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夫文本于事，事致于理，要以达上下之情，齐众寡之论，宣祇惧之旨，畅堙郁之衷，导之善所以禁其恶，约之正所以绝其邪。典、谟、训、诰、誓、命、贡、征、歌、范皆是物也。【91】
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这表明，他的《尚书》之学是合价值性与实证性为一的，非仅为考证之学。这和一些专着眼于考证而攻驳朱子者不同。
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明代明确打出纠蔡传之偏、订蔡传之误旗号的有数十家，其中最有影响且最有学术价值的当属刘三吾《书传会选》六卷，梅《尚书考异》五卷，马明衡《尚书疑义》六卷，袁明仁《尚书砭蔡编》一卷，陈泰交《尚书注考》一卷。
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《书传会选》由明初翰林学士刘三吾等奉勅撰。【92】洪武二十七年，朱元璋因早年考验天象，发现蔡沈《书经集传》所说之象纬运行，与朱子《诗集传》中所说相悖。其他如音注、字义等也有与邹季友之《书集传音释》不合者，于是征天下者儒相与订正。“凡蔡传之合者存之，不预立意见以曲肆排诋；其不合者则改之，亦不坚持门户，以巧为回护。计所纠正凡六十六条。”【93】具体改正内容，顾炎武《日知录》之“书传会选”条述之甚悉，并认为此书之体例，尚有古人注疏之意：
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其传中用古人姓字、古书名目，必具出处，兼亦考证典故。盖宋元以来诸儒之规模犹在，而其为此书者，皆自幼为务本之学，非由八股发身之人，故所著之书虽不及先儒，而尚有功于后学。至永乐中修《尚书大全》，不唯删去异说，并音释亦不存矣。愚尝谓自宋之末造以至有明之初年，经术人材，于斯为盛。【94】
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以顾炎武对著书之矜慎及不轻许可，可知此书确有价值。【95】另《四库提要》考定此书非刘三吾集众儒臣之见解成书，而是刘三吾自己先有定见，不过与众臣参稽相编订而已。因为据《太祖实录》，与群臣论蔡传之失在洪武十年三月，而诏修此书在洪武二十七年四月，五个月后书成。此书新见颇多，不能如此之速。另刘三吾序言称：“臣三吾备员翰林，屡尝以其说上闻。皇上允请，乃召天下儒士，仿石渠、虎观故事，与臣等共校订之。”观此，可知《四库提要》所说不无道理。另《四库提要》还认为，《书传会选》所署参与纂修者之姓名与《太祖实录》所记不同，是因为成祖后来下诏重修《太祖实录》，建文死难诸人及反对靖难之臣之名姓，重修时皆已删去。此点朱彝尊《经义考》已经指出。
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攻蔡传最为激烈的，当属正德时梅的《尚书考异》五卷。此书专论古文尚书之伪，认为东晋梅赜所献之书，其二十五篇古文为晋皇甫谧所作。又谓孔安国序并增多之二十五篇，皆杂取传记中语以成文。梅专门攻击伪古文尚书，故对朱子、蔡沈之不删古文而仍为之作传深表不满。他说：
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蔡沈游于文公之门，所当虚心平气，发潜经之幽光，然后为有功于文公。今晋人曰：伏生失其本经，口以传授，则诺；古文出之壁藏，定为五十九篇，则诺。如此等处，直削经文，蒙蔽后学，皆其大者，茫之不觉。是其胸中懵懵亦已久矣。【96】
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此处晋人指梅赜所献之《古文尚书》。梅批评蔡沈不加批判地沿袭梅赜伏生未传全经、孔壁所出之五十九篇古文经为尚书原本的说法，是不懂尚书之学。不仅不加批判，而且其《集传》直以古文经为底本，这更是不能容忍。他并且以蔡沈对古文经中与《论语》不同处未加甄别、批评，斥蔡沈叛孔子、蔑《论语》；以蔡沈注文中某些处与朱子不同，斥蔡沈悖逆师门。并认为蔡沈之误皆由朱子之疑古文不痛决、又反书序所致。他说：
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朱子之见诚为超迈，朱子之言诚为精当，但犹颇有放失者。愚请得而补之。小序在二十九篇之数，又《史记》斑斑可考，孟坚以为孔子所作，则因其流传之久故也。是则虽非孔子亲笔，然先秦战国时讲师所作无疑。晋人假孔安国书，东晋方出，不唯前此诸儒皆未曾见，虽前此真孔安国亦不曾见。……朱子于先汉小序尽力排之，不肯少恕；于东晋后出伪书，虽云可疑之甚，不免表彰尊显，疑信相半。遂使蔡沈之徒，从厥攸好，违己所疑，岂非过于放失，而同染污俗之见也欤！【97】
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其攻《古文尚书》不可谓不决绝，对朱、蔡师弟的批评不可谓不尖刻。对《古文尚书》的怀疑与攻驳，自两宋之际的吴棫始。后朱子稍稍疑之。吴澄等人相继抉摘，对古文《尚书》之真伪问题研之渐深。至梅此书分析加细，证据加广，乃有清初阎若璩《古文尚书疏证》之作，古文之伪似乎定谳。故梅此书在《尚书》学史上居甚重要之地位。
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另外马明衡的《尚书疑义》六卷也甚有名。马明衡乃王阳明弟子，《明史》称闽中学者率以蔡清为宗，至马明衡始独受业于王阳明。闽之有王学，自明衡始。《明儒学案·粤闽王门学案》也说闽中王门除马明衡外无著名者。《四库提要》对马明衡在“大礼议”中以御史谏世宗不应尊所生而薄所后，被下狱削籍，终身废弃而不稍退却的精神表示赞赏，认为不愧于明经之儒。至于其书之醇疵可不必论，足见其人品之重。
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马明衡之《尚书疑义》对蔡传不轻立异，也不苟同。此书自序说：
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孔安国、颖达用意虽勤，其于大道概未有闻。蔡氏仲默承文公之训，义理大有发明。然愚从而求之，谓其悉可以得圣人之心而达圣人之道，则不敢以自诡也。故凡于所明而无疑者，从蔡氏；其有所疑于心而不敢苟从者，辄录为篇。
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可见此书取理学立场，主于明义理，认为汉唐注疏于儒家之道无所发明，只在文字训诂、名物制度上着眼。蔡传虽于义理有发明，但其中多有不惬于心者。所以他之献疑，主要目的在明义理。但他讲义理，不脱离古注疏而凿空立论，故新解往往在名物、典制上。如对“六宗”的解释，本于《礼记·祭法》；“辑五瑞”，认为是朝觐之常，非更新立异；《洪范》“五纪”之日月运行，不从孔疏而从沈括之说，皆言之有据。但于经注中往往加入时事，不合解经通例。总的说此书大醇小疵，故《四库提要》谓其“能参酌众说，不主一家，非有心与蔡立异者。……然明人解经，冗滥居多，明衡是编，尚能研究于古义，固不以瑕掩瑜也”。【98】可谓有得之言。
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袁仁之《尚书砭蔡编》一卷，篇幅虽小，但新义丰多。《四库提要》举出其纠蔡传之失而确有据依者数十条。有人物、制度、名物、地理、史实、引书、训诂等方面。可见袁仁之《尚书》学实有根柢，非浅见者流。他自述此书撰作之由说：
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襄儿就塾师习《尚书》，专求通蔡氏传为案据。余考国朝典令，《书》主古疏兼蔡传，初未尝专主蔡也。学者以注疏繁而难阅，遂弃不观，然而非制矣。余弱冠时曾诵壁经正文，至是始取蔡氏阅之。则悖理者种种也。因博考先儒旧说，参以己意，正其谬误，揭之家塾。【99】
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可见此书初只为纠家塾幼童专读蔡传，不通古注之偏而作。他的砭蔡，是以古注疏为主，参酌他家，以订蔡传之误。他之所以刻此书流通于世，亦为纠正世间只读蔡传，废弃古注之弊，返功令之原貌。亦救正经术之一法。另外，此书曹溶收入《学海类编》时，更名为《尚书蔡注考误》，绎其意，似“砭”字太尖刻，改为“考误”较平正。但袁仁之甥沈道原为此书作的序中则以砭字发挥，序中说：“蔡何砭也？非蔡浅，《书》固真尔。世有蔡，即有砭蔡者，道无涯也。”以为解经之著作固无完书。义理无穷，注书者即无穷。后人批评前人，正显道之无涯之意。砭者批评攻诘之义，名砭蔡固无妨。
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另有陈泰交《尚书注考》一卷，也擅名当时。此书之特出与不足之处，《四库提要》道之甚详：“其书皆考订蔡沈《书传》之讹，谓有引经注经，不照应者三条，又有同字异解者三百二十三条，皆录注语，不加论断。其同字异解者，一字或有数义，抉摘未免过严。其不照应者三条，……则前后显相矛盾，诚蔡氏之疏略矣。马明衡《尚书疑义》、袁仁《砭蔡编》颇以典制、名物补正蔡传之缺误，泰交此书则惟较量于训诂之间，而所谓训诂异辞者，又皆以矛攻盾，未及博援古义，证以旧文，故为少逊于二家。然释事、释义二者相资，均谓之有功蔡传可也。”【100】
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明人之《尚书》解，能入四库法眼者少，著录仅十余家，不及宋人之半。存目者亦仅四十余家，且大多以为不足观。未录者数倍于此，其中不无遗珠之憾。万历间郝敬之《尚书辨解》十卷，就是一部极有特色的书。其书首在严今古文之别。蔡沈之《书经集传》篇目沿袭孔颖达《尚书正义》之旧，不复删订，只在篇题下注明今古文。郝敬对此大为不满，他的《辨解》只解伏生所传之二十八篇，即《泰誓》亦不载。郝敬认为伏生所传，虽不能说已尽孔子删订之数，但大抵相近，遗漏不多，非人老记诵不全，止存其三分之一。即此二十八篇，四代规模已大体可窥，多亦无益。他说：
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夫子删订之季，周室东迁已久，典籍散亡，计当日所定四代书，亦应不多。伏生所授二十八篇，四代规模已具，恐未止三之一耳。诗比训诰易于存记，有乐官典守，故多至三百余篇。《书》辞深奥，故伏生所记止此。【101】
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郝敬之辨今古文，多从文辞之清浅与沉郁上着眼，认为《尚书》原文沉郁，后世伪造者清浅。此点他反复说起。如：