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以上两项程序结束后，法庭先是于5月6日驳回辩护律师清濑一郎关于庭长韦伯应当回避审判的动议，接着对各方（主要是辩方）提出的关于管辖权和翻译问题的异议一一进行讨论和裁决。6月4日，庭审得以进入对被告犯罪事实的正式审理阶段。整个审理计划先是由检方进行举证，共分15个阶段：日本的宪法与政府、引导战争舆论的共同谋议、在满洲的军事统治、“支那事变”——中国本土统治权的扩大、在中国的暴行及鸦片毒品输送、“满洲国”及中国的经济统治、德意日三国同盟、法国·法属印度支那·泰国相关、苏维埃联邦相关、日本的战争准备、美·英·英联邦国家相关、荷兰·荷属东印度·葡萄牙相关、对战俘及平民的暴行（含两个阶段）以及部分被告的个人追加举证。1947年1月27日，检方举证告一段落。辩方再次提出一系列撤销所有针对被告指控的动议。在双方激烈辩论后，法庭最终驳回了所有动议。
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1947年2月24日，庭审于进入辩方反证阶段，分作八个阶段：一般问题、满洲及“满洲国”问题、中国相关、苏联相关、太平洋战争、保留·追加举证、个人辩护、追加举证。
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从双方的举证逻辑来看，检方基本按照自1928年以来战争的进程分段举证，同时将暴行单独作为一个阶段。辩方则是针对检方举证进行反证，同时被告的个人辩护占据较大篇幅。这也是辩护团与被告之间的关系结构及其辩护方针的直接反映。值得注意的是，最初辩护团确定的方针是为国家辩护优先于个人辩护，但随着审理的进行，被告之间的立场分歧逐渐显现，加上一部分辩护律师本来就对日本政府和国家持批判态度，因此大部分被告的辩护最后都以个人辩护的形式完成。
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二、证据与证人
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东京法庭的证据规则比一般英美法律宽松许多。后者规定法庭不能受理道听途说的证据以及无法进行交叉询问的证据。《远东国际军事法庭宪章》则排除了这些法律原则，规定“本法庭不受技术性采证规则之拘束”，“将尽最大可能采取并运用高效而不拘泥于技术性的程序所得本法庭认为有作证价值之任何证据。被告之一切自供或陈述，均得采用”。这一规定为时间有限的检方在搜集物证方面提供了许多方便。由于日本在战争末期大规模销毁档案的行为，检方实难以取得足够对被告个人责任进行举证的政府和军队档案，这项规定使得各类书面证明、私人日记和未经宣誓取得的文件都能作为呈堂证供。但这也意味着法庭上任何一方对所呈证据提出异议时，法官们都必须以投票的形式决定该文件是否具有证据价值，庭审也由此生出无数枝蔓。
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从检方提交的证据来看，首先，各国检察官大量依靠了各地战场记录日军暴行的调查报告。例如单独赴日的菲律宾检察官洛佩兹（Pedro Lopez），在庭审中大量利用了盟军最高司令部法务局在收复菲律宾后制作的调查报告——这批报告多达15000页。其次，也有检察官亲自前往战区调查，如荷兰助理检察官达姆斯特（J. S. Sinninghe Damste）在开庭前花了六周时间在荷属东印度地区收集证据。中国检察官向哲濬也在开庭初期数次回国取证。第三，先于东京审判进行的亚太地区BC级审判记录和资料也频繁被检方引为证据，如美军在马尼拉、关岛和夸贾林岛，英军在缅甸，法国在西贡主导的军事审判。所有检方证据中，法庭最为重视的恐怕要算《木户日记》和《西园寺——原田回忆录》这两部大型私人日记了。它们也成为辩方激烈攻击的目标。正如判决书中指出的：“因为在这文件中，包含着辩方大感狼狈的词句……我们认为它所记载的事实都是有用而可靠的当时证据。”
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总体说来，法庭对双方提交的证据都有不满之处，而对辩方证据尤为不满。法庭认为：“辩方所提出的证据中，大部分都没有受理，主要因为这些证据很少或完全没有证据价值……辩方大部分证人并没有面对困难的打算。他们冗长而模棱两可的言辞和遁词，只会引起不信任。”
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三、翻译问题
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翻译以及口译服务是法庭给予被告公正审判权利的体现。《远东国际军事法庭宪章》第三章“对被告的公正审判”中的第九款规定：“审讯及有关的各种诉讼程序应用英语及被告本国语言为之。遇有需要及被告请求之时，各种文件应备译本。”在实际庭审中，英、日两种文字间翻译的巨大难度始终是一项挑战。尽管纽伦堡审判也碰到了翻译问题，其庭审正式语言为英、法、德、俄四种语言，但其难度显然不及英、日这两种分属不同语系的迥异语言。不论是在国际检察局内部文件还是在最终的判决书中，所有人都坦承，英、日语之间的翻译无法做到像西方国家之间语言互译那样迅速和准确，大部分时候只能意译。再加上庭审陆续出现用汉语、法语、蒙古语、俄语作证的证人，以及法国和苏联检察官坚持在发言时使用母语。这些都是法庭最初没有预想到并作出充分准备的。
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因此，翻译问题常常被辩方拿来作为攻击点。如1946年5月6日，辩护律师高柳贤三以检方起诉书的日译文本有误为由，拒绝法庭进行下一步的罪状认否程序；6月24日，辩护律师菅原裕认为，在检方证据中，有关名为《非常时期的日本》电影的说明文档出现了27处对被告不利的“重大错误”；10月4日，辩护律师洛根（William Logan）对检方重要证据《木户日记》的英译提出异议，要求语言部重新裁定，等等。在前半期的庭审中，经常能看到类似关于翻译的争论，法庭语言部负责人摩尔上校（Lardner Moore）往往也加入庭上讨论，主要回应由辩方提出的翻译不准和不公的问题。
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法庭采取了一系列改善和保障措施，一是聘用中、俄等语种翻译；二是要求语言部尽量事先准备好庭审使用文件的译件，只有在交叉询问时才进行现场翻译；三是建立一个有效的翻译检查体系，为此法庭设立了口译监督和检查机制，即“语言裁定官（Arbiter）——语言监督官（Monitor）——口译员（Interpreter）”的金字塔形三级体系：裁定官由欧美人担任；监督官由美籍日裔人担任；译员则由应聘的日本人担任，他们中有外务省职员、大学老师甚至学生。有研究者认为这个体系在庭审中基本运行流畅，且没有明确证据指向翻译失误严重到影响判决走向。
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图3-1 工作中的翻译人员
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东京审判：为了世界和平 第二节 反和平罪行的审理
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反和平罪可以说是整个东京审判庭审的核心。检方55项诉因的前36项均与反和平罪有关。在这36项诉因中，有5项涉及“共同谋议”，其余31项则与为实现侵略战争而采取的实际行动，即计划、准备、发动、实施战争。
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一、共同谋议发动战争
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起诉书第1项诉因是指控全部28名被告自1928年开始，便始终参与进一项共同谋议（conspiracy），目标是对亚洲——太平洋地区所有受害国发动侵略战争和违反国际协议之战争。这是反和平罪全部36项诉因中最重要的一条，并且由于反和平罪处于东京审判的中心地位，它也就是全部诉因中最重要的一条。
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“共同谋议”这一概念源自美国的司法实践。符合条件包括：第一，在一场由检方界定的，为了实施犯罪而进行的共同谋议之中，参与者可以半途加入，也可以中途退出；第二，参与者可以彼此不通声气，也可以彼此通力合作；第三，参与者可以合作从事同一犯罪行为，也可以分别从事各自的犯罪行为。显然，根据这一定义，对于共同谋议参与者的认定条件是十分宽松的。
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纽伦堡审判的起诉书把共同谋议罪与反和平罪、普通战争罪和反人道罪并列为四项罪行。追随纽伦堡审判的先例，《远东国际军事法庭宪章》也设置了共同谋议罪，但没有赋予它独立的地位，而是作为反和平罪、普通战争罪和反人道罪的补充。稍后出台的起诉书里，检方又将共同谋议引入稍后追加的谋杀罪指控。
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共同谋议在东京审判里不再是独立的罪名，因此越发凸显其工具属性——否则检方将很难把反和平罪的具体罪行同被告的个人责任相关联。具体说来，检方可以克服缺乏直接证据的困难，仅用间接证据就能够把被告圈入共同谋议的指控。这也是共同谋议对于东京审判的价值所在。
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被告辩护团方面则不出意外地向法庭抗议，表示共同谋议的概念只属于美国法律的特例，是检方为打击被告而援用的工具，不符合国际法的原则，但这一抗辩没有被法庭采纳。此后，检辩双方围绕共同谋议的争论转为对历史事实的认定，即1928—1945年间日本是否存在这样的共同谋议？如果存在，全体被告（或部分被告）是否该被纳入这个共同谋议的圈子？换个角度看，双方围绕共同谋议的攻防也反映了彼此对于1928—1945年日本侵略战争历史的认识分歧。
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面对检方所主张的28名被告从1928年伊始便开始共同谋划战争的指控，辩方反驳称：检方的这种做法是把侵略战争从萌生计划到付诸实施都划入同一个时间段，在这一时间段内身居高位的政要，都被检方裹挟入共同谋议这一概念之下。辩方称这种概念为“不断发展的共同谋议（progressive conspiracy）”，他们强烈反对这种做法，并辩称，英格兰、法国、荷兰、俄国、美国等参与审判的国家也都曾有过对外扩张的历史，假如按照检方的做法，那么也应该把这些国家扩张阶段中最重要的政治家和军人作为共同谋议者，不管这些人支持或反对帝国主义，所以这么认定是毫无道理的。
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从最终的判决来看，法庭选择从同时期的日本国内政治史着眼来裁断全体被告共同谋议的罪行。判决书认为，自1928年以降，日军不断侵略各邻邦的领土，法庭最重要的任务就是判定这种非法攻击过程中的个人责任。而判定个人责任不能只通过观察日本在境外的侵略历史；事实上，对于“为什么会发生这些事情？”和“哪些人应该对这些事情的发生承担负责？”这类问题，要得到答案，往往必须先厘清彼时日本的国内政治史。法庭综合检、辩双方在庭审中提出的种种证词和证据，对共同谋议的形成及共同谋议者的参与经过做出了如下裁断：