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总之《代疑篇》全书是代中儒向西学提问，又代西儒答复并从而反驳中学，故自中儒一方言是“代疑”，自西儒一方言亦可谓为“代答”。名《代疑篇》可，名《代答篇》亦未尝不可。作者杨廷筠以自问自答之体裁，在明末全面展开“中西之争”与“儒西之争”，以之为“近代儒学”之源始，不亦宜乎。
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十一、以西洋哲学中之“材料”与“形质”释读中国哲学之“气”
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如《三山论学记》载：“观察公曰：谓二气之运旋者非乎，抑理也？曰：二气不出变化之材料，成物之形质，然则物之准则，依于物，而不能物物。《诗》曰有物有则，则即理也，必先有物，然后有理，理非能生物者。如法制禁令，治之理也，指法制禁令而即为君乎？谁为之发号施令而抚有四国也？若云理在物之先，余以物先之理归于无主灵明，为造物主。盖造物主未生万有，其无穷灵明必先包涵万物之理，然后依其包涵而造诸物也。譬之作文，必先有本来精意，当然矩镬，恰与题肖者，立在篇章之先，是之谓理。然而谁为之命意构句，绘章琢句，令此理跃然者？可见理自不能为主，当必有其主文之人。繇此观之，生物之理，自不能生物，而别有造物之主无疑矣。”〔88〕
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此处艾儒略以西洋哲学中的“材料”与“形质”释读中国哲学之“气”，显然是扞格不入的。他又在“理”之先加上一个“主”，认为万物之先必有“造物主”存在，以西洋哲学中的“时间在先”与“实质在先”释读中国哲学中的“理物先后”，以“有主哲学”解构中国“无主哲学”，显然亦难奏效。然却是典型的“中国近代哲学”的思维格式。
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又如《万物真原》之《论元气不能自分天地第四》所载，中士问：“天地之先，惟有一气，其清者分而为天，其浊者分而为地，此乃天地之根也，何复论造物主哉？”艾儒略答：“气者不过造物之材料，非可自造物也，且据云分而为天，分而为地，则已有分之者，果元气之能自分乎？元气之说，夫何所考？或者不知天地来繇，姑举元气以为天地之根柢。然以理推论之，凡物受生，必有四所以然，而后能成。曰质者，曰模者，曰造者，曰为者，缺其一必不能成物。而论凡物之生，又分两种，有生成者，有造成者，两种俱赖四者而成。试论生成之物，如人以形躯为体质，以灵性为模，以父母为造作，以父母继嗣之本意为为。再观造成之物，如瓦器以土为质，以式为模，以人工为造，以其所适之用为为。万物皆然，则天地之先纵有元气，亦断不能自分为天地万物，必有造之之主明矣。
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“又，凡造物者必先有其物，当然之象在明觉中，因照内心之象，然后能成其物也。譬如工匠造器，必先有器之象了于胸中，然后能信手造出，如无此象，便懞然不能措手矣。今元气更无灵觉，不能明了天地之象，何能造天地哉？又，凡造物者必在物体之外，如工匠造器，必不分其体为器皿，须以他物造之，其工匠固在他物外也。今元气浑在物物中以成万物，是元气为物体而不在外，仅可为质者、模者，而不可为造者、为者也。”〔89〕
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此处以“材料”释“气”，乃是中国近代哲学家以“质料”释“气”的始作俑者；又以亚里士多德“四因说”（“四所以然”）驳斥中国哲学之“元气说”，亦肇中国哲学所谓“近代化”之端。
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十二、以“物之元质”释读“太极”
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如《三山论学记》载：“相国曰：太极也者，其分天地之主也。儒略曰：太极之说，总不外理气二字，未尝言其为有灵明知觉也。既无灵明知觉，则何以主宰万化？愚谓于天地犹木瓦于宫室，理也者，殆如室之规模乎？二者缺一不得。然不有工师，谁为之前堂后寝、庖湢门墙，彼栋梁而此榱桷也？向呈拙述物原之论，师相谓深入理窟，正合今日之所举矣。儒者亦云：物物各具一太极。则太极岂非物之元质，与物同体者乎？既与物同体，则囿于物而不得为天地主矣。所以贵邦言翼翼昭事，亦未尝言事太极也。”〔90〕
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以“物之元质”而释读“太极”，不正是三百余年后诸多“中国近代哲学家”努力为之，乐于为之的吗？这是一种“实体主义”的思维，这是一种“本质主义”的思维，以“实体主义”释读中国哲学，以“本质主义”释读中国哲学。此种所谓“近代化”，是起始于明末，而非清末，更非民国之后。
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十三、以西洋“原罪”说释读中国哲学之“恶”
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如《三山论学记》载：“相国曰：人之善恶赏罚既不可免，则天主生人，何不多善少恶，善或不可多得，何不荐生贤哲之君？君仁莫不仁，君义莫不义，而天下万世治平不亦休哉？曰：父母生子，岂不欲皆贤，以身为范而督教之，然有不肖者，此乃其子之过，何可委咎厥父耶？人性原无异禀，天主至善，岂有赋予恶性之理？故人之生也，天主赋以明悟之知使分善恶，又赋以爱欲之能使便趋避，知能各具，听其自传。第其原罪之染未除（原罪之染，详见别篇），则本性之正已失，明悟一昏，爱欲顿僻，由是趋避之路，因而渐歧。其为善恶之分者一也。形躯受之父母，则血气有清浊，所谓禀气是也。禀气乃灵性之器具，或有良易冲和者，或有躁虐暴戾者，生平举动多肖之而出。其为善恶之分者二也。
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“人所居处，五方风气不同，习尚因之各异。见闻既惯，习与成性。其为善恶之分者三也。然天主所爱者善，无不多方启翼之，所恶者恶，无不多方儆诫之。但人不愿为善，顾愿为恶，而天主强之于善，无有是理。人各有所为之善恶，自应各受善恶之报，而谓天主不加，亦无是理。若使天主赋性于人，定与为善，不得为恶，虽造物主之全能无不能者，顾必如此而后方为善，则为善者天主之功，岂得谓为人之功也哉？如天主生火，其性本热，民赖以生，然非火之功也；日之光，万方毕照，日亦曾有何功可赏？缘火之热、日之照，非其本心则然，其性定于此，不自知其然而然也。赏罚上主不爽，善恶听人自造，盖如此已。
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“至论笃生贤君，亦以此可推。夫帝王士庶，同是赋禀，然帝王之力无所不举，能为善则功德甚大，苟为恶则罪愆亦甚大。是非天主定其善恶，亦世主之自为善恶也。吾教大行之地，则代有圣哲，主持教化，政平俗美，上下和乐，熙熙穆穆，此岂大主偏厚此一方人耶？上下皆尊崇圣教，自不肯为非也。彼不知上有至尊之畏而恣意妄为者，则极之不律，民将何从？风俗浸漓，乱贼踵接，自贻伊慼而责望于天主，谓将有靳焉，非通论矣。”〔91〕
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此处艾儒略以西洋“原罪”说释读中国哲学之“恶”，乃是一个全新的视野。又以“有主哲学”而对决“无主哲学”：西士以为覆非天之功、载非地之功、光明非日月之功，故不当敬祭天地日月，而当敬祭其主宰者；中士则以为覆即天之功、载即地之功、光明即日月之功，故当敬祭天地日月，故中土才有天坛、地坛、日坛、月坛之置。“有主哲学”造成西洋之“一神教”，“无主哲学”造成中土之“多神教”。
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十四、中西两种“灵魂观”之对决
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如《三山论学记》载：“相国曰：人之善恶不齐，生前赏罚未尽，必在身后，固宜。然人之灵魂乃精气耳，气聚则生，气散则死，安见身后复有赏罚耶？纵人之灵气，或有精爽不散者，形躯既无，苦乐何所受，赏罚何所施耶？曰：按敝土性学，气者四行之一，顽然冥然，漫宇内，全无知觉，在物则为变化之料，在人则为呼吸养身之需，是非所谓灵性也。盖人在气中，昼夜呼吸，时刻无停，不知几万更易，设使人魂为气，则魂亦有更易矣。魂更则人与俱更，旦昼之己，非暮夜之己，有是理哉？况人寓气中，呼吸有馀，何缘有尽，乃为气尽而身死乎？设人之灵与气同散，则先王先师与夫祖先之神，与其身偕亡矣，彼立祠立像而致敬尽礼祭祀之，不过祭其土木，与先人无与乎？可见气是气，灵是灵，判然为二，岂可混为一而不分别哉？”〔92〕
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以“气”之聚散论灵魂，此为中国哲学之“灵魂观”；分“气”、“灵”为二，认定“气是气，灵是灵”，此为西洋哲学之“灵魂观”。
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书中又载：“曰：人魂非呼吸之气，固矣，然或与人精气为一。曰：设使人之精气与灵明为一，凡人之精气强壮，则其灵明才学亦宜与之强壮也。人之精气衰弱，其灵明亦宜与之衰弱也。今每见人当气强壮时，其灵明才学反为衰弱，至气若衰老，其灵明之用，义理之主张，更觉强壮也。当知所谓魂也者，乃生活之机运动灵觉之用也。生物有三种：下者则生而无觉，草木是也；中者生觉而无灵，禽兽是也；上则生觉灵三能俱备，人类是也。故魂亦有三种：一为生魂，一为觉魂，一为灵魂。生魂助草木发育生长，觉魂助禽兽触觉运动，二者囿于形，根于质，而随物生灭，所谓有始有终者是也。若人之灵魂为神妙之体，原不落形，不根质，自无更易聚散之殊。故虽与人身俱生，必不与人身俱灭，所谓有始无终者是也。是以人之灵魂，特有所异，合身亦然，生离身亦然，生不论圣贤不肖、英雄凡夫，赋界无二，不因善否变易性体，故永存亦无二也。独其所受善恶之报殊甚。盖人之灵魂原为一身之主，形骸百体灵魂之从役者也，善恶虽所共行，而其功与罪总归主者。形骸归土，主者自存，必复命天主以先听其审判赏罚也。”〔93〕
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此处艾儒略“生魂”、“觉魂”、“灵魂”之三魂的区分，有点类似荀子“性论”的三分法，只是艾氏讲“主”，而荀子不讲“主”，艾氏讲“灵魂不灭”，而荀子不讲“不灭”。这也是中西两种“灵魂观”的对决，合乎“近代”之学术形态。
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十五、以西洋“定性论”驳中国“随性论”
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如《万物真原》载，中士问：“譬如谷种，仅一粒耳，迨其后枝干花实，自然而生，不必有他适之者，物具本性，又因本性发生，乃自然而然，岂必有他作者乎？”艾儒略答：“种之发生，必不离于造者，设种无前树生之，将必无今树之生。故前树为后种之私造者。纵自各有种子，无人力栽培与夫土之滋润，天之照临为种公造者，则亦不能发生也，矧今之所云元气，苟无造之者，即无所从来。设有元气，而无停毓运旋之者，亦不能自分天地与夫万物之散殊也。何况凡有自然而生之物，必先有定其自然之性，为其自然之所以然者，如火自然而热，水自然而湿，必先有定水火之性者，而后水火能有此性耳，非水火能自任己意以为冷热也。则元气不能自分，天地另有造之者著矣。”〔94〕
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此处是以西式“定性论”驳斥中式“随性论”。西洋哲学以为火之“热性”与水之“湿性”是固定不变者，任何条件、任何背境下均不变，此为“定性论”；殊不知在中国哲学看来，万物无定性，火在甲条件为热，在乙条件下则不为热矣，故“热”非为火固定不变之“本性”，此为“随性论”。此处亦肇中国“近代”哲学家以西洋“定性论”驳中国“随性论”之端。
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十六、以西洋哲学之“本体论”驳中国哲学
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