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两晋之际的儒学，与当时盛行的玄学，在理论上有很大的差别。因为玄学以老庄思想为骨架，讨论本末有无问题，在理论上和思想方法上都比当时的正统儒学有更大的吸引力。它像一股清新的空气吹进当时的思想学术园地，使传统儒学在理论形态上有相形见绌之感。对此裴亦深有感触，他说：
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盖有讲言之具者，深列有形之故(112)，盛称空无之美。形器之故有徵，空无之义难检；辩巧之文可悦，似象之言足惑。众听眩焉，溺其成说。虽颇有异此心者，辞不获济，屈于所狎，因谓虚无之理，诚不可盖。唱而有和，多往弗反，遂薄综世之务，贱功烈之用，高浮游之业，埤经实之贤。人情所殉，笃夫名利。于是文者衍其辞，讷者赞其旨，染其众也。(113)
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裴看到，玄学流行的原因之一，是听者感到眩惑，虽然存在着与玄学不同的想法，但由于“辞不获济”，因此很难与玄学展开辩论，时间一长，听者便“屈于所狎”，承认玄学在理论上的深刻性（“因谓虚无之理诚不可盖”），致使很多人在思想上成为玄学的俘虏。裴所谓的“辩名析理”、“辞不获济”，即是指儒学在语言上不能明确表达玄学的概念、逻辑及其中所包含的方法论等问题。也就是说，此时的玄学已在方法论上有所突破，其中尤以王弼的“得意忘言”和荀粲等玄学家的“言不尽意”为代表。他们以这样“新”的方法，论证天地万物“以无为本”的本体论。这与当时正统儒学比较起来，当然深刻得多。因此，儒学若不改变方法，就必然“辞不获济”。不是沉默寡言，束手无策；便是“屈于所狎”、“遂易门肆”。对这种状况，裴深感忧惧，他说：
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用矍然，申其所怀，而攻者盈集，或以为一时口言。有客幸过，咸见命著文，擿列虚无不允之征。若未能每事释正，则无家之义弗可夺也。退而思之，虽君子宅情，无求于显，及其立言，在乎达旨而已。然去圣久远，异同纷纠，苟少有仿佛，可以崇济先典，扶明大业，有益于时，则惟患言之不能，焉得静默？及未举一隅，略示所存而已哉。(114)
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这段话，可以表现裴捍卫儒家思想的使命感。第一，他主张“崇有”并非“一时口言”，即不是一时冲动或未经深思而随口说出的话。第二，他深感批评玄学贵无论并不是容易的事，认为要揭露贵无论的错误，必须在每一种事情上都有明确的要领和正确的方法（“每事释正”），否则贵无的理论就不能被驳倒。第三，他著《崇有论》的目的并不是为了出风头（“君子宅情，无求于显”），而是在于“崇济先典，扶明大业，有益于时”。即弘扬儒家的经典教训，以恢复王者的事业，有益于时代的发展。正因裴注意到玄学的理论特点，因此在与玄学的辩论中，虽然“攻难交至”、“攻者盈集”，但他“赡于论难”、“并莫能屈”，表现了裴坚定的儒学立场。
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裴《崇有论》的出现，标志魏晋南北朝的儒学进入了一个新阶段。其显著特点是正统的儒家学者也学会了使用玄学语言，并运用“辩名析理”的方法，与玄学思潮相抗衡，这为儒学在理论上的深化并建立儒家的哲学形上学和本体论创造了条件，开辟了道路。裴的《崇有论》即是儒学在理论上深化的代表作。因为玄学贵无论以“本末有无”问题为核心，建立起“以无为本”的本体论学说，裴亦借用“有”、“无”概念，并集中讨论二者的关系，从而建立起具有儒家特色的“崇有论”哲学。
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按照玄学家的意思，“物之所以生，功之所以成，必生乎无形，由乎无名。无形无名者，万物之宗也”。(115)这就是说，天地万物以无为本，“无”是宇宙万物的“本体”，而“有”只是这个本体“无”的表现。裴则认为，在现实世界之外没有独立存在的所谓“本体”。这就是说，“有”之所以发生和存在，并非另一个东西使它如此，他说：
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夫至无者无以能生，故始生者自生也。自生而必体有，则有遗而生亏矣。生以有为己分，则虚无是有之所谓遗者也。(116)
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这里所谓“有”，指有形有象的具体事物。他认为，绝对的无（“至无”）什么也生不出来，因此有形有象的具体事物“有”，并不是“无”产生的，而是“自生”、“自有”的，即所谓“始生者，自生也”。因为“有”是“自生”、“自有”，即依靠自身的存在而存在，因此“有”自身即是其存在的实体或本体，即所谓“自生而必体有”。这种明显地反对以无为本的说法，正是企图建立一种以有为本的本体论学说，以与贵无论划清界限。裴抓住了当时玄学所讨论的有无关系这一核心问题，认为“有”是个别的具体存在物，“有”一旦受到损害，生命也就会遭到亏损（“有遗而生亏矣”）。因此他强调“生以有为己分”，即生命的存在是以有为本分（本体），而“无”则是“有”的消失（“虚无是有之所谓遗者也”）。“有”消失了，就变成不存在或什么都没有的“无”，它不占有任何空间，不具有任何属性，只是表示“有”不复存在或“有”的一种消失状态。裴用“有”界定“无”，正与玄学相反，力图否定“无”的绝对性，以从根本上否定玄学家“以无为本”的观点。
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裴提出以有为本的崇有论，目的在于肯定现存世界的合理性，这也是儒家重视现实社会和现实人生的思想传统。所不同的，只是裴企图从本体论的角度为这一思想传统提出理论的或逻辑的证明。因为在玄学家看来，个体事物总有其局限性，不能自存，因此整个“万有”都以“无”为自己存在的前提。裴不同意这种看法。他认为，宇宙的全体是由万有本身所构成，所以在万有之外，没有一个能脱离万有而独立存在的“道”或“无”。他说：
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夫总混群本，宗极之道也。方以族异，庶类之品也。形象著分，有生之体也。化感错综，理迹之原也。夫品而为族，则所禀者偏；偏无自足，故凭乎外资。是以生而可寻，所谓理也。理之所体，所谓有也。有之所须，所谓资也。资有攸合，所谓宜也。择乎厥宜，所谓情也。识智既授，虽出处异业，默语殊途，所以宝生存宜，其情一也。(117)
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这段话，可以说是裴《崇有论》的总纲。他从七个方面提出自己的理论纲领：第一，“总混群本，宗极之道也”。这是说，整个万有本身就是最根本的道，离开万有自身的存在就无所谓道；第二，“万有”或“有”又不是抽象的，它们按着自己的不同性质，区分为不同的类，即“方以族异，庶类之品也”。这就是承认宇宙万物都有自己不同的质的规定性，这些规定性是互相得以区分的基础；第三，“形象著分，有生之体也”。万有之间都因各有其不同的质的规定性，因此表现出不同的形象。这些不同的形象是实实在在的存在，因此它们是自身存在的“本体”；第四，“化感错综，理迹之原也”。即认为万物的变化和错综复杂的关系是寻求事物内在之理的根据。也就是承认世界的规律性，并且认为事物的规律性就表现在事物的变化和相互作用之中。因此，事物是可以被认识的，此即“生而可寻，所谓理也”；第五，既然理在事物之中，因此事物与其内在之理的关系就应该是统一的而非对立的。“理之所体，所谓有也”，事物的“理”不能脱离具体事物而存在，“理”所依靠的是万有的个别存在；第六，事物的存在以自身为根据，这是就其内在原因而说的。此外，事物还有其外部原因：“夫品而为族，则所禀者偏；偏无自足，故凭乎外资。”这句话的意思是说，万物既然各有所偏，就不能只靠自己才能存在，它必须同时依靠其他的条件。也就是说，每个具体事物的存在总是同其他事物联系在一起的，因此个体事物之间需要相互依靠，相互资助，这也是事物存在和发展的依据之一；第七，“资有攸合，所谓宜也，择乎厥宜，所谓情也”。既然事物的存在和发展需要相互资助，这就有一个依靠和资助的程度问题，裴称之为“宜”。即事物选择其适合存在的条件时，应合乎实际。
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裴的上述论点都是围绕有无关系问题展开的。重点在于强调“有”的实在性和现实性。在与玄学贵无论的辩论中，裴阐明了崇有论的基本理论观点，从儒学的立场，用玄学“辩名析理”的方法回答了贵无论所提出的一系列哲学问题。
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