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但无论如何，给予俘虏人道待遇的法律原则和反人道罪的罪行得到纽伦堡和东京法庭的确认，之后亦为十二个后续审判所继承，成为当今国际人道法的基础。20世纪90年代中期先后成立的前南斯拉夫问题国际刑事法庭和卢旺达问题国际刑事法庭，以及1998年诞生的海牙国际刑事法庭《罗马规约》，都写入了种族灭绝罪（genocide）和反人道罪。这些新时代的国际刑事法庭，不仅延续了半个世纪前纽伦堡和东京两大审判的罪名，而且在两大审判宪章的基础上，补充了性暴力、折磨、囚禁等内容，从而充实了反人道罪的定义。
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二、普通战争罪的举证与检方的策略
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东京法庭上检方对于战争罪的举证遭遇了一系列困难。首先是来自日本政府层面系统性的大规模销毁战时档案行动，这为调查取证带来了极大困难。检方也在法庭上出示证据，向法庭和公众揭发这一不齿行为。如第一复员局（原陆军省）文书课长美山要藏在本人宣誓证词中表示，自己“在昭和二十年八月十四日根据陆军大臣的命令，以高级副官的名义向全体陆军传达‘各部队保存的机密文件应迅速烧毁’的指令”“上述命令对在京部队通过电话传达，其他部队通过电报传达”“该电报及底稿一并销毁”。
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另一方面，检方自身在庭审进行过程中也一度为是否要进行普通战争罪和反人道罪举证发生分歧。1946年底，庭审仍处在检方举证阶段，首席检察官季南在国际检察局内提议放弃针对这两项罪行的检控安排，理由之一是起诉普通战争罪不是东京审判的主要任务，之二是普通战争罪举证太花时间，不利于庭审迅速推进。这一提议引发了其他国家检察官们的反对，双方据理相争，互不退让。最后，荷兰检察官达姆斯特给出了一个妥协方案，各国检察官为将要提交的每份证据制作简单的大纲文件，在法庭宣读大纲代替证据本身。这样将大大缩减举证时间。于是检方在短短六周间就完成了普通战争罪海量证据的提交。相关的暴行包括：对俘虏、军医、伤员、病人以及被拘留的同盟国国民实施杀人、拷问、强奸以及其他虐待行为；要求俘虏在非人道环境中从事具有军事目的的作业、拒绝提供适当的食物、水、衣物和收容设施；非法和过度惩罚、无视伤员、病人、军医和军队护士的基本权利；不履行向有关国家传达本国俘虏情报的国际义务；在中国使用毒气；军事上无正当理由进行掠夺和破坏；杀害船只被击沉后的生还人员、无视国际法赋予军医船的权利以及攻击中立国船只，等等。
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图3-12 各国检察官（后排左起：新西兰检察官奎廉、中国助理检察官裘劭恒，法国检察官奥尼托、菲律宾检察官洛佩兹、加拿大检察官诺兰；前排左起：苏联检察官戈伦斯基、英国检察官柯明斯——卡尔、美国检察官季南、荷兰检察官伯格霍夫——穆德、澳大利亚检察官曼斯菲尔德）
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图3-13 庭审中的中国检察官向哲濬
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显然，这一举证方法存在着严重的问题：揭示日军暴行的证据没有在法庭上得到完全的展示，而这恰恰是法庭向世人进行战争教育的一个重要途径。于是普通人失去了知晓这段历史的机会，这不能不说是个巨大的遗憾。
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抛开这种快速提交证据法的利弊不谈，检方对于战争罪的举证逻辑是经过深思熟虑的。因为不同于策划和发动战争的反和平罪，普通战争罪、反人道罪乃至谋杀罪等暴行很难直接与28名身居高位的被告联系起来。因为几乎不存在他们亲自杀人和虐待的证据，而有关他们亲自下达具体杀人和虐待指令的证据也极不容易寻找到。于是检方采取了一套策略，即通过提交数量巨大的证据文件说明整个亚洲——太平洋战场上发生了大范围、长时间、高频率的日军暴行，由此进一步证明这些暴行一定已经常态化，而且不是随机偶发的。它们一定受到来自政府高层的统一政策引导而非现地军队的随意肆虐——这种政策便出自部分被告之手。
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三、1928—1945年日本侵略战争期间的暴行
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检方对于普通战争罪的举证虽然存在不利客观条件的限制，但检方将各个年代发生在各地的日军暴行同被告们联系起来的努力仍然收到了成效。与此同时，检方也有意突出若干极其重大和有典型意义的暴行事件，成功地向世人展示了一系列日本军队和政府在战时犯下的惊人暴行。
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南京暴行。日军在1937年南京战役后数周内实施的大规模屠杀、抢掠、强奸等行为，是谋杀罪、普通战争罪和反人道罪的集中体现，也是法庭审理日本战争暴行最重要的一起案件。
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检察官把美国驻南京大使馆于1938年初发给华盛顿的一封电报作为证据提交法庭，电报描述了不久前发生在身边的这场暴行，电文附上了若干文件，其中一份是大使馆三等秘书埃利森（John M. Allison）写给美国驻汉口大使的信函。写信者根据14名亲历暴行的美国侨民的见闻，写道：“这座城市俨然成了日本人手中的猎物。南京不只是在有组织的交战过程中被占领，而是被一支似乎在追逐奖赏的军队所大肆抢劫和施暴。通过更完整的资料以及我们自己（指驻宁大使馆——引者注）的观察，我们并没有找到能够质疑他们（指美国侨民——引者注）说法的事实证据。城里的中国平民挤在被称为安全区的几个街区内，许多人已经一无所有。几乎到处都有杀害男女、儿童、破门而入抢夺财产以及烧毁房屋和建筑的证据。”同时，这份电报还提到，“有超过2万名中国士兵”被日军用刺刀和机枪成批屠杀。
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除了屠杀平民和放下武器的中国军人之外，许多证人和书证多还指向日军对中国妇女的性暴力。美国人、南京安全区国际委员会委员贝茨（Miner Searle Bates）为检方出庭指证，国际委员会主席拉贝（John Rabe）先生曾向德国当局报告称，他和他的同事们相信至少发生了20000起强奸事件，而贝茨仅根据安全区的报告，就估计类似事件起码有8000起。
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检方通过一系列来自中国和西方的证人和书证，向法庭证明日军在南京陷落后进行了至少六周的大屠杀、强奸等大规模暴行。对于检方描绘的这幅人间地狱般的场景，辩护方难以辩驳。要知道，在其他案件中，辩护律师们通常不放过丝毫破绽，对检方证人展开反复且冗长的质证。但是在南京暴行一案上，他们却基本放弃了这一权利。辩方的这种行为等于是承认了日军在南京战役后的所作所为。辩方转而把辩护的重点放在相关被告——时任华中方面军司令官的松井石根、时任华中方面军参谋副长的武藤章、时任外务大臣的广田弘毅——的个人责任上，辩护方力图向法庭证明，这些被告不仅没有下达屠杀和其他暴行的命令，而且事发当时并不知晓日本士兵的兽行，所以他们无须为没有及时制止部下的暴行担负责任。
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巴丹死亡行军。日军在东南亚屡屡有强迫西方战俘徒步转移，且沿途无视战争法规，虐待乃至残杀战俘的事件。发生于1942年4月中旬的“巴丹死亡行军”是最著名的一起。彼时日军驱使不久前投降的美国和菲律宾军队从菲律宾巴丹前往到圣非尔南多战俘营，不仅连最基本的人道待遇都不提供，而且途中动辄随意屠杀战俘。据法庭证据显示，有8000名战俘在短短六天的“行军”途中死亡。时任首相的东条英机在法庭上承认，当时他是知晓这起事件的。
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泰缅铁路事件。1942—1943年，日本出于战略目的，试图修筑一条铁路，将位于缅甸和泰国的两条铁路相连接，为此，强迫西方战俘和当地人充当筑路的苦力。在恶劣的生存环境以及日军毫无人道的奴役之下，数以万计的奴役劳工死亡。法庭认定的数字达1.6万人。东条英机在庭上供述，他担任首相期间曾收到相关报告，知晓当地日军野蛮驱使战俘的情况，并罢免了当地的指挥官。然而判决书查明东条所言与事实并不相符。东条内阁罔顾发生在东南亚的这些惨剧，甚至起到推波助澜的作用。
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虐杀“杜立特行动”飞行员。1942年4月18日，美军为了报复日本偷袭珍珠港，也为了震慑日本军民，由杜立特上校（James Harold Doolittle）率领的轰炸机群对日本东京、神户、大阪等重要城市实施轰炸。绝大多数美军飞行员在完成任务后迫降中国大陆，但还是有八人被日军捕获。同年10月，日本中国派遣军的军事法庭处决了三名俘虏，另五名俘虏都遭到了不同程度的虐待，并导致一人在狱中去世。此事还在战争期间就成为美国谴责日本战争罪行的焦点之一。1943年4月21日，白宫对“杜立特行动”飞行员遭处决一事向日本提出抗议。白宫警告称，日本相关官员将遭到审判。这也是盟国早期宣称将使用司法手段对日本战犯进行审判的一次声明。日后东京审判把这起事件作为日本违反普通战争罪的典型案例，除了受害者的身份为美军飞行员之外，还在于此案与时任内阁总理大臣的东条英机和中国派遣军总司令官的畑俊六直接相关。
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在杜立特空袭前，日本政府的法律和条例中原本没有相应的规定，但首相东条为了将杜立特的飞行员处以死刑，下令制订一条新法令，且把这条“法令”的有效时间追溯到杜立特空袭发生时。1942年8月13日，东条内阁公布了这些条例，自言适用于空袭日本、“满洲国”及“中国派遣军辖区内的敌机搭乘人员”。东条在证词里供述，他采取“立法”和“审判”的手段，是为了威吓阻止盟军接下来可能的其他空袭行动。东条如此供述，初衷是为了说服法庭，当初他选择了一种貌似“文明”的方式惩罚“杜立特行动”飞行员，他甚至“赦免”了原本被“判处死刑”的5名飞行员，可这样一来，客观上也就承认了他本人对美军飞行员被侵华日军的军事法庭“判处死刑”一事负有直接责任。执行东条英机命令的是畑俊六，他指挥下的侵华日军在上海“审判”并处死了三名美军飞行员，所以和松井石根一样，检方指控他对第55项诉因负有责任。
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除了上述重要的案件外，检方还相当重视战时日本针对中国、西方战俘和中国、西方及东南亚的被掳平民们的各种具体待遇，诸如是否实施体罚、强迫劳役，以及住宿条件、医疗条件、饮食卫生等方面。检方意图通过各地基层频频发生的各种暴行现象，引出现象背后的制度，从而说明不仅基层实际施暴的日本士兵有罪，而且看似不曾亲手沾血、不曾实际指挥士兵们施暴的被告们，更是负有不可推卸的责任。
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同检方对日本战争暴行的大量举证形成鲜明对比的是，辩方极少能提出有力的反证。甚至往往放弃反诘。从最后判决书来看，法庭毫无疑问认可了检方的这种观点。
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小结
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《远东国际军事法庭宪章》开篇就表明，设立法庭的目的在于“为求远东主要战争罪犯之公正与迅速的审判及处罚”。但是审判开始不久就显现出难以在较短时间（如纽伦堡审判的半年）内结审的迹象。原因来自各个方面，如检辩双方对绝大多数的事实都难以达成意见一致，进而发展成争论，并不得不因此准备并提交大量证据。又如在辩护阶段，辩方往往提交大量重复性证据，辩护律师和证人也有言词冗长和不切题的倾向。翻译问题更是难以把控。英、日语之间的翻译难度使得庭审中经常发生不知如何翻译的情况。即便设立语言仲裁部，语言专家们也会为翻译是否准确而产生不同意见。至于法庭，则面临大量证据的价值性判断工作以及处理不断产生的各种动议的工作。