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这些安排逐渐落实到各级科举考试中。时为湖北学政的王同愈，向清廷奏报科试情形：“计通省科试现已一律完竣……经古场内，试以经史算学，果有心得，仍从优奖拔，以励实学。”[148]
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尽管清廷在科举改章方面有较大动作，但《辛丑条约》对科举考试仍产生了较大干扰。由于山西乃条约规定的禁试之地，两届乡试均为秦晋两省合闱。[149]府县试也受到不同程度的影响。1901年11月28日刘大鹏记：“今岁因洋夷之扰，晋省考试亦皆错乱。太原府属向在五、六月间岁考，顷闻十二月间才考，尚不准在省垣学院开棚，移到徐沟书院作考棚。太原府知府考试童生，亦不准在省，亦将考棚移在榆次书院……且不准凡诛洋夷之州县一切生童应试。共停二十余州县考试，九月考平定州，只考三处（平定、盂县、乐平乡）”。[150]最使士子们感到丧气的不仅是考试延期，更重要的是民族自尊心受到极大伤害：“自晋抚迎洋夷入晋以来，考试事遂停，太原府试童生期亦不闻矣。学台岁考大典亦不举行，由洋夷阻止故也。去年乡试移于今年，亦因省垣诛戮洋夷，不准乡试。考试大典，官不能自主，一任洋夷之言为行止，士气不亦沮丧哉。”[151]
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禁考不仅打乱了乡村士子们平静的生活和科考日程，也给寒贫之士带来额外的经济负担，由于要长途跋涉赶考，有人不得不到处告贷，甚至有人因告贷无着而不能成行。刘大鹏记：“吾晋因戕洋夷，停考五年，遂将乡试事移于秦省，晋士苦于资斧缺乏，皆裹足不前，未闻晋省官吏筹划士子资斧，即有志观光之士，亦徒坐而自叹，无可如何也。”赴河南参加乡试的“山西士子不及二千”，[152]远不符应有之数。
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福建的情况亦有类似，虽然该省不在停考名单之中，但关于是否停考的消息不断传来，一定程度上影响了士子们的应考计划。福建漳州府七县，除龙溪、海澄、诏安三县各有考生八九百人外，“其余各县文童生仅三四百名”。[153]福建闽县、侯官县童试，既往每届“报考者各有二千四、五百名，本届仅有一千三百余名，较之从前减去一倍也”。媒体推测其原因：“盖新政将开，八股将废，有志之士别有所营，不屑以此争长也”。[154]对于士子趋新取向的估计似乎十分乐观。
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庚子年科举改章上谕颁布将近四个月之后，政务处与礼部才会奏确定改革的具体操作办法，举行乡试的时间已经临近，且因科举改章，往日的八股应试之书只能束之高阁，故采买时务书成为士子的大宗支出，占用了赶考的盘缠，许多人要靠借贷才能前往。福建应试士子，因此联名廪请府县官员派官轮解决赶考者的交通问题。[155]
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科试展期与科举改章给士子应试带来不便，而趋新督抚希望借此推广学堂。1903年初，护理山西巡抚赵尔巽奏：请展缓癸卯科乡试，或暂阙二三成中额，以为推广学校之方。下政务处会同礼部议。寻奏：该抚所请，意在鼓励学校，不为无见。本年恩科中额，拟请照旧。俟下届乡试，学堂办齐、成效大著，再行奏明办理。[156]清廷唯恐大乱之后再让士子惶恐不安，并未直接采纳上述建议。同时又肯定其发展方向，为日后的进一步改革预留空间。
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随着新政初期科举改章的重新启动，作为科举初阶的童生试，考试内容与程序均有较大变化，各地官府及士子皆手忙脚乱、穷于应付。山东青州某县，辛丑年正月中旬已试文童，十一月，知县崔焕文据改章后的科举要求“再试文童，以初改经义策论，应试者少至五百五十余人，正场榜亦全录，是为考试变法之始。癸卯府属各县考试，以府院试期迫，率在十二月，乐安尤晚。二十五日初复，甲辰正月六日二复，知府曹允源复试，原期于正月下旬，既而以院试期迫，改十六日正场，而补经古场于十七日（向章在正场前）。至期应试此场者，多至二千数百人。既点名偕入矣，以座不能容，复令诸安应试者出，改期再试，几酿事端。”[157]由辛丑县试应试者减少，到两年后府试考生增至“座不能容”，表明士子对科举改章经历了一个逐渐适应的过程。而各地落实改章显然有先后之别。亲历光绪壬寅、癸卯（1902、1903）河南县试和乡试的魏少游，谈及当年科举考试的改革：庚子年参加的县试还是一派科举旧章，共分为五场，第一场各作八股文两篇，五言六韵诗一首，命题均出自四书。第二场作四书文两篇，第三场作四书文一篇，第四场作五经文一篇，第五场只作短篇文一篇。“到光绪壬寅年补行庚子、辛丑并科乡试及各县院试，就废除了八股，考试策论、经义了”，“改试头场历史论五篇、二场时事策五篇、三场经义三篇”。[158]
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因科举改章而出现的变动并非人人都能适应。就童试而言，与前述山东青州的情况迥异，山西大部分府县应试者明显减少，福建童生大多对改章后的试题答非所问。[159]
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乡试方面，尽管1902年8月福建即被通知乡试，考官已确定，贡院也得到修葺，但因各种议论纷纷，以致不少准备应试的士子仍抱观望态度。[160]
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曾参加浙江壬寅乡试的钟毓龙回忆：由于改试策论，“三场考对策，所问者为历史政治、制度沿革、利弊得失，大多数士子更为未尝梦见，非求教于相识之有研究者，则必曳白……头场史论五题，曾阅过《通鉴纲目》等书者，尚可成篇；至于二场策题，兼问洋务制造及外国情形，斯时怀挟虽多，亦无从措手”。[161]
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考官们则是另一番感受。1902年11月，在河南开封担任乡试监考官的张人骏在致其子允言的信中说：“此次汴闱十分安静。点名时，士子（一万一千余人）皆鱼贯而入，绝无拥挤喧哗。头场申初即点毕，二三场不过一两点钟均已入场。据云，如此顺手，为历科所未有。”[162]这种反常情况的出现，原因大概有二：其一，考生人数大大少于预期。根据前述顺天、开封贡院号舍数，应考者应在16000人以上，由于借闱造成的种种困难，实际应试者只有三分之二，场地及组织较为宽裕从容。其二，对科举前景感到担忧。考生预料此次乡试可能是他们科场生涯的结束，因而更加珍惜。
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壬寅年汴闱乡试的安静并不意味着科举制对于广大举子失去吸引力。其后经过一年准备，士子对科举改章有所适应，故癸卯年各地乡试人数明显增加。“杭省各学堂学生之应秋闱者，殊有争先恐后之概，致为文明中人所疵。且如并未考有科举者，甚或纳监报名而入，亦可谓急于热衷之尤。各堂斋舍大半已空，宜乎顽固政府咸谓科举之不可废也”。[163]该年福建实际与考人数为8000多名，比上年增多二成，竟大大出乎时人预料。[164]
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因战乱影响而展期之故接连举行的科举考试，使人们切身感受到考试氛围的浓郁，以至于对科举仍存幻想者大有人在。广东南海县试时，知县裴景福在内场发布告示，“拳匪之乱，罪及八股，本士林一大冤狱。当轴宗匠洞悉源流，苦心调护，改用四书义，非废八股也”。[165]广东乡试揭晓后，“诸新孝廉往谒座师。正考官某一一语之曰：尔等以后八股工夫仍不可荒废，一、二年后必当再复云”。《新民丛报》对此大为感慨：“八股忠臣正复不少。”[166]
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有报道称清廷例派各省乡试主考官时，慈禧闻“以江苏士子多唱自由平等之说，欲放一宗旨平正之主考，使之挽回风气。王中堂即以杨佩璋荐诸太后……当杨佩璋请训时，太后即谓之曰：‘此次文章，须取其不背圣经，不言新法者……一切去取，犹必汝作主。’”这一传闻，使人们对清廷改革科举的诚意颇有怀疑：“观此江南此科，一切所取，必皆不言新法者矣”。[167]
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乡试之外，癸卯科会试也在河南举行。该科会试，系补行辛丑、壬寅恩正并科，正考官是翰林院掌院学士孙家鼐（孙以老成持重一向为慈禧赏识），副考官为徐会沣、荣庆、张英麟，还有同考官胡逢恩、恽毓鼎等11人。[168]据同考官王振声所记，该科三场试卷均由孙家鼐亲自出题并监刻，以示慎重而杜流弊，但改卷过程仍按既往规矩分房进行，清廷与正考官并未就改卷如何调整予以措置。[169]在科举改章，考试内容、场次均有变化之后，改卷程式与标准过于笼统宽泛，[170]改卷者知识结构尚未见明显调整，弃取标准如何落实？
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因为癸卯年乡试与会试同年举行，湖南乡试副考官吕珮芬所记不无参考：其曾听有人私下闲聊时议及，张之洞“阅特科之卷，其不取者有三：一、蹈袭康梁之书例；二、引用西书不择典正者；三、誉外太过，立言失体者，均不入选。众皆服其宗旨之正”。[171]特科如此，乡试、会试自然难逾其轨，即不偏不倚的试卷更易为考官青睐。
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《清代朱卷集成》内收录的癸卯会试闱墨，证实了上述宗旨已贯彻落实。例如该科会试关于游学如何能有益无损的策论中，考生金兆丰认为游学者的年龄、经历与学识基础，直接关乎游学成效。因此以聪颖、志趣纯正为游学生选材标准至关重要，以“培德育为上，长智育次之，而究之以端学术界之宗旨为游学者之准的，而后可以言无损而有益”。[172]考生王寿彭主张严格考选“凡出洋游学者，必其先通中学而后可。盖中学通则心有所主，不至逐末而忘本矣”。其次则在节费、奖出身、限年例方面予以明确规范。[173]浙江宁波考生夏启瑞则强调：“使不通中学之性理而徒惊西学之智巧，是犹数典而忘其祖，驯至不中不西，其不为外人讪笑者几希。……故必正人心以广学术，广学术以储人才，储人才以图自强，然后可以得西学之利而不受西学之弊。”[174]由于取中的考生所留闱墨，显然已经过筛选淘汰，未被录取的大部分考生试卷无法得见，改试策论后士子们的总体适应情况和程度，只能通过考官阅卷的感受来了解。
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与其他考官日记只记阅卷数量及考试程序不同，钦定癸卯科会试同考官、翰林院侍读恽毓鼎记录了自己阅卷的感想：“导士以实学，则读书者多；导士以词章，则能文者众”。其后对改章的情况颇有感慨：“钦命题：敬事而信，节用而爱人。故为政在人，教人以身义。化而裁之为之变，推而行之谓之通，举而措诸天下之民，谓之事业义。各房两场卷，往往颂扬东西国为尧舜汤武，鄙夷中国则无一而可。至有称中朝为支那者。西学发策之弊，一至于此！以此知二场西策之法断乎其不可行也。”在他看来，改策论以试西学是失败之举，其结果不仅欺师灭祖，且导致以西学否定中学。故“枕上思之，不胜愤懑”。[175]
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从癸卯会试试卷所反映的情况看，一些士子对西学的了解仍十分肤浅，误解颇多。例如在对西方各国富强原因的问策中，考生田毓璠认为，“中国立国以礼，而各国立国以法，所谓专制政体、立宪政体是也”。随后的论述则表明其对专制与立宪的区别以及其利弊的阐释含混模糊：“中国立国以礼，有礼必有让，所以致天下之平也；各国立国以法，言法必言权，所以导天下之争也。平则不争，争则不平，今争富富矣，争强强矣，富强有止而争不止，搏搏大地，长此安穷？吾又焉知夫今之收效于一时者，而果能立国于不敝也哉！”[176]该考生的回答对西学西政的了解仅限于零散皮毛，显然是为应试而格义附会。故有考生在答卷时指出，随中学与西学的此消彼长，引进学堂的西学，必然出现被科考与浮躁世风诱导下的变异趋势：“今日西学有必兴之势，中学有将晦之忧。……夫西学非可异，可异者习西学而忘中学，甚者且将反攻中学焉，岂中学之误，利禄之见误之也，且今之所谓西学仍利禄之，徒使然声光化电知之乎？各国文言知之乎？立国精神知之乎？军民质性知之乎？举无一知，犹觍然曰是西学也，亦适成为求利禄之西学而已。”[177]
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恽毓鼎根据所阅多省会试卷反映的趋向，看到了考试场次调整的利弊，认为科举改革会试三场程序的调整，仍为败笔：“近来西学盛行，四书五经几至束之高阁。此次各卷往往前二场精力弥满，至末场则草草了事，多不过三百余字。且多为随手掇拾，绝无紧靠义理发挥者，大有如不欲战，不屑用心之势。阅卷者以头二场既荐，于末场亦不能不稍予宽容。久而久之，圣贤义理不难弃若弁髦矣。学术人心，可忧方大。”[178]
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恽毓鼎的感受恰好印证了张之洞此前的担心。戊戌年张之洞、陈宝箴《妥议科举新章折》中，在设计“将三场先后之序互易”时，强调的是必须同时“层递取之”，即按各场成绩分别发榜。头场考试后，以大约十分之一的中额录取，“即先发榜一次，不取者罢归，取者始准试第二场”；第二场则以三分之一的录取额再进行淘汰，然后进入第三场。这样做不仅强调了新学为朝廷提倡的趋向，促使士子通达时务、研习新学，而且将大大减轻后两场阅卷的负担，所谓“分场发榜，则下第者先归，二、三场卷数愈少，校阅亦易，寒士无候榜久羁之苦，誊录无卷多谬误之弊，主司无竭蹶草率之虞。一举三善，人才必多，而著重尤在末场，犹之府、县试皆凭末覆以定去取，不愈见四书五经之尊哉！”[179]即士子若连过两关，倘旧学无根底，亦不能金榜题名，一言以蔽之，不趋时务之新，即无登进机会；不守中学之本，最终难获出身。张之洞曾出任湖北、四川学政，洞悉各种科场之弊。其后上谕为何没有采纳这一重要建议，仍要求“合校三场，以定去取”，目前未见相关说明。[180]然就客观效果而言，三场合校，对考生而言则可以取巧，避免了旧学根底扎实的士子在一、二场考试发挥失常立遭淘汰出局的结果，给倡兴西学与时务后，未能快速跟进的士子予缓冲，避免矫枉过正，但确会对阅卷者造成心理压力，出现恽毓鼎所述情况，而使科举改章后的效果被人诟病。
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对三场考试程序调整的效果有质疑者不乏其人。1903年1月中旬，御史杨士燮专折奏请变通科举新章，认为头场改试五论，对于认真应试者“实患忽迫”，请于头场试题中出五经论一篇、本朝掌故一篇，“意在尊重经术”，防止偏重西学。给事中熙麟则具折要求乡会试仍用誊录，内廉监试请派京堂科道。换言之，两折均针对政务处、礼部会奏的科举改章12条。政务处在议复时申辩：乡会试三场考试次序虽有变化，但考官必须合校三场试卷才能定弃取，并无偏重之弊。四书五经义虽置于第三场，考生若前两场顺利过关，第三场无法通过仍将前功尽弃。故第三场“实寓始求博通，终归纯正之意”。考官如能“悉心披阅，合校三场，秉公去取，自不致启重末轻本之渐。易义为论，似属无甚区别”。政务处强调，“改章伊始，甫行一科，遽行纷更，殊非正体。该御史所请试题移改之处，应请无庸置议”。抡才大典不宜朝令夕改。对熙麟要求不废誊录，政务处回复此乃刘坤一、张之洞的主张，只是试办而已，且该年乡试尚未见流弊，会试亦暂试行。今后是否恢复誊录，礼部可根据实际情形再行具奏。[181]这些情况表明，即使清廷已下决心，科举改章仍有阻力。
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此外，恽毓鼎对科举改章后拔擢人才的不信任也并非个例。军机大臣鹿传霖与王文韶，竟利用职权之便，对癸卯科新进士录用上下其手，以至于被录用为庶常的61人中，前10名亦有未入选者。癸卯会试考官之一的荣庆，为自己无力改变这一结局深为内疚。[182]
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由此可见，科举改章，由于重视经济、经史和西学，士子备考的重心也随之转移，引导士子崇尚西学的设想大致可以实现；而置于第三场的四书五经义，在应试者“草草了事”和阅卷者“稍予宽容”的交相作用下，必然导致张之洞等人精心谋划的三场并重，以求“精通中西学且宗旨纯正之人才”的初衷难以贯彻。趋新者仍然心有不甘，守成者却已难容忍，顾此失彼，进退失据，难求两全。科举改章，因自祁以来长达60年以增科目方式为老树接新枝争执不下，拆旧房建新屋便成为情非得已之选择。
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除癸卯科乡会试外，因慈禧七旬庆寿增开的甲辰恩科会试，亦给士子增多了通过考试改变命运的机会。而原癸卯、甲辰正科乡会试，则顺延归并到丙午、丁未科举行。[183]由于1905年（丙午年）9月袁世凯等奏准立停科举，丙午、丁未乡会试均未举行，甲辰恩科会试便成为中国科举史上的最后一科会试。该科会试，钦点正考官裕德，张百熙、陆润庠、戴鸿慈为副考官，同考官吴荫培、刘廷琛等18人，[184]与癸卯会试相比，考官趋新程度似乎略胜一筹。