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“有形之身，得耳目口鼻四肢五司以交觉于物；无形之神，有三司以接通之，曰司记，含司明，悟司爱欲焉。凡吾视闻啖觉即其像，由身之五门窍以进达于神，而神以司记者，受之如藏之仓库，不令忘矣。后吾欲明通一物，即以司明者取其物之在司记者像，而委曲折衷其体，协其性情之真于理当否。其善也，吾以司爱者爱之欲之；其恶也，吾以司爱者恶之恨之。盖司明者达是又达非，司爱者司善善又司恶恶者也。三司已成，吾无事不成矣。又其司爱、司明者已成，其司记者自成矣。故讲学者只论其二尔已，司明者尚真，司爱者尚好，是以吾所达愈真，其真愈广阔，则司明者愈成充；吾所爱益好，其好益深厚，则司爱益成就也。若司明不得真者，司爱不得好者，则二司者俱失其养，而神乃病馁。司明之大功在义，司爱之大功在仁，故君子以仁义为重焉，二者相须，一不可废。然惟司明者明仁之善，而后司爱者爱而存之。司爱者爱义之德，而后司明者察而求之。
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“但仁也者，又为义之至精，仁盛则司明者滋明，故君子之学，又以仁为主焉。仁，尊德也，德之为学，不以强夺，不以久藏，毁而殺，施之于人而更长茂，在高益珍，所谓德在百姓为银，在牧者为金，在君为贝也。尝闻智者为事必先立一主意，而后图其善具以获之，如旅人先定所往之域，而后寻询去路也。终之意，固在其始也。夫学道亦要识其向往者，吾果为何者而学乎？不然，则贸贸而往，自不知其所求。或学特以知识，此乃徒学；或以售知，此乃贱利；或以使人知，此乃罔勤；或以诲人，乃所为慈；或以淑己，乃所为智。故吾曰学之上志，惟此成己，以合天主之圣旨耳，所谓由此而归此者也。”〔77〕
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这是第五、六句问答，西士把西洋哲学中一种完整的知识论——以“司记”定经验、以“司明”定是非、以“司爱”定善恶——介绍到中国学术界，这是中国哲学史上的第一次；又以此“三司”知识论释读儒家之“仁”与“义”，也是中国哲学史上的第一次；又以“成己以合天主之圣旨”之经院哲学释读儒家“圣人之学”与“成己之学”，更是中国哲学史上的第一次。
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七、以天主教之“学理”置换儒门之“学理”
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如《天主实义》载，中士曰：“此皆真语，敢问下手功夫。”西士曰：“吾素譬此工如圃然，先缮地，拔其野草，除其瓦石，注其泥水于沟壑，而后艺嘉种也。学者先去恶而后能致善，所谓有所不为，方能有为焉。未学之始，□心横肆，其恶根固深透乎心，抽使去之，可不黾黾乎！勇者，克己之谓也。童年者蚤即于学，其工如一，得工如十，无前习之累故也。古有一善教者，子弟从之，必问曾从他师否，以从他师者为其已蹈，曩时之误必倍其将诚之仪，一因改易其前误，一因教之以知新也。
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“既已知学矣，尚迷乎色欲，则何以建于勇毅；尚骄傲自满欺人，则何以进乎谦德；尚惑非义之财物不返其主，则何以秉廉；尚溺乎荣显功名，则何以超于道德；尚将怨天尤人，则何以立于仁义。秬卣盈以醯盐，不能斟之郁矣。知己之恶者，见善之倪而易入于德路者也。欲剪诸恶之根而兴己于善，不若守敝会规例逐日□次省察。凡己半日间所思所言所行善恶，有善者□劝继之，有恶者自惩绝之，久用此功，虽无师保之责，亦不患有大过。然勤修之至，恒习见天主于心目，俨如对越。至尊不离于心，枉念自不萌起，不须他功，其外四肢莫之禁而自不适于非义矣。故改恶之要，惟在深悔，悔其昔所已犯，自誓弗敢再蹈，心之既沐，德之宝服可衣焉。夫德之品众矣，不能具论，吾今为子惟揭其纲，则仁其要焉。得其纲则余者随之，故《易》云：元者善之长，君子体仁足以长人。夫仁之说，可约而以二言穷之，曰爱天主，为天主无以尚；而为天主者，爱人如己也。行斯二者，百行全备矣。然二亦一而已，笃爱一人则并爱其所爱者矣。
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“天主爱人，吾真爱天主者，有不爱人者乎？此仁之德所以为尊，其尊非他，乃因上帝借令天主所以成我者，由他外物又或求得之而不能得，则尚有歉然，皆由我内关，特在一爱云耳，孰曰吾不能爱乎？天主，诸善之聚，化育我，施生我，使我为人，不为禽兽虫，且赐之以作德之性，吾爱天主，即天主亦宠答之，何适不祥乎？人心之司爱向于善，则其善弥大，司爱者亦弥充。天主之善无限界，则吾德可长无定界矣。则夫能充满我情性，惟天主者也，然于善有未通则必不能爱，故知寸贝之价当百，则爱之如百，知拱璧之价当千，则爱之如千，是故爱之机在明达，而欲致力以广仁，先须竭心以通天主之事理，乃识从其教也。”〔78〕
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这是第八句问答，重点是以儒家之“仁”释读西洋之“天主”，并以天主教之“下手功夫”置换儒门之“下手功夫”。
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又载，中士曰：“司爱者用于善人可耳，人不皆善，其恶者必不可爱，况厚爱乎？若论他人，其无大损，若论在五伦之间，虽不善者，我中国亦爱之，故父为瞽瞍弟为象，舜犹爱友焉。”西士曰：“俗言仁之为爱，但谓爱者可相答之物耳，故爱鸟兽金石非仁也。然或有爱之而反以仇，则我可不爱之乎？夫仁之理，惟在爱其人之得善之美，非爱得其善与美而为己有也。譬如爱醴酒，非爱其酒之有美，爱其酒之好味可为我尝也，则非可谓仁于酒矣。
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“爱己之子，则爱其有善，即有富贵安逸才学德行，此乃谓仁爱其子。若尔爱尔子，惟为爱其奉己，此非爱子也，惟爱自己也，何谓之仁乎？恶者固不可爱，但恶之中亦有可取之善，则无绝不可爱之人。仁者爱天主，故因为天主爱己爱人，知为天主则知人人可爱，何特爱善者乎？爱人之善，缘在天主之善，非在人之善，故虽恶者亦可用吾之仁，非爱其恶，惟爱其恶者之或可以改恶而化善也。况双亲兄弟君长，与我有恩有伦之相系，吾宜报之，有天主诫令慕爱之，吾宜守之，又非他人等乎？则虽其不善，岂容断爱耶？人有爱父母不为天主者，兹乃善情非成仁之德也，虽虎之子为豹，均爱亲矣。故有志于天主之旨则博爱于人，以及天下万物，不须徒胶之为一体耳。”〔79〕
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这是第十一句问答，西士主张“爱物非仁”，反对儒者“天地万物为一体”之思想，试图以西洋哲学之“博爱”置换儒家之“仁爱”。
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八、以西洋“生死”说置换儒家之“生死”说
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如《畸人十篇》〔80〕之第一篇，名“人寿既过误犹为有”，认人为过客，否定儒家“慎终追远”之理想。第二篇名“人于今世惟侨寓耳”，论人为侨居，否定“现世”之意义，并以儒家之“天”释读“天主”。第三篇名“常念死候利行为祥”，论“向死而生”，驳儒家“未知生焉知死”之说。
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第三篇驳论曰：“世界一图画耳，人人皆近于死，无复远者，不可信目之化而谬曰或远或近矣。以是观之，吾不谓今日乃我所禀命终之日，必不能使我善用此日也。以吾年寡，多为善行，是豫获长寿利矣，苟老而不能为善，岂不失长寿利乎？人寿恒短，人欲恒长，短其寿者戒其欲之长也。苟能自知前路不长，所当止宿不远，何必盛聚资费哉！未老谋善度生，已老则图善受死可也。老者勤积财尤异焉，家弥迩弥，急于路费乎？”〔81〕这是一段典型的“未知死焉知生”的说教。
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第四篇，名“常念死候备死后审”，论“死后审判”，驳儒家之“乐天知命”说，其驳“乐生”之说曰：“哀哉，人之愚耳！取之迷而忘大危险，不肯自拯拔焉，哀哉！西土有两泉相近，其一泉水人饮之便发笑，至死不止，其一泉水饮之便止笑，而疗其疾也。使人笑至死之水，是乃世乐迷人，坏其心也；止笑愈疾之水，则死候之念耳。可不旋酌之乎？”〔82〕西士反对儒者“笑对人生”的人生观。西士又借徐太史之口说：“于戏，此皆忠厚语，果大补于世教也。今而后吾知所为备于死矣。世俗之备于死也，特求坚厚棺椁卜吉宅兆耳，孰论身后天台下严审乎？”〔83〕试图以西洋的“死后审判”说置换儒家“事死如事生”之说。
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九、讨论中西哲学中之“语言”问题
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如《畸人十篇》之第五篇，名“君子希言而欲无言”，以西洋哲学的“默教”证儒家“木讷近仁”之说。曹给谏问：“吾幼读孔子木讷近仁及利佞之说，即有志于减言，且闻贵邦尚真论，今愿闻禁言之法，言幸以告我，以证圣人之旨，以坚此寡言于同□□。”
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西士回答说：“西陬一大贤格剌得氏，其教也以默为宗，帷下弟子每七年不言则出，出其门者多知言之伟人也。是默也，养言之根矣，根深养厚而株高干枝盛也。又尝出一名师，教人论辩，所著格物穷理诸书，无为为比，至今宗用之。而其人每静默希言，或问之曰：子自不言，何能教人言？对曰：子不见夫砺石乎，己不动不利能使刃利焉。凡器之小而虚，则其声扬，器之大而充，则无音。何谓？小人中无学问，惟徒以言高耳；君子充实而美，斯无言也。善行为善言之证也，行也，无音而言矣。……造物者制人，两其手，两其耳，而一其舌，意示之多闻多为而少言也。其舌又置之口中奥深，而以齿如城，以唇如郭，以须如檩，三重围之，诚欲甚警之，使訒于言矣。不尔，曷此严乎？”〔84〕
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此篇以“希言”、“减言”、“不言”为核心，专门讨论中西哲学中的“语言”问题，可以视之为四百年前中国哲学史上的一篇“语言哲学”专论。
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十、以西哲之“成见”颠覆中国“仁者以天地万物为一体”之观念
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如《代疑篇》所列第四项争论。此项争论题为“答物性不同人性人性不同天主性条”，开篇即讨论中国哲学中最核心之观念——“仁者以天地万物为一体”。其言曰：“问：仁者以天地万物为一体，儒先至言也，今欲辟轮回之非而曰人物不同性，人与天主性尤迥绝，果儒先之言尽非乎？曰：儒先之言，自有所为为，隘视吾身者守其一膜，与天地万物绝不相关，泛视天地万物者任其惨舒荣悴，与吾身绝不相涉。是以自私自利，相戕相贼，宁知原来同一炉冶，故明儒特醒之曰：是吾一体，分虽殊而理则一，派虽别而源则同，如见入井之孺子而怵惕，见堂下觳觫而不忍见牕，□之草与自家生意一般，皆实境实情，惟仁者见其然焉。然云以之为体，则彼亦一体，此亦一体，不可强而同明矣。”〔85〕彼亦一体，此亦一体，并不妨碍天地万物为一体；只有在“西式思维”的格局下，才妨碍之。
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该篇又说：“今夫明镜在悬，万象摄入其中似乎实有，然而摄者虚象也，光去则不留，体移则尽换，镜与影原非同体，岂不昭然！若论性体不同，诸篇自有明解，姑摘言之。如草木依类而生，依期而长，止有生魂而不知趋避，是无觉魂也。禽兽有草木之生长，而能趋能避，是有觉魂然不论义理，是无灵魂也。人魂兼有三能，能辩理之是非，别人之可否。禽兽有是乎？今言草木不同于禽兽，人皆信之，独谓禽兽不同于人性，无有信者，则轮回之说溺其见，而又一体之说成其讹也。”〔86〕
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“性不同”则不能为“一体”，这是西洋哲学的“成见”，实不足以颠覆中国“一体之论”。目之性在“视”，耳之性在“闻”，心之性在“明”，足之性在“行”，如此迥异，各行其是，如何能抟为“一体”呢？西洋哲学以为不能，以之为“讹”，恰恰忽略了一项最基本事实：“人体”乃是宇宙中最妙之“机体”，目、耳、心、足等等，就共处于这个“机体”中，共同完成这个“机体”特定之职能，如何能说“性”不同就不可以为“一体”？草木之性不同于禽兽之性，禽兽之性不同于人之性，此三者抟为“一体”，又如何不可以呢？天地万物均不同“性”，但却共同成就宇宙这个最大的“机体”，这就是中国哲学中“仁者以天地万物为一体”的观念，这个观念西洋哲学至今不能领会。
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该篇又说：“尝谓人有三世，母腹一世，出胎一世，归天堂一世。在胎不盈一掬，自谓至适，不知人世之宽也。出胎见天覆地载，方骇广大无比，又不知天堂之无穷无际也。天堂之与人世，人世之与母胎，广狭不同量矣。此人性、天性之别也。学者不明此理，徒见一体之说，脍炙已久，袭舛承讹，遂至泛滥无极。卑者认物为我，与众生轮回，既无了脱之期；高者认天犹凡，谓福尽降生，宁有敬事之念。悞认一体，流弊至是，不可不深辩也。”〔87〕以“人有三世”而证“一体之说”之误，似很难立足。