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其释“目不见”云：“人目如透光镜，若审视一物，其物形必收聚于筋网，是即物上各点光影聚于筋网上一点也。且两物离目有远近，则不能同时于筋网上成像，故于目前悬纱簾，稍远置字一幅，目视纱簾，即不能见字。目视字，即不能见纱簾。而物上有光，则光与物能两见，是非物影借光以聚于筋网乎？然必谓目不见，亦名家析过当语，实则当曰目非光不见也。”〔14〕
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其释“飞鸟之景未尝动也”云：“司马云：鸟之蔽光，犹鱼之蔽水。鱼动蔽水，而水不动。鸟动影生，影生光芒。亡非往，生非来。《墨子》曰：影不徙也。按：光顺直线而行，故阻光之质能成影，质动而影不动也。”〔15〕
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其释“镞矢之疾而有不行不止之时”云：“行止相反，无中立之理，此非光学无以解之。盖目能暂留光点，故以光点旋转成规，视之则成一大光圈，而不见质点之离移。试以速率极大之炮弹，于暗空中打过，忽发电光，即见炮弹在空中若有不动之状，此即镞矢之说也。夫炮弹镞矢实动，而人视之若不动，谓之行不可，谓之止不可，故曰不行不止也。”〔16〕
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《膏兰室札记》卷三《青宁生程，程生马，马生人说》一章，则是引进西洋生物学，并以此理论释读庄子之说。《庄子·至乐》有言曰：“青宁生程，程生马，马生人，人又反入于机。万物皆出于机，皆入于机。”〔17〕章氏释读云：“解者或以程为豹，以马为六畜之马，殊无义。孙荣枝曰：马，野马也。余甚韪之，因而推究其说，按上文云：羊奚比乎不箰，久竹生青宁。司马云：青宁，虫名，而未言其为何虫。余谓此即微生物。以海深水一滴，用显微镜窥之，有活物二万六千五百是也。青宁生程者，《说文》云：程，品也，十发为程，十程为分。是程者，微分所积，有度可量，人目所能见，不藉于镜矣。微生物积而为可度之物，是谓青宁生程。程生马者，《逍遥游》野马，司马云：春月泽中游气也。崔云：天地间气如野马驰也。此即空气，空气即风，风字从虫，因空气中有虫也。可度之微物，积而为空气，则《逍遥游》所云：野马也，尘埃也，生物之以息相吹也。此两言生，皆谓积成，与上下文生字稍异。马生人者，人非空气不生也。人之炭气复归于空气，人之骸肉复反为微生物，故曰人又反入于机。”〔18〕
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《膏兰室札记》卷三《无秋豪之微，蘆苻之原，四达无境，通于无圻》一章，又引进西洋哲学上之“原子论”与科学上之“元素论”，并以此理论释读《淮南子》之说。《淮南子·俶真训》有言曰：“夫秋豪之末，沦于无间，而复归于大矣。蘆苻之原，通于无，而复反于敦庞。若夫无秋豪之微，蘆苻之厚，四达无境，通于无圻，而莫之要御夭遏者，其袭微重妙，挺挏万物，揣丸变化，天地之间，何足以论之。”〔19〕
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章氏释读云：“此即精求原质之理也。英人李提摩太云：化学积六十余原质所作。然原质又系何物？格致家则谓若干阿屯。阿屯者，其小无内之称也。若用极好之显微镜窥之，能将一分之质视为三百丈之长，则此虽至小之物，可加三十万倍，然犹未见质中之阿屯也。格物家谓将阿屯一分寸分为五千万分，可得阿屯之大小焉。又阿屯之最相近者为实质，光不能透入其间。不相近者为流质，光略能透入阿屯入内。若相隔远者为气质，日光透入，内外玲珑。故格致家常言，万物中阿屯常动，但迟速不同。若使傍火热，则近处阿屯之动速，可成流质。若冰化水然。傥再加以火热，则动更速，而化成气，如水变气然。气行之最缓者，为红光哒之气，每秒钟动四百五十八兆兆次。何谓哒？盖空气在海面则浓，在高山则淡，若去地球一二百里外，即为哒气。惟哒之气更淡，而通内外五星诸世界焉。黄光哒气，每秒钟动五百三十五兆兆次。青光哒气，动六百三十二兆兆次。紫光哒气，动七百廿七兆兆次。盖按天上虹霓而言，红一边最迟，渐速至紫光一边，可见五色胥关哒气动宕迟速次数。然欲量其迟速，其法用凸面镜置于平面玻璃上，其镜当中与玻璃紧相依处，是黑光。周外一层层，即有五色相间。推算哒气浪动宕之数，多寡可由此而知。且哒之气尤淡，玻璃虽系实质，其阿屯不能隔哒之气使之不透光也。（以上李说）。”〔20〕“阿屯”即atom之音译，今译为“原子”者。以上为章氏对西洋“原子说”与“元素说”之详尽介绍。
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章氏又以此释《淮南子》之说云：“盖豪末蘆苻，即原质也。无秋豪之微，蘆苻之原，四达无境，通于无圻，即阿屯与哒也。凡原质，以同类相合，积小成巨者，若磺气凝结为磺。是以异类相合成物者，如轻气一、养气八成水，石精养气成石灰。是原质质点极小，故喻以豪末蘆苻，至成物则极大，故曰复归于大，复反于敦庞。至于阿屯，则更由原质而求原，其小无内，故曰无秋豪之微，蘆苻之原也。原质六十四，复求原，则为阿屯，而空气中养气、淡气、炭气等，亦皆原质之一。然则哒为空气之尤淡者，较淡氮尤淡焉。是虽不得比于阿屯，为原质之原，而亦原质中之至小者也。故亦以无秋豪之微、蘆苻之原喻之。哒通内外五星诸世界，是谓四达无境，通于无圻也。虽玻璃实质，其阿屯不能隔哒之气使不透光，所谓莫之要御夭遏也。然则无秋豪之微、蘆苻之厚，兼阿屯哒言也。四达无境，通于无圻，而莫要御夭遏者，专就哒言之也。”〔21〕“哒”究指何，尚待考，但不外是对西洋“科学”之引介。
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上引《淮南子》一段话之前，还有另一段话，云：“有未始有有始者，天气始下，地气始上，阴阳错合，相与优游竞畅于宇宙之间。被德含和，缤纷茏蓯，欲与物接，而未成兆联。”〔22〕章氏又以西洋“原子说”、“元素说”释读之：“此原质中之空气也。空气在地极厚，层层递减，至一百五十里而极薄。凡地以上皆得言天，空气有吸力，故使天气下，亦有倒压力，故使地气上也。”〔23〕
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《淮南子》再云：“有未始有夫未始有有始者，天含和而未降，地怀气而未扬，虚无寂寞，萧条霄雿，无有仿佛气遂，而大通冥冥者也。”〔24〕章氏再释云：“此阿屯也。《天文训》云：太始生虚霩，虚霩生宇宙，宇宙生气，气有涯垠，此哒也。哒可以言无穷，而通于五星，则至此轨道，亦有穷尽，故曰气有涯垠。”〔25〕
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《訄书》初刻于清光绪二十五年（1899），重刊于光绪三十年，也可反映章氏在19、20世纪之交对于“西学”的知晓度。《原人》篇云：“余以所闻：名家者流，斥天下之中央，则燕之北、越之南是已。然则自大瀛海以内外，为潬洲者五，赤黑之民，冒没轻儳，不与论气类。如欧美者，则越海而皆为中国。其与吾华夏黄白之异，而皆为有德慧术知之氓。是故古者称欧洲曰大秦，明其同于中国，异于荤鬻、獂戎之残忍。彼其地非无戎狄也。处冰海者，则有哀斯基穆人。烬瑞西、普鲁士而有之者，则尝有北狄。俶扰希腊及雅典者，则尝有黑拉古利夷族。夫孰谓大地神皋之无戎狄，而特不得以是杚白人耳。戎狄之生，欧、美、亚一也。”〔26〕“冰海”，北冰洋；“哀斯基穆”，爱斯基摩；“瑞西”，瑞士；“黑拉古利”，赫刺古利，古希腊北部之主。以上反映出章氏对于当时“人种地理学”之认知程度。
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《訄书》之《序种姓上》云：“凡地球之上，人种五，其色黄、白、黑、赤、流黄。画地州处，风教语言，勿能相通。其小别六十有三。（西人巴尔科所分）。然自大古生民，近者二十万岁，（近世人类学者以石层、槀骨推定生民之始，最近当距今二十万年。如《旧约》所述，不逾万年，其义非是。）丞有杂殽，则民种羯羠不均。古者民知渔猎，其次畜牧，逐水草而无封畛。重以部族战争，更相俘虏，羼处互效，各失其本。燥湿热之异而理色变，牝牡接構之异而颅骨变，社会阶级之异而风教变，号令契约之异而语言变。故今世种同者，古或异；种异者，古或同。要以有史为限断，则谓之历史民族，非其本始然也。言人种学者，一曰太初有黄、黑二民，或云白、黑，又曰生民始黄。人各异议，亡定说。”〔27〕以上反映出章氏对于当时西洋“人种学”、“民族学”之认知程度。
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《序种姓上》又云：“宗国加尔特亚者，盖古所谓葛天，地直小亚细亚南。其人种初为叶开特亚，后与西米特科种合，生加尔特亚人。其《旧纪》曰：先鸿水有十王，凡四十三万二千年。鸿水后八十六王，凡三万三千九十一年。其次有米特亚僣主，八王，二百二十四年。其次十一王，其次为加尔特亚朝，四十九王，四百五十八年。其次为亚拉伯朝，九王，二百四十九年。其次四十五王，五百二十六年。（其书为巴比伦人披落沙所纪，披落沙，共和纪元五百八十年人。）然始统一加尔特亚者，为萨尔宫一世，当共和纪元以前二千九百六十年。（共和纪元与欧洲耶稣纪元相差八百四十一算。）其后至亚拉伯朝，以巴比伦为京师，当共和纪元前七百四年。其后二百五十年，为小亚细亚灭之。萨尔宫者，神农也，（或称萨尔宫为神农，古对音正合。）促其音曰石耳。（《御览》七十八引《春秋命历序》曰：有神人名石耳，号皇神农。）先萨尔宫有福巴夫者，伏戏也。后萨尔宫有尼科黄特者，黄帝也。其教授文字称苍格者，苍颉也。其他部落或王于循米尔，故曰循蜚；或王于因梯尔基，故曰因提；或王于丹通，故曰禅通。东来也，横渡昆仑。昆仑者，译言华（俗字花）土也，故建国曰华。……君长四州，故有四岳；长民十二，故有十二牧；民曰黑头，故称黔首；文字如楔，故作八卦；陶土为文，故植碑表；尊祀木星，故占得岁；异名纪月，（如《释天》‘正月为陬’以下十二名，巴比伦亦有之。）故贞孟陬。故曰：中国种姓之出加尔特亚者，此其徵也。”〔28〕此处转述欧洲学者“中国文明西源”与“华夏种族源于巴比伦”等谬说，可知章氏熟悉当时西洋学术界动态，并试图拿洋人之说重新释读中国文明史。
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“中华文明西源论”或“中华文明西元论”，在19世纪与20世纪之际，蔚为西洋学术界一大思潮，有拉克伯里（Lacouperie）等名家倡之，使当时中国诸多大学者信以为真，如刘光汉之《华夏篇》、《思故国篇》，黄节之《立国篇》，蒋观云之《中国人种考》等等。章太炎此篇亦是。
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