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德国人给这个问题取了个名字——森林死亡综合征。1986年，联邦德国发行了一套纪念邮票，呼吁人们立刻采取行动拯救森林。
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问题的根源是什么？18世纪，以贝克曼为代表的德国林业员想得太过简单，眼里只有经济利益。根据生态学家克里斯·马塞（ChrisMaser）的研究，贝克曼的造林术导致接近三分之一的非鸟类野生物种消失了。表面上，林业员似乎不应该背锅，因为他们的目标仅仅是最大限度地增加出材量，他们也不想损害森林的生物多样性。然而，他们的行为确实是导致森林生态失衡的罪魁祸首。随着时间的推移，生长着同样品种、同样大小的云杉的林子变得越来越脆弱，无法抵抗真菌和其他物种的入侵。
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挪威云杉带给当地政府和土地所有者的经济利益导致他们看不见林子的生态环境一年比一年脆弱。老林子的土壤富含腐殖质，它分解时会释放氮、硫和二氧化碳，不仅可以为植物提供养分，还可以加强植物的光合作用。第一代云杉依靠土壤中的腐殖质长势茂盛。渐渐地，随着土壤深处老树根的完全腐烂，云杉的树根取而代之。长年累月，这些云杉也留下了自己的腐殖质。然而森林的生态系统越来越脆弱，根本无法分解这些腐殖质。于是，土壤越来越硬，营养不断流失，导致第二代、第三代云杉的树根无法深入土壤，长势一代不如一代。
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18世纪的林业员完全没有预料到这些问题，他们自以为对这些整齐有序的云杉林了如指掌。有一位名叫格奥尔·哈蒂格（Georg Hartig）的林业员和同时代的其他林业员一样，都是贝克曼造林术的支持者。哈蒂格制作了一套数据表，自信地预测接下来的两个世纪，也就是直到2019年，云杉林的出材量都会相当可观。
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后来的事实证明了哈蒂格的盲目自信和愚蠢。为了拯救这些林子，林业员不得不在两个世纪后再一次对其进行改造——他们保留了死掉的树，搬来了腐木，种了不少新品种，还引入了啄木鸟和某些特定品种的蜘蛛，以重建林子的生物多样性。这种人工改造是否能挽救森林，现在下定论为时尚早。但是我们可以肯定地说，贝克曼的造林术不仅改变了林子，还差点毁了它们。事实证明，林业员对简单整齐的盲目追求只会打破林子的生态平衡。
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在自然界中，多样性意味着健康，在其他领域，亦是如此。
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1982年，澳大利亚一位实习医生在自己身上进行了一次实验，这恐怕是继本杰明·富兰克林（Benjamin Franklin）的风筝实验之后最出名的自我实验了。医生的名字叫巴里·马歇尔（Barry Marshall）。当时，压力被视为造成胃溃疡的元凶，因此药物的疗效甚微。但是医药公司却发现了一个生财之道，他们研制了西咪替丁和甲胺呋硫类药物，这类药物可以减少胃酸分泌，而胃酸分泌过多是胃溃疡的典型症状，治不了本可以治标嘛。这一点让马歇尔难以接受。
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马歇尔和同事罗宾·沃伦（J.Robin Warren）所持观点完全相反：胃溃疡并不是压力造成的，而是一种螺旋形细菌造成的，即幽门螺旋杆菌。感染细菌的人可以服用并不昂贵的抗生素及时得到根治。但是，没人重视他们的观点，医药公司也不想理会，除非不想赚钱了。
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马歇尔很生气，他下决心一定要证明自己的观点是正确的，于是他喝下了整整一瓶幽门螺旋杆菌。如他所愿，很快马歇尔就得了胃溃疡。他服用了一个疗程的抗生素，很快就痊愈了。就这样，马歇尔和沃伦终于引起了医学界的注意。因为发现了幽门螺旋杆菌以及这种细菌在胃炎和胃溃疡中的作用，马歇尔和沃伦获得了2005年诺贝尔生理学或医学奖。
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马歇尔和沃伦凭借实验和勇气获得了成功。从那以后，肠胃病专家甚至想寻找方法彻底消灭人体里的幽门螺旋杆菌。然而，故事却出现了转折。2007年，在马歇尔和沃伦联合获得诺贝尔奖两年之后，纽约大学医学院一位微生物学家马丁·布莱泽（Martin Blaser）却发现：幽门螺旋杆菌对人体有一定的益处。
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布莱泽发现肠胃里感染幽门螺旋杆菌的美国人患哮喘的比例低很多。研究人员给实验室的小白鼠注入了这种细菌，随后发现小白鼠完全没有出现哮喘症状。不仅如此，布莱泽和同事发现幽门螺旋杆菌还可以通过调节一种被称为“饥饿激素”的胃肽酶帮助我们控制体重。这一发现也是通过实验获得的。研究人员给小白鼠注入抗生素之后，它们体内的幽门螺旋杆菌被全部消灭，小白鼠随后便长胖了。其实多年以来，密集型农业一直都在利用抗生素增加牲畜体重，只不过他们没弄明白原因。研究人员还发现，将瘦白鼠身体内的微生物转移到胖白鼠身体内之后，胖白鼠体重也下降了。
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这些发现可能会改变我们对人体微生物丛（生活在体内以及皮肤表面的微生物）以及它们的基因的认识。传统观点是细菌对人体有害无利，采用抗生素治疗绝对没错，只是不能滥用以免细菌产生抗体。最近，医学家却发现人体和细菌的关系远没有那么简单。人体寄生的菌种平均每人达一万多种，这比人体的细胞种类还多，它们重不足1.5公斤，却在新陈代谢中发挥着重要作用。一些细菌很危险；一些没什么影响；一些对我们身体有益；还有一些，比如幽门螺旋杆菌，有时候是朋友，有时候是敌人，视情况而定。
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布莱泽和其他几位学者首次提出寄生人体的细菌种类正在减少，这对身体是有害的。
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多伦多大学的研究人员发现20世纪80年代保持身材要容易得多。他们搜集、分析了几万人自20世纪70年代以来的饮食和锻炼数据，发现虽然在饮食和锻炼方面都一样，但是现在这个时代的人就是比他们的父辈胖。其中一个认可度比较高的解释是，现在的年轻人体内的细菌种类减少了。另一项针对欧洲人微生物基因的大型研究也表明微生物多样性和体重呈负相关。
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与此同时，加州大学旧金山分校的研究团队发现人体的另一种细菌米酒乳杆菌似乎可以抵抗鼻炎，这很可能是因为米酒乳杆菌能够战胜引起鼻炎的另一种有害细菌。服用抗生素便可以消灭米酒乳杆菌，但与此同时，鼻子就要遭罪了。
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接下来我们来看一个针对艰难梭菌肠道感染的治疗手段。这种感染可以引起重症血性腹泻以及严重腹痛，美国每年有三万人因此丧命。究其感染原因，是因为长期服用抗生素导致胃肠道的有益微生物被赶尽杀绝，艰难梭菌趁机入侵。自然而然，艰难梭菌对抗生素的抵抗力也越来越强。
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所幸的是，目前医学家已经发现了一种近乎神奇的治疗方法——最开始有关其疗效的病例报告没被当真，因为这种疗法实在是不大体面……可是，它发挥的疗效确实突出，出于医德，这种疗法再恶心也得大白于天下：粪便菌群移植。用好听一些的话说，就是将一个健康人的粪便和一点盐水混合，然后将这种混合物通过肛门注入病人体内。几乎是立即见效，而且一般一次灌肠就够了。
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医生和研究人员还想把粪便菌群运用到其他疾病的治疗上。比如，神经外科医生已经开始研究是否可以利用粪便菌群当中的产气肠杆菌治疗恶性胶质瘤，这是一种致死脑瘤。他们认为如果能通过手术将产气肠杆菌移植到大脑，那么人体免疫系统就会发起抵抗，攻击癌细胞，医生便能治愈患者。然而一位持反对意见的医生却告诉《纽约客》的记者：“移植产气肠杆菌最多能治疗脑脓肿，绝对不可能治疗脑瘤。”虽然这种治疗方案招致了无数争议，但是从中我们可以看到，人们已经普遍认识到微生物并不都是身体的敌人。
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为什么21世纪的年轻人体内的微生物多样性在下降呢？罪魁祸首便是抗生素的滥用。医生原本只应在病人感染极其严重的时候才使用抗生素，然而，这类强大的、拯救生命的药物却经常被用来治疗小病小痛，或者被误用来治疗病毒感染，又或者用来给牲畜增肥。第二个原因和我们周围的环境有关。频繁使用洗涤剂、洗手液等消毒工具，使得我们的居住和工作环境远离细菌。有些消毒过程甚至我们完全意识不到，比如，医院的空调系统似乎能够过滤很多无害微生物，没有了对手，一些危险的病原体便乘虚而入。
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第三个原因是剖宫产比例的上升。现在在美国，接近三分之一的新生儿都是通过剖宫产从母体中取出来的。
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新生儿可以从母亲身上获得多种微生物，但是这一过程并不是在母亲子宫里完成，而是新生儿经过母亲产道时获得的。这可以用来解释为什么剖宫产出生的新生儿更容易患过敏或哮喘，也可以用来解释微生物生态学家罗布·奈特（Rob Knight）的奇怪行为。奈特的女儿是通过紧急剖宫产手术来到这个世界的，考虑到女儿没有经过母亲的产道，这位教授等到医生和护士都离开产房后，用一根沾满妻子产道分泌物的棉签涂抹女儿的身体，希望能将妻子产道的微生物移植到女儿皮肤上。奈特教授目前正在针对波多黎各剖宫产出生的新生儿展开研究，观察这种方法是否能帮助新生儿获得微生物。
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事实上，微生物丛是可以通过母体遗传到子体的。如果母亲服用太多抗生素或使用太多杀菌剂，那么母体的微生物多样性就会降低，进而影响下一代。
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如今有些荒诞的说法越来越流行。一些庸医和食品厂为了赚钱，称饮用含益生菌的酸奶可以使人体内的微生物菌群更健康——没这回事。健康的微生物丛形态多样，且变化多端。不同的人可能拥有完全不同形态的微生物丛，但同样是健康的；另一方面，同一个人的微生物群也会随着时间不断发生变化。当然了，这并不是否定了益生菌的好处，总归不能吃脏东西吧，那会让你生病，而抗生素的确挽救了许多患者的生命。问题的关键在于平衡——既要保持人体内菌群的多样性，又不能让细菌过多以至于要使用抗生素来杀菌。不过，如何找到这个平衡点，仍是我们需要努力的方向。
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以上这些微生物学的发现印证了我们所讨论的道理：如果你试图通过压制、简化等方式控制一个复杂的系统，到头来可能发现，这些看似微不足道、被简化的部分，实际上对整个系统的运作至关重要。
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现在我们已经明白了，混杂能够使自然存在的系统（比如森林，或者人类的身体）更加健康、更具多样性，那么对于人为制造的系统，如我们的居住区、城市和国家，是否同样有益呢？
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