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明六部的分工建置，略同于隋唐，仍以吏、户、礼、兵、刑、工各部分别管理国政。尚书品秩升至正二品，侍郎也升正三品。在吏、户、礼、兵、刑、工六部为中心的部门施政中，寺监官或被裁减，或被置于六部的统属之下。由于六部之上不复存在中书省（或尚书省）等直属上司，六部大体是直接对皇帝负责，较独立地行使本部门权力的。六部之中，尤以掌铨选之吏部，掌财赋之户部，掌军事之兵部，权力最重。宋元之际，中、高级官吏的铨选拟定，主要由中书宰相执掌。明代吏部则独秉“进退庶官”之权。即使二品以上官的“廷推”，吏部也能以提供候选人等方式进行适当控制。宋元，钱谷财政常由宰相兼领，或设“三司使”等专领。明代则以户部独任其事。宋元兵部大权旁落，名不符实。明代不然，兵部除掌管军官选授、镇戍征伐、军械军籍等军政事务外，景泰以后兵部尚书等官还兼领“京营戎政”[194]。掌牧马等事的太仆寺，又听命于兵部[195]。礼部权力的扩大，也比较显著。明代礼部除掌贡举外，掌祭祀礼乐的太常寺、掌祭享宴飨的光禄寺、掌乐舞的教坊司、掌皇族事务的宗人府、掌天文历法的钦天监、掌医药的太医院等，均听礼部的号令和节制。《明史·职官志》云：礼部“至合典乐典教，内而宗藩，外而诸蕃，上而天官，下逮医师、膳夫、伶人之属，靡不兼综，则自明始也”。刑部、工部也始终是本部门名符其实的主管机构。
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明六部较独立地行使本部门权力，还表现在六部尚书只设一员，长官职权集中。由于六部之上的行政节制机关已经取消，六部或可单独行遣文移，发号施令[196]。这在隋唐宋元之际是未曾有过的。内阁权重以前，六部长官或可直接上奏皇帝，从皇帝处领取谕旨，并按谕旨制定部门法规，奏闻颁行。洪武三十年，户部定逋赋许折布绢、金银等事，即是实例[197]。
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明六部之下的诸司设置，较前也有所变动。除吏、礼、兵、工四部下辖四司如旧制外，户、刑二部诸司改为十三个。户部、刑部十三司分辖十三布政使司及京官各衙门财赋、刑狱[198]。这种新设置，主要是出于督责指挥各省政事的方便。其本身又表明六部委实是综治中央和地方的行政权力机关。
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明中后期，内阁充任中枢组织，六部施政事权稍有削弱。《明会要》卷三十一《职官三》说：“明制，六部分莅天下事，内阁不得侵。至严嵩始阻挠部权。迨张居正时，部权尽归内阁，逡巡请事如属吏，祖制由此变。”明后期，内阁俨然有实无名的宰辅，六部自然会秉承其旨意，重在执行各部门政务了。
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清代沿袭明制，仍实行以吏、户、礼、兵、刑、工六部为核心的部门施政。六部的建置，也大体与明朝相同。然而，清六部施政，较明代又有新的发展和变迁。主要表现是：
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第一，改明尚书负责制为尚书、侍郎共同负责制。明代六部尚书各设一员，独揽本部政务。侍郎往往“止陪列画题”[199]。清代则不然。由于实行满汉复职，尚书增至二员，侍郎增至四员。施政过程中，尚书、侍郎均参加本部政事领导，而不能单独裁定大事。尚书、侍郎之间，虽有品秩高低和名分上的长贰之别，可侍郎毋须经过尚书，即可单独上奏皇帝，不受尚书节制。尚书、侍郎均称“堂官”，均直接对皇帝负责。当然，尚书、侍郎中的满缺，常享有代表本部觐见皇帝的权力。他们的实际权势又在汉缺尚书、侍郎之上。
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第二，吏部、兵部的权力锐减。与明代吏部、兵部的显赫权势比较，清代则相去甚远。官吏铨选本来属吏部职责范围。然而，清雍正以后，重要官职的任免，都由军机处秉承皇帝旨意，拟选奏闻裁定，直接发布。吏部的事务，一般只限于稽考中级以下官员的资历，根据例则，予以准驳，并办理任免手续而已。明代军事多半由兵部统辖。清代军队主力八旗兵自成系统，主要由八旗都统衙门等掌管。用兵大事，则由议政王大臣会议或军机处参议谋略，最后由皇帝亲自裁定。统率指挥军队的，又是皇帝钦命的总兵官。兵部只能管辖八旗以外的绿营兵军籍和军官升转等事[200]。与此同时，六部对各省的行政长官，也无权发号施令。若有必要，六部须上奏皇帝，以皇帝谕旨的形式发布[201]。
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第三，六部与军机处、内阁的关系，比较微妙。从中央行政结构全局看，军机处和内阁共同构成了朝廷中枢组织，六部则是施政机关。按照常规，六部是应该受军机处、内阁节制的。然而，清军机处和内阁，只是皇帝的御用秘书班子，“非如古所谓秉钧执政之宰相也”[202]。所以，军机处和内阁并不能名符其实地凌驾于六部之上，向其发号施令，指挥如臂。它们之间的联系表现为两重性：一方面，军机处与六部长贰人员上有交叉，不少军机大臣及内阁大学士就是由六部长贰兼任的。就是说，六部长贰也有资格被皇帝选入最核心的御用秘书班子；另一方面，军机处和内阁又能向六部下达皇帝诏敕，或受皇帝的委托对六部进行行政督责和指导。如内阁即负有稽查六部事体的责任[203]；六部上奏的“部本”，也要先送内阁审阅票拟，然后转呈皇帝。“明降”谕旨则由军机处和内阁下发给六部。在后一种情况下，军机处、内阁至少在行政权力运转上，是处于六部之前，并且在最高统治者皇帝与施政机关六部之间扮演了承上启下的角色。
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第四，汉唐寺监官进一步衰落，仅剩大理、太常、光禄、太仆、鸿胪五寺和国子一监。而且沿袭明制，寺监政务大体隶属于六部。同时，新出现的理藩院、通政使司、八旗都统衙门、内务府等机构，又在六部寺监以外发挥着较特殊的政务功能。
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第五，由于清朝皇帝勤政成风，六部官员面见皇帝的机会较多。如顺治、康熙时每日御门听政，六部官员届时分班面奏。“入朝则集议国事，朝散则各治部务”[204]，所以，六部的施政过程能与皇帝保持较直接的联系。
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中国古代官僚政治 附录 历代中央行政权力运行图示
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下面，我们分阶段地编绘历代中央行政权力运行图示，并作简要的文字说明。
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秦西汉丞相开府秉钧九卿施政
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中央统治结构和权力运行，以皇帝及丞相为中心。处于外朝的丞相和丞相府，集参与机务的决策权和领导百官的行政指挥权于一身，无论在大政决策和政令执行中，都发挥重要作用。
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九卿分掌的各种职事，既有朝廷政务，又有皇室事务，而且后者比重较大。这表明中央执行机关的分工建置还不十分健全。九卿可以直接上奏和接受诏令，故在中央权力运行中也比较重要。
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从上奏、决策，到政令执行，中介环节较少，相应地行政效率也较高。
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皇帝与丞相的关系，因相权重而难以和谐，不利于皇帝专制。所以，此权力结构或模式，不可能长久维持。
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东汉尚书台三公九卿辅政
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中枢组织由外朝移入内朝，由一两名丞相负责制变为群体宰相负责制。宰相的名与实，品秩与权力开始出现较大差异。
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参与机务和决策的中枢组织与领导百官的行政节制机构分离，分别由内朝的尚书台和外朝的三公府充任。在朝廷决策机制中，皇帝及尚书台发挥主导作用。政令执行，则由三公九卿负责。