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這時，廣東和北伐軍佔領區內已經出現了陳獨秀擔心的情況，據當時共產國際遠東局一份調查報告——
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張太雷說：北伐前廣東農民運動有較廣泛的開展，北伐後，藉口籌措軍費，「在農民中強制分攤債券。誰不購買，就說他是反革命，說他反對北伐。當地的市政府官員成立了新的警察局，實際上是反對農民的。廣州的縣長（宋子文）為了支持豪紳到處安插自己的親信，到處對農民發起攻勢，或許不起義的農民運動就會被擊潰。」
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關守森（音，廣東區委組織部長——注：時任此職者為穆青，字樹珊）說：「在北伐的藉口下，他們想取消結社的自由」；「東部地區衛戍司令下令禁止成立農會。他宣佈，他將把反對當地市政官員的行動作為反對國民政府的行動，作為反革命予以懲處。」
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彭湃說：「在汕頭，蔣介石的走卒何軍長（何應欽）在工人代表大會上以蔣介石的名義發表演說，在北伐期間，罷工就是反革命。」
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參加這次調查的鮑羅廷也承認：「這次北伐使蔣介石發動的政變「指『三二〇』和『五一五』事件——引者）以及作為這一政變內容的整個軍事獨裁傾向神聖化了。」[4]
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於是，陳獨秀對北伐戰爭的發展更加警惕，把工作重點放在工農民眾運動上。但一心想利用蔣介石的史太林和鮑羅廷不支持中共領導的工農運動，只要求工農民眾做北伐軍的帶路、偵察、修工事、救護傷患等工作，不允許進行武裝暴動奪取地方政權。北伐開始時，鮑羅廷甚至公開對陳獨秀說：「現在是共產黨應該當苦力的時代」，「我們應將所有的力量幫助並擁護蔣介石的軍事獨裁」。[5]鮑羅廷為此為中共規定的任務是：「應當集中精力在工會和農民當中做工作。共產黨人應當知道，蔣介石現在在前線作戰，在完成巨大的革命工作，對我們來說沒有問題要支援蔣介石。他們應該對北伐完全放心。」[6]
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進入9月份後，由於蔣介石的反共形象逐漸明顯，再加上唐生智率領的第四、六、七軍在湖南、湖北的戰場上節節勝利，實力迅速增長；而蔣率領的第一、二、三軍在江西戰場上屢屢失利，威望下降。於是，鮑羅廷為雪恥，也加緊進行所謂「迎汪抑蔣」（把還在國外的汪精衛接回來）、「以唐制蔣」活動。這種活動得到了國民黨左派、非蔣系軍官及共產黨內不少人的支持。
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「自覺自己地位之危險」，蔣介石派人到上海請陳獨秀和維經斯基赴武漢，「請C.P.勿贊成汪回」。陳獨秀不屑於鮑羅廷的謀略，向蔣介石表示中共中央的態度：「我們贊成汪回」，但在以下三個條件之下：「1、是汪蔣合作，不是迎汪倒蔣；2、仍保持蔣之軍事首領總司令地位，愈加充實蔣之實力，作更遠大的發展，決不主張別的軍人擁汪以助小軍閥倒蔣；3、不主張推翻整理黨務案。」[7]因他主張中共退出國民黨，以「在野黨」自居，反對共產黨員到國民黨政府中做官。對於蔣、唐關係，陳獨秀對黨內指示：「我們現時對於蔣、唐的衝突不去助長，也不去消滅，只維持其平衡，在這個平衡中，還可逼他們多做點革命工作。」[8]這樣，就把鮑羅廷和中共廣東區委原定「來一個我們的三二〇，打倒蔣介石」的設想完全否定了。
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為甚麼採取這樣的方針？除了莫斯科不允許在北伐勝利聲中倒蔣之外，陳獨秀一貫反對孫中山北伐取「聯甲倒乙」方針，認為國民黨中的別人並不一定比蔣好；另外也想給蔣一個回頭的機會。他的根本思想還是把希望放在自己共產黨和工農的力量上。9月16日，中共中央發出第十七號通告指出：
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迎汪絕不是就要倒蔣，在現時內外情勢之下，採取此政策是很危險的：一動搖了北伐的局面，二繼蔣之軍事首領不見得比蔣好……主要是要產生一個左派的政綱，為我們與左派合作的基礎，……如果蔣能執行左派政綱成為左派，我們亦可不堅持要汪回來。[9]
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9月17日，中共中央致函廣東區委，通報16日中央局與共產國際遠東局聯席會議的結論：認為北伐後廣東政府勾結反動勢力摧殘工農學革命民眾，出路有三：一、迎汪倒蔣；二、汪蔣合作；三、使蔣成一個左派，執行左派政策。第一辦法太危險，第三辦法進行亦多困難，「比較最好的是取第二辦法」。[10]——可見，「蔣汪合作」並對蔣介石抱有幻想是遠東局的方針，歸根到底是莫斯科的方針，陳獨秀不過是奉命執行而已。
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9月20日，中共中央作出《對於國民黨十月一日擴大會的意見》，揭露當時蔣介石突然提出遷移國民政府陰謀，企圖以軍挾政，要求「國民政府當注重各省自治權，各省組織自治政府，打破總司令的委任制度……減少軍事獨裁傾向。」[11]
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同日發表的《中央局關於最近全國政治情形与黨的發展的報告》再次重申「汪蔣合作」，「蔣唐平衡」，「將軍權和黨權分開，請汪精衛回粵，黨權交與汪精衛」，「仍保持蔣之軍事首領總司令地位」；「照以上辦法，既迎合蔣好大喜功之心，又使他拋棄目前和汪的爭持，及各小軍閥間的權力或者不至衝突。以蔣現在所處之地位，或能接受我們這個忠告和主張。」通告最後重申陳獨秀《論國民政府之北伐》的主要意思：「1、北伐只是一種討伐北洋軍閥的軍事行動，不能代表中國民族革命之全部意義；2、防止投機的軍人政客個人權位欲的活動不能因北伐而犧牲民眾之自由利益。」[12]
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其實，由於北伐順利，史太林和鮑羅廷越來越信任蔣介石，所謂的「利用」，變成了「依賴」。因此到11月，鮑羅廷及其影響下的蘇聯軍事顧問團團長加倫、中共廣東區委和兩湖的同志，又放棄當初的「以唐制蔣」策略，改成「扶蔣抑唐」。為此陳獨秀黨中央在9月11日專門致函廣東區委，批評他們受了蔣介石的影響，意在「扶蔣抑唐」是「非常之大的錯誤」。
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陳獨秀把希望放在自己力量基礎上（特別是農民運動）的思想，表現在10月17日給各級黨部的信中：
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我們現在都已經喊出「從研究小團體到群眾的政黨」這一口號了；可是怎樣才能夠走到群眾的政黨呢？黨員數量上的增加，乃是第一個重要問題，當然，同時我們也不應忽略品質上的增加。
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我們的黨，自然以工農黨員為柱石，然而除上海、武漢、津唐、香港四個工業區及山東湖南礦工各省路工外，另外多半是苦力及手工工人，近代產業工人實在不多，最大部分的中國領土是農民世界；尤其是廣東、廣西、湖南、湖北、河南、四川、陝西、江西這些省份，都已經有了農民運動，我們的黨在這些省份應該喊出一個口號：「到農民中去！」
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以上我的提議，希望各地各級黨部負責同志都能夠經過很誠意的考慮而採納，切勿冷談的嘲笑我這是一個空想！[13]
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接着，在11月5–6日給遠東局與中共中央聯席會議的材料《陳獨秀同志論農民問題》中提出：「應當號召農民加入國民黨隊伍，以防止左派向右轉，並給它以力量來同右派進行鬥爭。」[14]
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在這個材料中，陳獨秀提出了這樣的農民運動綱領。這個農民運動綱領的中心內容是「減租減息」、農村政權歸農民，帶有農村自治的「民主」性質，應該說是比較積極和溫和的、實事求是的。因此，略加修改後，被聯席會議通過。
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為此，11月中旬，陳獨秀黨中央還特別成立了「中共中央農民運動委員會」（簡稱「中央農委」），任命毛澤東為書記，成員有彭湃、阮嘯仙、陸沉等七人。農委在漢口設立辦事處，指導湘、鄂、贛、豫、川各省農民運動，並開辦武昌「農民運動講習所」，培訓農運幹部。11月15日，中央局決議作出了《目前農運計劃》，指出：「在目前的狀況之下，農運發展應取集中的原則。全國除粵省外，應集中在湘、鄂、贛、豫四省發展。次則陝西、四川、廣西、福建、安徽、江蘇、浙江七省亦應以相當的力量去做」，並具體地指示了各省工作的重點地區與注意事項。[15]
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武昌「農民運動講習所」舊址
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中共黨史傳統觀念總是反復無數次地批判陳獨秀輕視農民的革命性，反對農民運動。其實，毛澤東就是陳獨秀培養起來並放到中央農委書記位置上的——而從當時進行農民運動的資歷和成績來說，最大的是被譽為「農民大王」的彭湃。陳獨秀反對的，只是大革命後期毛澤東式狂暴的、「過火的農民運動」和莫斯科無法執行的極左的農民運動綱領。
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