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这是说，儒与佛都是对心这一本体的阐释，心大无外，无处非道。圣人与道体为一，故无封限。其教遍一切处，顿渐权实，皆乘时应机之用。儒佛在世、出世上有别，在权实顿渐上有别，但在以不同方式表现道这一点上是相同的。这是儒佛融通的基础。他又说：
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夫圣人之教，善而已矣。夫圣人之道，正而已矣。其人正，人之；其事善，事之。不必僧，不必儒，不必彼，不必此。彼此者，情也；僧儒者，迹也。圣人垂迹，所以存本也；圣人行情，所以顺性也。存本而不滞迹，可以语夫权也；顺性而不溺情，可以语夫实也。【5】
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这仍是说儒佛道同迹异，应该存本略迹，顺性忘情。故契嵩作《孝论》，大力阐扬孝道，视为儒佛皆不可或缺的第一要德。天下事物，首先要孝顺的是父母、师僧、至道之法。父母者身之本，师僧者教之本，道法者用之本。以此三者为本，亦儒佛之所同。天下人知孝为儒者之要道而不知其亦为佛者之要道，是不知佛。他认为在行孝上儒佛各自的作用是“以儒守之，以佛广之；以儒人之，以佛神之”。【6】即以儒家之态度行孝，但要跳出世俗之范围；行动上要恪守孝道，但精神上须知晓道之广大。“不以佛道广之，则为善不大”。
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契嵩并且精研儒家之礼乐刑政，以之会通《中庸》，说：
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《中庸》者，盖礼之极，而仁义之原也。礼乐刑政仁义智信，其八者一于《中庸》者也。人失于中，性接于物，而喜怒哀惧爱恶欲生焉，嗜欲发焉。有圣人者，惧其天理将灭，而人伦不纪也，故为之礼乐刑政，以节其喜怒哀惧爱恶嗜欲也，为之仁义智信，以广其教道也。【7】
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契嵩这里完全是从俗人的角度诠解《中庸》，不仅没有出家人惯常有的对俗世的批评与辩解，甚至也没有从出家人角度进行儒家与佛理的融会。他并且对儒家所倡导的君子有为，及修齐治平，也本以上《中庸》之旨大力阐扬：
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君子将有为也，将有行也，必修《中庸》然后举也。饮食可绝也，富贵崇高之势可让也，而《中庸》不可去也。其诚其心者，其修其身者，其正其家者，其治其国者，其明明德于天下者，舍《中庸》其何以为也？【8】
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他虽然说：“儒者儒之，佛者佛之，各以其法赞陛下之化治。”但他多以儒家立场立论。如他对于性德、教化、情理等的解释，皆自俗人的立场出发。其撰著《传法正宗论》并把它进献于朝廷，甚至将自己的著作取名为《治平集》，意亦在定禅宗传法之统绪，息佛教内部种种争讼，以扶持世法，佐治国家。据僧传，契嵩完成《传法正宗记》、《禅宗定祖图》二书后，携书游京师，知开封府王素奏上宋仁宗，仁宗览之大加叹赏，付传法院编入藏经。下诏褒崇，赐号明教大师。宰相韩琦及参知政事欧阳修等皆请见尊礼之，而欧阳修尝写辟佛文。【9】这从一个侧面说明，宋以来释家内部对儒学关注之深切程度，儒释融合之深切程度。至于宋元士大夫中的好佛者，如王安石、苏轼、黄庭坚、张商英、耶律楚材、赵孟等，其对于佛教的吸收与融会，更是学者时常道及的。
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入明以来，朱元璋尊崇儒学，以儒家思想为治国之本。但他也注重宗教对于稳定政权的作用，对佛教道教优礼有加。他尝作《三教论》，对儒释道安定国家、利益群生的作用加以肯定，他分析三教及其鬼神、灵异之作用说：
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若崇尚者从而有之，则世人皆虚无，非时王之治；若弃绝之而杳然，则世无鬼神，人无畏天，王纲力用焉。于斯三教，除仲尼之道祖尧舜，率三王，删诗制典，万世永赖。其佛仙之幽灵，暗助王纲，益世无穷，唯常是吉。尝闻天下无二道，圣人无两心，三教之立，虽持身荣俭之不同，其所济给之理一。然于斯世之愚人，于斯三教，有不可缺者。【10】
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这仍是儒释道三教理一而教异的思想。朱元璋早年曾出家为僧，又投白莲教郭子兴部下为兵，故即帝位后对佛教不能忘情，此属自然之事。但他也不主张佛道争讼，对道教十分宽容。他认为世人对老子之道常怀误解，认其为金丹、飞升之术，实际上，老子之道主要是清静无为，知雄守雌，与儒家之道密相呼应，他说：
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老子之道，密三皇五帝之仁，法天正己，以时而举合宜，又非升遐禅定之机，实与仲尼之志齐，言简而意深。时人不识，故弗用，为前好仙佛者假之。【11】
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认为三教之理一，治理国家，三教皆不可缺，其不同者在阴阳虚实之形态：儒教是阳，是实，释教是阴，是虚。天下之道本一，阴阳相济，虚实相辅，正所以辅治国家，他解释此意说：
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所以佛之道云阴者何？举以鬼神，云以宿世，以及将来，其应莫知，所以幽远不测，所以阴之谓也、虚之谓也。其圣贤之道为阳教，以目前之事，亦及将来，其应甚速，稽之有不旋踵而验，所以阳之谓也，实之谓也。斯二说名之则也异，行之则也异，若守之于始，行之以终，则利济万物，理亦然也。所以天下无二道，圣人无两心【12】
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朱元璋对儒释关系的认识如此，所以他认为佛教可以“阴翊王度”“幽赞王纲”。三教并用，共佐国治，是明代开国之后所定的基本国策，这为此后的三教会通奠定了思想基础。
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朱元璋以儒为主，三教并用的基本国策为历朝所遵奉。成祖要消弭“靖难”之后士子的不平之气，改变诛方孝孺十族留给士林的刻薄残毒形象，故刻意标榜以儒术治天下。诏修《五经大全》、《四书大全》、《性理大全》及《永乐大典》等，就是以上意图之表露，欲天下共知共体者。又为医治战争创伤，苏醒民累，故力倡节俭，裁革冗费，控制僧尼数量，严禁僧尼私建庵院。永乐间曾命礼部定通制：
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今后愿为僧道者，府不过四十人，州不过三十人，县不过二十人。限年十四以上、二十以下，父母皆允，方许陈告有司，邻里保勘无碍，然后得投寺观。从师受业者五年后，诸经习熟，然后赴僧录、道录司考试，果谙经典，始立法名，给与度牒。不通者，罢还为民。有年三十、四十以上，先曾出家而还俗，及亡命黥刺者，亦不许出家。若寺观住持不检察而容留者，罪之。仍命礼部榜喻天下。【13】
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并谓礼部臣曰：
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佛道二教本以清净利益群生。今天下僧道多不守戒律，民间修斋诵经，动辄较利厚薄。又无诚心，甚至饮酒食肉，游荡荒淫，略无顾忌。又有一种无知愚夫，妄称道人，一概蛊惑，男女杂处无别，败坏风化。洪武中僧道不务祖风，及俗人行瑜珈法称火居道士者，俱有严禁。即榜揭申明，违者杀不赦。【14】
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对民间热衷于事佛而简慢奉祀祖先之风，亦以为溺于要福避祸之说而力倡兴革之。但成祖也注意利用佛教宣传忠君孝父、敬天法祖及遵王法、畏鬼神、惜物命、谨严行等种种思想。又因道衍姚广孝为“靖难”之役之谋主，政治、军事之大计多赖之筹画，故即帝位后论功以为第一。而道衍则不改僧人身份，“冠带而朝，退仍缁衣”，以僧人而列朝班，甚至配享成祖庙廷。此在中国历史上殆不多见。另外，成祖之徐皇后信佛甚笃，亲撰《大明仁孝皇后梦感佛说第一希有大功德经》【15】，意在以此功德护祐成祖之基业，亦有以国母身份劝善惩恶，改良风俗之意。成祖因之亦礼敬佛教，不过他更喜藏地佛教。永乐朝所封法王、阐化王、赞善王、辅教王、活佛、大小国师等甚多，其中亦不无希望通过尊礼藏地高僧以安定藏区诸上层以消弭边患的意思。成祖还亲撰《神僧传》，宣扬佛教。太祖、成祖为明代最有影响的帝王，他们奠定的宗教政策对后来历朝影响甚大。明武宗亦喜佛教，托名大庆法王，度僧甚多。除嘉靖帝崇信道教，热心斋醮之外，明代历朝皇帝皆崇信佛教。这为三教合一，儒释道会通营造了整体思想氛围。
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明代自弘治、正德以后，经济快速发展，商业、贸易活跃，中小城市增长很快，市民人数激增，城市生活逐渐奢靡化。学术文化下移，整个文化呈现出很强的世俗形态。这种状况在嘉靖、隆庆以后愈加明显，至万历朝达于高潮。这些因素对世风士风发生了强烈影响。俗文化中儒释道界限模糊混杂不清为它们相互渗透创造了条件。而佛教内部门墙峻厉的情形也在改变，僧家为教义、门风发生的宗派斗争大大减少，不重传承，参扣十方尊宿，平等接受各家学说的风气很普遍。性相、禅净、台净融合的风头很强劲。另外当时善书、宝卷十分流行，城市里寺院讲经活动很普遍，所讲多为通过佛经中的因果报应故事来劝善，里面掺杂有大量的儒家孝悌忠信的内容，说明当时儒家对佛教的影响相当广泛。这一点明显反映在明末四大高僧的思想中。
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真可 紫柏真可（1543—1603）为明代后期著名僧人。他有很强的救世意识，反对当时矿监税使对百姓的重敛，曾说：“矿税不止，则我救世一大负。”并四处奔走营救因反对征收矿税而遭逮捕的南康太守吴保秀。最后因“妖书”事件入狱，死于狱中。而“妖书”是关于太子废立的，可见他作为名僧对社会的担当精神。真可的俗家弟子很多，当时许多学者官吏同他往还，或师从问学，如冯梦祯、瞿汝稷、王肯堂、汤显祖等。真可虽属禅宗，但反对只讲机锋棒喝，排斥文字参究的弊病，尝说：
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凡佛弟子，不通文字般若，即不得观照般若；不通观照般若，必不能契会实相般若。实相般若，即正因佛性也；观照般若，即了因佛性也；文字般若，即缘因佛性也。今天下学佛者，必欲排去文字，一超直入如来地，志则高矣，吾恐画饼不能充饥也。【16】
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意为，文字是一种智慧，它是观照佛心的媒介，是成佛的因缘，非不能通过研习文字而得悟。他又进一步申论，唐宋以来喜与方外游的士大夫，能超脱世情，栖心无寄，决裂俗网，得佛教之助不少；而僧人中一些具大力量者，多因与士大夫有文字交而得利益。故文字绝不能无。真可这里自觉地把受儒家影响而得文字之益看做僧人的本务。
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