德罗私下常常讲这位辞典救星的坏话，说他呆板而无趣，是个抄写员，是将辞典庸俗化的人，没有独创性思想。狄德罗对德·若谷没有什么感激之情的一部分原因在于辞典最后几卷的品质令他很失望。在他看来，最后的这几卷有很多地方缺乏活力、智慧和幽默，与之前的编撰团队在辞典前几卷所达到的高度相去甚远。
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如果说德·若谷确实没有伏尔泰那样的机智，没有狄德罗那样的远见，也没有达朗贝尔的学术资历，然而这位辞典编写的老手可以说为辞典贡献了最具有进步意义，也是当时最激进的几个论点。在一个废奴运动刚刚萌芽的时代，他利用了手中的这个平台，以法国前所未见的方式谴责了奴隶制。他有力地反驳了很多出现在《百科全书》中的支持奴隶制的文章（这些主要出自研究殖民地的专家），立场鲜明地宣称，奴隶制“违背了宗教、道德、自然法，乃至所有符合人性的权利”。[69]他还明确表示，被奴役的非洲人，无论其受奴役的情形好坏，都有权宣布自己是自由的。[70]从他的角度来看，一切奴役人类的理由，无论是科学的、宗教的，还是经济的，都是“自由”这个原则所不能允许的，而人之所以为人，正在于“自由”。为了把最后这个观点彻底讲清楚，德·若谷说了一句让人记忆深刻的话，那就是他宁愿欧洲各国在加勒比地区的所有殖民地都“被毁掉”，也不能允许这样骇人听闻的事情继续发生。[71]德·若谷的这些思想对其他类似的思想进行了吸纳和总结，为之后对奴隶贸易更加深刻和激烈的谴责奠定了基础，其中一些由狄德罗在几年后提出。
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德·若谷不知疲倦和自我牺牲的工作花费了他大量的个人财产。狄德罗则奉献了自己的健康。从1759年开始，狄德罗胃部不适、痉挛和严重腹泻的老毛病出现了报复性地复发。他经常提到胸骨上方有一种无法消除的灼烧感，因此不得不放弃了红酒和美食给他带来的快乐，选择以牛奶为基础饮食，以求给身体带来短暂的安抚。然而，消化问题与狄德罗所经历的丧父之痛相比算不了什么。1759年6月初，老狄德罗因为严重的肺气肿离世。狄德罗犹豫再三，最终因为担心会让人以为自己要逃离巴黎，决定不回家去见父亲，因此失去了安慰父亲以及与父亲诀别的机会。在那年夏天剩下的日子里，狄德罗陷入了深深的自责，生活进入了一种完全停滞的状态。几个月后，狄德罗终于重新投入工作，他的计划很简单：埋首工作，熬过这段阴郁的时光。他写道：“工作是唯一能让我从悲痛中暂时走出来的办法。因此，我不停地工作……如果我的悲伤一直不减轻，我的同事们也［一直］支持我，那辞典的完成会比我之前保证的要快得多。”[72]然而，那时距《百科全书》最后的几卷正编全部印刷完成，还有足足六年的时间。
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新《特雷武词典》
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1759年秋，哲人们和《百科全书》的反对者有充分的理由认为他们清除公害的运动取得了令人满意的成果。他们得到了巴黎最高法院对辞典的声讨和国王顾问委员会签发的第二次禁书令，还促使教宗克勉十三世将辞典“打入地狱”，教宗不但宣布《百科全书》是对上帝的侮辱，而且还指示拥有辞典前七卷中任何一卷的人要将书交给当地的神父——烧掉。[73]但是，反对者为了给《百科全书》致命一击而使出的最巧妙的一招是在当年7月，当时，巴黎最高法院投票决定，要求印刷商返还4200名订阅者每人72里弗尔的订阅费。这一命令表面上是为了补偿那些已经给辞典无法再出版的部分付了款的人，实际上是为了通过30万里弗尔这个足以让这个项目破产的巨额资金，一劳永逸地斩断公众对无耻思想的渴望与印刷商们满足这一需求的能力之间的联系。