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总部位于弗吉尼亚州的兰利，地处华盛顿特区南部，中央情报局许多部门和办公室都分布在华盛顿特区地区，尤其是弗吉尼亚北部。1991年，中央情报局大约有20000多名雇员，但是由于20世纪90年代冷战后缩减，加之中央情报局的图像分析人员调转到美国国家图像与测绘局（National Imagery and Mapping Agency），致使雇员人数降至约16000。“9·11事件”促使中央情报局扩张；到2011年9月，其人员总数大概超过21000人的记录。中央情报局2013年财政年度申请的预算为147亿美元，大约五倍于1994年度的31亿美元。
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图2.1 中央情报局组织架构图
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如图2.1所示，除直接向局长、副局长和常务副局长汇报的办公室和各人员和部门外，截至2015年3月，中央情报局设有4个主要处级管理部门。国家秘密行动处（National Clandestine Service）和科技处（Directorate of Science and Technology），这两个处全部或部分从事情报搜集活动；第三个是情报处（Directorate of Intelligence）负责情报分析；第四个处是后勤管理处（Directorate of Support），负责所有后勤支持和保障。
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“国家秘密行动处”，此前为“行动处”（Directorate of Operation），更早之前是“策划处”（Directorate of Plan），负责情报秘密搜集和秘密行动。秘密行动处成立于2005年，将组建于20世纪90年代中期的国防部人力情报局（Defense Humint Service）的秘密情报人员接收进来，巩固加强了人力情报搜集活动。国家秘密行动处最高首脑是处长，被授权管理中央情报局的人力情报搜集和秘密行动计划，并负责在“美国情报界内协调和评估人力情报活动及解决冲突”。秘密行动处处长配有两名副手，一名负责行动处所属分支机构和中央情报局各中心的日常活动，另一名重点负责美国情报界内所有人力情报活动。后者，即专门负责美国情报界全部人力情报的秘密行动处副处长，监督管理“情报界人力情报协调中心”（Community Humint Coordination Center）和“国家人力情报需求任务中心”（National Humint Requirements Tasking Center），以及一个专责人力情报标准与实践的中心。
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图2.1显示的是2015年中央情报局非机密组织机构图上秘密行动处的架构。图中注明若干个“技术支持处”的存在，或许是为了加强科技处的技术服务办公室（Office of the Technical Service）的工作。这些技术支持处的存在，最早可追溯到20世纪80年代，由时任行动处副处长的汤姆斯·特腾（Thomas Twetten）建立的技术小组。
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秘密行动处的其他结构组成，包括7个地区处、1个负责全球行动的处和5个中心。国家资源处（National Resource Division）是1991年由外国资源处（Foreign Resource Division）和国家情报搜集处（National Collection Division）合并而成，其行动限于美国本土，在美国境内大约30个城市设有办公室。据报道，该部门因“为了行动原因”，已在2005年迁移到科罗拉多州的丹佛。
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合并到国家资源处的两个部门成为该处的分支部门。外国资源处成立于1963年，当时是国内行动处，其任务是专门针对“（外国）秘密行动机构在美国境内实施的针对外国目标的秘密行动”。现在，外国资源部门（Foreign Resource Branch）负责锁定在美国居住的具备特定条件的外国人，并对他们进行招募，以使他们回国后（或调到其他外国）作为情报员效力中央情报局。为了锁定此类目标，外国资源部门与美国学术机构的大量研究人员，包括教职人员，建立了联系。这些研究人员对学生不进行任何招募试探，只是协助提供目标人的背景信息，有时作为中间人引见介绍。据一份报告透露，外国资源部门的关键行动（大约占据整个活动的30%），是对在美国的外国科学家、工程技术人员和企业高管实施招募，提供电信通讯情报，或协助美国情报界获取类此情报。根据该报告，这项计划现在，或过去，被命名为“最大范围”（MAXSCOPE）。
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国家情报搜集部门（the National Collection Branch NCB），此前为国家情报搜集处，分为国内搜集处（Domestic Collection Division）和国内联系中心（Domestic Contact Center），专门负责做赴国外工作的美国公民工作，从他们那里获得情报信息，包括从目标地区回来的科学家、经济学家、技术人员和能源专家等。1982年，国内搜集处在美国290所大学，与大约900多人进行了接触。国家资源处的负责人（也许还包括国家情报搜集部门和外国资源部门的负责人）有权批准利用某机构员工或被邀请的人员，在美国境内利用展览活动、座谈会、小型研讨会或类似的商业或专业会议的机会，搜集重要和有价值的外国情报信息。此类活动仅对他们这类具备公开身份和角色的人开放，但对公众是不公开的。“9·11事件”后，该部门获得了额外资金，20世纪90年代被关闭的办公室得以重新恢复业务，使该部门的办公室总数达到30个。
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地区处业务覆盖世界其他地区，包括中欧处、拉丁美洲处、欧洲处、东亚处、近东处和非洲处。自中央情报局成立之日起，这些部门就是秘密情报搜集活动的核心，指导着中央情报局各地区站的情报搜集活动，在情报站工作的特工人员负责招募和经营情报关系，并负责实施秘密行动。
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负责全球行动的处——特别行动处（Special Activities Division），负责实施准军事行动，例如20世纪80年代针对尼加拉瓜桑地纳政府和苏联入侵阿富汗的行动，以及支持美国政府打击“基地”组织、推翻塔利班在阿富汗的统治和废黜萨达姆·侯赛因等行动。特别行动处有一个部门，就是“全球反应人员”（Global Response Staff）。这个部门的人员“现在或过去担任过中央情报局间谍的武装警卫”，在某些情况下，也为其他情报机构的人员提供安全保卫，“包括在冲突地区安装传感设备或窃听装置的国家安全局小组人员”。全球反应人员部的工作人员有可能还要对潜在的秘密会见地点进行安全评估，甚至可能首先与目标接触，以确保执行任务的专案项目官不会落入对方设置的陷阱。特别行动处的人员来自诸多前身机构，包括“国际行动处”（International Activities）、“准军事部”（The Paramilitary）、“缉毒局”（Narcotics Staff）和“军事与特别计划处”（Military and Special Programs Division）。
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秘密行动处所属五个中心，其中的“反恐中心”（Counterterrorism Center）和“反情报中心”（Counterintelligence Center）是在威廉·凯西（William Casey，1981年至1987年在任）和威廉·韦伯斯特（William Webster，1987年至1991年在任）任职期间，作为“局长直接领导的中心”分别成立的。其目的就是将反恐和反情报任务置于高度重视的地位，同时将美国情报界不同部门的力量汇聚综合起来，共同完成反恐反情报的使命。1997年，反恐中心内部建立了一个“恐怖主义预警小组”（Terrorism Warning Group），旨在向军政高层领导就特定的恐怖威胁提出预警。早在1996年，反恐中心就建立了一支特别小组，大约有25名成员，奉命驻扎在亚历克站（Alec Station），专门追踪本·拉登及其高级助手的行踪。该小组于2005年末撤销。反恐中心本身自2001年9月11日恐怖袭击事件后，由300人左右逐步发展扩大至1100多名情报分析专家和行动人员。
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2005年6月，中央情报局总监察长办公室（Office of the Inspector General）的一份报告对反恐中心在“9·11袭击事件”前的表现予以了批评：“中央情报局从上至下的官员们，为打击基地组织和本·拉登努力勤奋工作，”但是，“他们的工作却常常既没效率，也缺乏合作”。用该报告的话说，“在实施和处理关键流程、贯彻执行行动计划以及适当分享和分析至关重要数据等方面，出现多次失误”。这些评判，与“9·11袭击事件”前一个月总监察长办公室的另一份（秘密渠道）公布的报告，形成鲜明的反差。该报告的概要部分是这样开头的，“局长直接领导的反恐中心是一个完善管理经营的机构，执行完成中央情报局的反恐职责，成功获取并分析国际恐怖主义相关的情报，有效地打击和削弱了恐怖组织的能力。”大约10年后，2011年5月2日，反恐中心的分析专家“发现了一名信使的踪迹，使他们追踪到位于阿伯塔巴德（Abbottabad）的本·拉登藏身处”。2013年，反恐中心被形容为“美国在巴基斯坦、也门和其他地区——总统未来可能在这些地区挑起战争——实施定点清除行动的中心”。该中心专设巴基斯坦—阿富汗处，负责指挥在巴基斯坦和阿富汗的行动。也门和索马里的反恐行动进一步扩大，促使中心也成立了一个专门处，负责指挥管理在这些国家的行动。
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反情报中心综合了“反情报局”（Counterintelligence Staff）、“外国情报能力局”（Foreign Intelligence Capabilities Unit，该机构成立于1983年，致力于发现外国情报机构旨在影响美国情报界观点和认知的任何企图）职责，以及主管安全行政办公室和美国情报界的其他功能。反情报中心的主任同时还被授权负责反情报行动副处长助理的头衔。反情报中心“分析外国情报机构的能力、企图和情报活动”。
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反扩散中心（Counterproliferation Center）2010年8月宣布成立。反扩散中心的关键部门就是过去属于秘密行动处的反扩散处（Counterproliferation Division）。这个机构成立于20世纪90年代中期，以应对跨国性大规模杀伤性武器扩散。反扩散处当时意图有利于中央情报局搜集涉及世界多个地区——如卡迪尔·汗（A.Q.Khan）的活动等——武器扩散或中止活动的情报信息，而无需动用若干个情报机构。反扩散中心由秘密行动处的一名秘密官员领导，负责中心的行动和情报分析，包括从情报处的“武器情报、非扩散和武器控制中心”（Weapons Intelligence, Nonproliferation, and Arms Control Center）获得的情报信息。
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信息行动中心（Information Operation Center），成立于20世纪90年代后期，承纳了科技处（Directorate of Science and Technology）的秘密信息技术办公室（Clandestine Information Technology Office，成立于1996年）的部分功能。官方对该办公室职责的表述是：负责解决“不断涌现的信息技术的搜集能力”，现阶段包括网络。秘密行动处的第五个中心是“国家重新安置行动中心”（National Resettlement Operations Center），其成立的目的就是利用法律手段解决中央情报局在处理背叛者过程中出现的问题和漏洞，诸如维塔利·尤尔琴科（Vitaly Yurchenko）这样变节再叛变者。秘密行动处基本组织架构如图2.2中所示。
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图2.2 国家秘密行动处大致的组织架构图
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科技处（Directorate of Science and Technology），拥有超过5000的员工，成立于1962年，最初是附属研究处，负责中央情报局技术搜集系统的开发和运用，特别是U-2和A-12牛车（OXCART A-12）间谍飞机和“日冕”侦察卫星（CORONA）。1963年附属科技处正式成立，1965年科技处正式成立。
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科技处经历了数次重组，多年来曾经拥有，也失去过权势。1963年，科技处获得了原属于情报处的科技情报办公室（Office of Scientific Intelligence）的控制权。1976年，所有科学与技术分析职能重新回归情报处管理。国家图像解读中心（National Photographic Interpretation Center）1973年划归科技处负责，到1996年，被并入新成立了的“国家图像与测绘局”（National Imagery and Mapping Agency）。2005年，公开渠道情报搜集职责，包括对外广播信息服务局（Foreign Broadcast Information Service）的活动，全部从科技处移交给国家情报总监办公室，虽然该服务局行政上归中央情报局局长负责。
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“9·11事件”对科技处产生了一定的影响，其中包括海外业务的大量增加，到2008年10月约增加150%。还有一个影响是，与借助远程传感装置获得情报信息相比较而言，科技处对“近身”搜集方式获得的信息更加重视了。另外，负责科技处的副局长2008年曾声称，“‘9·11事件’后，对追踪和定位技术的需求呈爆炸式增长”。图2.1显示，科技处的某些机构前几年已被分离出去，包括“开发与工程技术办公室”（Office of Development and Engineering）、“特殊通信项目办公室”（Office of Special Communications Programs）和“系统工程及分析办公室”（Office of Systems Engineering and Analysis）。
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开发与工程技术办公室的历史可以直接追溯到1963年成立的“特殊项目小组”（Special Projects Staff）。该部门负责中央情报局的卫星侦察业务，之后1965年改编为“特殊项目办公室”（Office of Special Projects），1973年成为现在的开发与工程技术办公室。它参与了重大的技术搜集系统的研制，如：KH-11成像卫星，“现在（以及过去）提供重要设备的全部系统开发——从设计工程的需求定义、测式和评估，到实施、行动，甚至后勤支援和维修”。1992年国家侦察局重组之前，开发与工程技术办公室属于该局的B计划；重组后，负责派出中央情报局常驻国家侦察局工作的工作人员。
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特殊通信项目办公室目前已不复存在。它成立于2003年，其职能是为中央情报局，以及更大范围的国家安全委员会，在世界范围内提供不间断的数据传输，以支持美国以外地区的情报活动。鉴于担心国家侦察局越来越缺乏想像力和创造力，2002年，系统工程及分析办公室成立，在侦察卫星开发领域为中央情报局提供更加独立的情报搜集能力，以解决应对这一问题。
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如图2.1所示，2015年初科技处的架构包括8个分处：任务资源处（Mission Resources）、技术情报官员开发处（TIO, Technical Intelligence Officer Development）、全球获取处（Global Access）、特别行动处（Special Activities）、技术搜集处（Technical Collection）、技术准备处（Technical Readiness）、技术服务处（Technical Service）和整合任务处（Integrated Missions）。其中，技术情报官员开发是科技处主要的一个职业发展机构（因为“技术情报官员”这一术语适用于科技处所有官员）。该部门下属的分支包括行动谍报技术、技术研究、技术开发和技术分析。
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