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葛洪是东晋道教大师，但对儒学却十分尊崇，他对玄学思潮的批评也完全站在儒家立场。而且是东晋开国后，最先著书批评玄学的人。他认为，西晋之所以灭亡，并非出于偶然，而是“先著之妖怪”，即背弃礼教的放达之风破坏了伦常道德。两晋之际，放达派有“四友”、“四伯”、“八伯”、“八达”之称，(2)葛洪认为，“四通（“通”疑“友”之误）八达，皆背叛礼教，而从肆邪僻，讪毁真正，中伤非党，口习醜言，身行弊事，凡所云为，使人不忍论也。夫古人所谓通达者，谓通于道德，达于仁义耳，岂谓通乎亵黩而达于淫邪哉”(3)？在葛洪看来，这些都是沉痛的历史教训，“今天下向平，中兴有征，何可不共改既往之失，修济济之美乎”。(4)他所谓的修济济之美，就是复兴儒学，以明君臣之义，从而使东晋王朝走上仁义礼让之途。
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东晋明帝太宁三年，干宝撰《晋纪》成。其在《总论》中亦总结了西晋灭亡的教训，以为西晋之亡，除“师尹多僻”、“将帅争功”、“百官之邪”、“宠赂之彰”以及“戎狄之有衅”外，玄学流行、礼教崩弛亦是重要原因。他说：
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……又加之以朝寡纯德之士，乡乏不二之老，风俗淫僻，耻尚失所。学者以老庄为宗而黜六经，谈者以虚薄为辩而贱名检，行身者以放浊为通而狭节信，进仕者从苟得为贵而鄙居正，当官者以望空为高而笑勤恪。是以目三公以萧杌之称，标上议以虚谈之名。……由是毁誉乱于善恶之实，情慝奔于货欲之塗，选者为人择官，官者为身择力，而秉钧当轴之士，身兼官以十数。大极其尊，小録其要。……先时而婚，任情而动，故皆不耻淫逸之过，不拘妬忌之恶，有逆于舅姑，有反易刚柔，有杀戮妾媵，有黩乱上下，父兄弗之罪也，天下莫之非也。又况责之闻四教于古，修贞顺于今，辅佐君子哉？礼法刑政，於此大坏。……国之将亡，本必先颠，其此之谓乎？故观阮籍之行，而觉礼教崩弛之所由……。(5)
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干宝《晋纪》已佚，其《总论》保存在《艺文类聚》、《文选》等文献中。东晋始建，便立史官，由干宝领之，其《晋纪》“直而能婉，咸称良史”。从其上述《总论》中可以看出，干宝亦站在儒家立场批评放达之风对礼教的破坏，反对玄学家的“黜六经”、“贱名检”、“狭节信”、“鄙居正”、“笑勤恪”，而主张“君子勤礼，小人尽力”，以此为“国家安危之本”。
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范宁著《王弼何晏罪深于桀纣论》，更是陈辞慷慨，以为魏晋时期的玄谈虚论，游辞浮说都是“利口覆邦”之言，它不仅严重破坏了儒家的礼乐之教，而且使中原倾覆，故其罪大矣。追其源，实始于正始何晏、王弼。他说：
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王、何蔑弃典文，不尊礼度，游辞浮说，波荡后生，饰华言以翳实，骋繁文以惑世。搢绅之徒，翻然改辙，洙泗之风，缅焉将坠。遂令仁义幽沦，儒雅蒙尘，礼坏乐崩，中原倾覆。古之所谓言伪而辩，行僻而坚者，其斯人之徒欤！……桀纣暴虐，正足以灭身覆国，为后世鉴戒耳，岂能迴百姓之视听哉！王、何叨海内之浮誉，资膏粱之傲诞，画螭魅以为巧，扇无检以为俗。郑声之乱乐，利口之覆邦，信矣哉！吾固以为一世之祸轻，历代之罪重，自丧之釁小，迷众之愆大也。(6)
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范宁崇儒抑俗，率皆如此。此外尚有戴逵的《放达为非道论》、孙盛的《老子非大圣论》、《老子疑问反讯》、王坦之的《废庄论》以及袁宏的《后汉纪序》、范宣的《答庾爰之问》等等，都对魏晋玄风及老庄之学持批评态度，反映了东晋时期儒家思想的抬头及东晋政权向儒学的复归。
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在上述这些批评中，多是以儒家立场出发而指责清谈家“崇尚老庄”所造成的严重恶果，即裴在《崇有论》中所说：“砥砺之间，弥以凌迟，放者因斯，或悖吉凶之礼，而忽容止之表；渎弃长幼之序，混漫贵贱之级”，使名教大伤。另一方面则造成“处官不亲所司”、“尸禄耽宠，仕不事事”。这两个方面使西晋政权的行政效率和西晋社会的伦常关系都遭到较大破坏。东晋政权有鉴于此，故不仅出现一批崇德明教的学者如干宝、孙盛、葛洪、范宁之流，同时也出现一批“经纶时务”、“劳谦匪懈”、怀抱兴复之志而深受儒学影响的文臣武士，如祖逖、陶侃、庾翼、谢玄之辈。
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陶侃在军四十一年，“千绪万端、未尝壅滞”，常语人曰：“大禹圣者，乃惜寸阴，至于众人，当惜分阴，岂可逸游荒醉，生无益于时，死无闻于后，是自弃也。”(7)侃勤于吏职，恭而近礼，反对以戏谈废事，认为“老庄浮华，非先王之法言，不可行也。君子当正其衣冠，摄其威仪，何有乱头养望自谓宏达邪”。(8)东晋名臣庾翼，雅有大志，“欲以灭胡平蜀为己任”，曾代其兄庾亮镇武昌，“数年之中，公私充实，人情翕然，称其才干，自河以南皆怀归附”。其于西晋玄风亦有批评，他说：
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王夷甫（衍），先朝风流士也，然吾薄其立名非真，而始终莫取。若以道非虞夏，自当超然独往，而不能谋始，大合声誉，极致名位，正当抑扬名教，以静乱源。而乃高谈《庄》、《老》，说空终日，虽云谈道，实长华竞。及其末年，人望犹存，思安惧乱，寄命推务。而甫自申述，徇小好名，既身囚胡虏，弃言非所，凡明德君子，遇会处际，宁可然乎？(9)
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陶侃、庾翼，晋之武官也，虽不能在思想、学术上弘扬儒学，但能推深致远，躬行儒道，可略见儒学在东晋的影响及复兴的趋势。
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与上述检讨政权得失相配合，东晋始建，便敦崇儒教，明经兴学。从三国至两晋，由于战争迭起，政权沦替，再加之玄风所扇，贵游子弟渐对儒学失去兴趣。因此历代国学、太学及地方教育屡兴屡废，儒学也随之起伏。尽管由于各种原因使儒学难于振作，但当权者总是不遗余力地提倡，这本身即表明政权与儒学的密切关系。如上节所述，东晋政权建立后，有鉴于前代灭亡的教训，在检讨得失，批评玄论的同时，亦大力提倡敦崇儒教，明经兴学，以此作为政权建设的主要内容和首要任务。在司马睿继位头一年即建武元年（317），便有骠骑将军王导、征南将军戴邈上书兴学，可见东晋政权似乎把崇儒兴学作为当务之急。王导上书说：
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夫风化之本，在于正人伦。人伦之正，存乎设庠序。庠序设，五教明，德礼洽通，彝伦攸叙，而有耻且格。父子、兄弟、夫妇、长幼之序顺，而君臣之义固矣。……人知士之贵由道存，则退而修其身以及家，正其家以及乡，学于乡以登朝，反本复始，各求诸己，敦朴之业著，浮伪之竞息，教使然也。故以之事君则忠，用之莅下则仁，孟轲所谓“未有仁而遗其亲，义而后其君者也”。……今若聿遵前典，兴复道教，择朝之子弟并入于学，……选明博修礼之士而为之师，化成俗定，莫尚于斯。(10)
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戴邈上疏说：
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臣闻天道之所大，莫大于阴阳；帝王之至务，莫重于礼学。是以古之建国，有明堂辟雍之制，乡有庠序黌校之仪，皆所以抽导幽滞，启广才思。盖以六四有困蒙之吝，君子大养正之功也。昔仲尼列国之大夫耳，兴礼修学于洙泗之间，四方髦俊斐然向风，身达者七十余人。……今或以天下未一，非兴礼学之时，此言似之而不其然。夫儒道深奥，不可仓卒而成。古之俊乂必三年而通一经，比天下平泰然后修之，则功成事定，谁与制礼作乐者哉？……圣朝以神武之德，值革命之运，荡近世之流弊，继千载之绝轨，笃道崇儒，创立大业。明主唱之于上，宰辅督之于下，……君子之德风，小人之德草，实在感之而已。(11)
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王导、戴邈的奏疏，深得司马睿的赞许，遂于建武元年十一月丁卯立太学。这是东晋政权始建后敦崇儒学的重要表现。王导、戴邈的兴学疏，从思想上看并无新的发展，与以往的兴学率教之论亦无重大区别。但就其疏的时间及其内容看，却比以往来得急迫，且非表面的官样文章。它是在分析魏晋以来政权得失、社会治乱、道德幽明的基础上提出来的，是一种具有战略性的政治主张。自此以后，东晋政权采取了一系列措施，加强儒学的名教化功能。大兴二年（319），太常贺循，建议置经博士，以恢崇儒教，兼明经义，其奏疏曰：
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尚书被符，经置博士二人。又多故历纪，儒道荒废，学者能兼明经义者少。且《春秋》三传俱出圣人，而义归不同。自前代通儒，未有能通得失，兼而学之者也。况今学义甚颓，不可令一人总之。今宜《周礼》、《仪礼》二经置博士二人，《春秋》三传置博士三人，其余则经置一人，合八人。(12)
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至是，学校修立，遂置《周易》、《尚书》、《毛诗》、《周官》、《礼记》、《春秋左传》、《孝经》、《论语》等博士九人。时方减省博士，《春秋》公羊、穀梁、《仪礼》及郑氏《周易》皆未置博士。故太常荀崧于大兴四年，又上疏议增《仪礼》、《公羊》、《穀梁》及郑《易》等博士。会王敦之难，未能实行。但从荀崧的上疏中，可看出东晋的朝臣及东晋政权对儒学的尊崇和恢复儒学的努力。荀崧认为，“崇儒兴学”不仅是历朝政治的需要，也是改革社会，移风易俗的需要，故西晋以来，虽遭丧乱，但明经儒训不绝于庭。“太学有石经古文，先儒典训，贾、马、郑、杜、服、孔、王、何、颜、尹之徒，章句传注，众家之学，置博士十九人。九州之中，师徒相传，学士如林，犹选张华、刘寔居太常之官以重儒教”，何况东晋，恢复儒学，“於今为盛”，“故宜增诸经博士而不能减省”。元帝诏曰：“崧表如此，皆经国之务，为政所由。息马投戈，犹可讲艺，今虽不暇给，岂忘本而遗存耶！可供博议者详之。”(13)
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由以上王导、戴邈、贺循、荀崧的奏疏及元帝之诏，反映了一个基本事实，即强调儒学“固君臣之义”，“顺父子、兄弟、夫妇、长幼之序”的伦理道德作用，并把它看做是“为政所由”。这是历代政权兴学复儒的根本目的。
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东晋建国之初，存在着南北士族的矛盾。为安抚南方士族，稳定动荡不安的局面，元帝任用王导，采取了宽容舒缓的政策。提倡儒学，重用儒士即舒缓政策的一部分。因此，儒学在元帝统治时期，颇显活跃。但不久，王敦叛乱，元帝忧死，明帝在位三年即崩，太子衍继位，是为成帝，年仅五岁。咸和二年（327），又遭苏峻谋反，建康陷落，直到咸和四年才平定叛乱。王苏之乱，使东晋儒学又遭挫折。直到成帝咸康初，庾亮在武昌开置学官，提倡礼义，国子祭酒彭瓖上疏议立国学，儒学才又开始复苏。庾亮在《开置学官教》中说：
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洙泗邈远，风雅弥替，后生放任，不复宪章典谟。临官宰政者，务目前之治，不能闲以典诰。遂令《诗》、《书》荒尘，颂声寂寞，仰瞻俯省，能弗叹慨！……今江表晏然，王道隆盛，而不能弘敷礼乐、敦明庠序，其何以训彝伦而来远人乎？魏武帝于驰鹜之时，以马上为家。逮于建安之末，风尘未弭，然犹留心远览，大学兴业，所谓颠沛必于是，真通才也！(14)
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这里，庾亮又提出弘敷礼乐、敦明庠序的重要性，并称赞曹操在兵戈未息之时即留心远览，开学兴业，是谓通才。庾亮是东晋名臣，有恢复中原之志，于两次叛乱之后，再次提倡弘教兴学，完全反映了东晋政权对儒学的重视。这种重视非权宜之计，而是建立在对传统儒家文化虔诚信仰的基础上，深信其对政权的巩固和对人生的陶冶作用，故能使儒学于政治变乱、社会动荡的时代，续而不绝，微而不坠。
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庾亮以武昌为中心，采取了一系列具体步骤，“便处分安学校处所，筹量起立讲舍。参佐大将子弟，悉令入学，贵家子弟亦令受业。四府博学识义通涉文学经论者，建儒林祭酒，使班同三署，厚其供给。皆妙选邦彦，必有其宜者，以充此举”。(15)又命与武昌临近的临川、临贺二郡，“并求修复学校，可下听之。若非束修之流，礼教所不及，而欲阶缘免役者，不得为生。明为条制，令法清而人贵”。(16)咸康三年，国子祭酒袁瓖在朝亦上疏议立国学，建议朝廷“留心经籍，阐明学义”，以培养儒学人材，并具体提出“给其宅地，备其学徒，博士僚属粗有其官”。(17)疏奏，成帝从之，于是国学又兴。
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但这种局面维持不久，东晋政权屡次兴兵用武，朝廷上下连年忙于战事，遂使儒学又处低潮。殷浩西征，以军兴罢遣太学生徒，学校由此遂废。在东晋穆、哀、废、简四帝当政时期的三十余年间，桓温兴兵，西取巴蜀，殷浩三次北伐均以惨败告终。之后又有桓温三次北伐，虽偶有小胜，非但不能兴复中原，反而养奸蓄恶，意在篡夺。直至桓温死后，孝武帝临朝，由谢安、王彪之、王坦之三人秉政，东晋政治又开始走上正轨。太元元年（376），谢石上疏，请复儒兴学，谢石奏疏说：
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立人之道，曰仁与义，翼善辅性，唯礼与学。虽理出自然，必须诱导。故洙泗阐弘道之风，《诗》、《书》垂轨教之典。敦《诗》悦《礼》，王化以斯而降；甄陶九流，群生于是乎穆。世不常治，道亦时亡。光武投戈而习诵，魏武息马以修学，惧坠斯文，若此之至也。大晋受命，值世多阻，虽圣化日融，而王道未备，庠序之业，或废或兴。……今皇威遐震，戎车方静，将洒玄风於四区，导斯民于至德，岂可不弘敷礼乐，使焕乎可观！请兴复国学以训胄子，班下州郡，普修乡校。(18)