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合成生物学的主旨是“以大自然作为实验对象”，将那些几千年来纠缠在一起的基因代码反向工程化，对它们进行重构，从而形成新的可控制的、包含了智能设计的，而不是任由生物进化过程进行像杂牌电脑一样地随意组装。
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虽然转基因技术为不断膨胀的地球人口提供了食物解决方法，但它的名声却不怎么样：
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1997年，一项英国政府资助的研究显示，食用了转基因土豆的老鼠出现了肝脏癌症早期症状、睾丸发育不全、免疫系统和神经系统部分萎缩等异常现象。
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1998年，欧盟国家通过法律，把转基因农产品作业严格限制在实验室环境或封闭区域之内。
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1999年，美国康奈尔大学的研究者JohnLosey在英国《自然》杂志上发表报告，用涂有转Bt基因玉米花粉的叶片喂养斑蝶，导致44％的幼虫死亡。
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2000—2001年，转基因种植区域发现生态环境出现异常获得了更多证实，譬如，转基因玉米品种本身尚未发现异常，但其周围野生生态环境出现异常，而转基因甜菜等品种的野外试验显示其本身和环境都发现异常。
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2001年，德国农民克劳纳将他自己种植的转基因玉米用来喂养母牛，牛开始剧烈腹泻并停止产奶，最后，他总共损失了70头牛。
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2004年7月28日，美国国家科学院完成了特别专题研究并发布研究报告，指明：转基因食品可导致难以预见的主基因（HostDNA）破坏，而用现有的审核和监测系统，美国各政府机构不能发现这些破坏。美国国家科学院列举了审核转基因食品产品的时候所发现的异常：
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1．食用了转基因玉米等转基因食物的老鼠，出现血细胞和肝脏细胞异常，肝脏比没食用的更重；
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2．食用了转基因玉米的猪，在美国中西部农场出现假孕或不育；
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3．食用了转基因玉米饲料的母牛，在德国实验农场非正常死亡；
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4．使用转基因饲料的鸡的死亡率比使用自然饲料的死亡率高出两倍；
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5．英国市场出现转基因大豆食品后，居民的过敏症上升了50％，巴西出现同样状况；
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6．被长期认为“安全”的转基因玉米，其效果并非如推广者说的那么理想，例如，菲律宾食用者出现了皮肤、小肠和呼吸系统的异常反应。
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2005年5月22日，英国《独立报》又披露了知名生物技术公司“孟山都”的一份报告，以转基因食品喂养的老鼠出现器官变异和血液成分改变的现象。
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2006年，俄罗斯科学院高级神经活动和神经生理研究所科学家伊琳娜·艾尔马科娃博士研究发现，食用转基因大豆食物的老鼠，其幼鼠一半以上在出生后头3个星期死亡，是没有食用转基因大豆老鼠死亡率的6倍。
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2007年，在奥地利政府的资助下，泽特克教授及其研究小组对孟山都公司研发的“转基因玉米NK603（抗除草剂）和转基因玉米MON810（Bt抗虫）的杂交品种”进行了实验。在经过长达20周的观察之后，发现转基因产品影响了小鼠的生殖能力。
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2007年10月和11月，美国《纽约时报》等媒体报道，经过长期周密跟踪观察，发现有两种转基因玉米种植导致伤害蝴蝶生存，对生态环境安全的威胁程度已经超出可接受水平。为此，欧盟已经作出了初步决定，禁止该转基因玉米的种子销售使用。
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2007年，法国科学家证实，孟山都公司出产的一种转基因玉米对人体肝脏和肾脏具有毒性。
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2008年，意大利的科学家做了一个长期实验。他们用抗草甘膦转基因大豆喂养雌性小鼠长达24个月，结果发现食用GM大豆的雌性小鼠肝脏出现异常。
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2008年，美国科学家也证实了长时间喂食转基因玉米，小白鼠的免疫系统会受到损害，该研究成果发表在同年《农业与食品化学》杂志上。
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2009年12月22日，法国生物技术委员会最终宣布，转基因玉米“弊大于利”，这等于转基因作物种植在法国的永久废除。
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2009年12月一期《生物科学国际期刊》上发表的研究结果表明，3种孟山都公司的转基因玉米能让老鼠的肝脏、肾脏和其他器官受损。3种转基因玉米品种，一种设计能抗广谱除草剂，另外两种含有细菌衍生蛋白质，具有杀虫剂特性。这项研究利用了孟山都自己的原始数据。
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2012年10月，美国伯克利大学生物工程系发表研究成果指出，两种含有Bt转基因的大豆会对小鼠肝脏造成不可逆转的损害，并提请美国食品药品管理局（FDA）注意。
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至少，对于转基因大豆，我国的政策制定者有两大忧虑：一是出于健康角度；另一是出于生态角度。对于这两个隐患，中国采取的策略是：一方面，允许转基因大豆进口，但只用于榨油而不允许食用。原因是大豆可能有害的转基因成分存在于蛋白质之中而非油脂之中。另一方面，严禁国内种植转基因作物（包括大豆）。
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