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音韻學方面，寫就《連語類編》。此稿隨作者輾轉跋涉到四川江津，因北大同學會資助其晚年生活費，1941年春將此贈北大以為報答。但因戰時困難，社會難顧這類生僻的學術著作，到他去世時也未出版。《古音陰陽入互用例表》在獄中寫了初稿，1944年初重訂，作自序，油印25份，徵求文字學家魏建功、陳鍾凡、顧頡剛（均是陳獨秀北大時的學生）意見，得到評價甚高。抗戰中一直在研究音韻學的魏建功說：「余惟先生實為檢討向來古音分部結果而有此作，其要旨具詳自序，銳思精斷，非依違章（太炎）高（本漢）所可夢想。」（章、高是當時音韻學家最大的權威——筆者）
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還有其他音韻學論著，一共七種，在陳獨秀逝世後，由何之瑜彙編成第一本《陳獨秀遺著》，由商務印書館出版，取名《古音陰陽入互用例表及其它》。1949年3月，該書排出清樣，大16開本，共271頁。但因改朝換代，共產黨不容已逝世八年的陳獨秀，該書胎死腹中。不過手稿和清樣一直完好地保存着。1993年，筆者把清樣稿推薦給中國最著名的古代文學出版社——中華書局。該書領導慧眼識珠，當即決定正式出版。由於在政治思想上陳獨秀一直被當局揪住不放，再加上該書稿不僅是繁體字，而且有許多已經不用的古文字，製版甚難，2001年才得以出版，改名為《陳獨秀音韻學論文集》。人們終於看到了陳獨秀研究音韻學的全貌和高深的造詣。該書首印3000冊，很快就銷售一空。
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文字學方面，先後完成《甲戌隨筆》、《干支為字母說》、《實庵字說》、《誤字初階》、《隨筆》等稿。其中《甲》稿出現最晚，人們都以為此稿遺失了。從內容上看，此稿內容相當雜亂，應是1934年（甲戌）（陳獨秀在以上研究音韻文字學時，隨手寫的心得筆記。後來可能由陳自己或何之瑜稍作整理、歸類，並把陳晚年整理的房東楊魯丞文字學著作作為「附錄」一起編入，取名《甲戌隨筆》，以作為《陳獨秀遺著》之一種流傳下來。陳逝後先由其至友方孝遠保存，後其子方繼孝秘藏，待陳獨秀遺著及音韻文字學著作相繼出版之後，它才撩開神秘的面紗，2006年11月，以很不貼切的《陳獨秀先生遺著》這個總稱為書名出版了。實際上，在何之瑜編的《陳獨秀叢著目錄》中，它排在倒數第二位，即遺稿中的第十一種。應該說是陳獨秀文字學著作中的最次要部分。自然，如此說並非要貶低此稿，因為陳獨秀從不「無病呻吟」、「無得而作」，而是以其讀書研究中的偶有心得，記錄下來的，不是一部完整的著作，所以稱為「隨筆」。自然，由於是陳獨秀的心得，它的出版還是有價值的，而且值得紀念，尤其要感謝收藏者方繼孝先生在整理此稿、奔走出版的工作中，做出的極大的努力。
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《陳獨秀遺著》封面
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陈独秀全传 [:1705944951]
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《金粉淚》滄桑
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陳獨秀在進行以上公開的政治鬥爭和學術研究之外，還進行了一些隱蔽的鬥爭和文學創作活動。這在他這次被捕之初給何應欽和看守人員的題字中已有表現，後來則集中表現在秘密創作的《金粉淚》五十六首組詩中。
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《金粉淚》是一組七言絕句，全詩感時傷事，情思悲憤。「金粉淚」的命題旨意，是因南京乃舊時「六朝金粉」的繁華古都，而今達官貴人不顧國家民族存亡，人民卻在痛苦呻吟。組詩以嬉笑怒罵的方式，從讀報和接待來訪人員中所見所聞的事實，在政治、經濟、文化、軍事、外交等廣闊領域內，淋漓盡致地揭露、諷刺、痛斥、控訴。試分類舉例如下：
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飛機轟炸名城墮，將士歡呼百姓愁；虜馬臨江卻沉寂，天朝不戰示懷柔。（「名城」即錦州——引者，下同）
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長城以外非吾土，萬里黃河慘澹流；還有長江天塹在，貴人高枕永無憂。
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人心不古民德薄，中夏亡君世道憂；幸有安排謝鄰國，首宜統一慶車郵。（「慶車郵」諷刺政府與偽滿簽訂通郵協定）
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兩載匆匆亡四省，三民赫赫壯千秋；中華終有新生命，海底弘開紀念周。（「四省」指東北三省加當時地跨長城內外的熱河省。「三民」指三民主義。「海底」乃諷刺代理行政院長宋子文告熱河將士書中說：「諸君打倒哪裏，子文跟到那裏，……諸君打到海裏，子文跟到海裏。」）
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健兒委棄在疆場，萬姓流離半死傷；未戰先逃恬不恥，回鑾盛典大鋪張。（「回鑾」指蔣介石於「一．二八」上海抗戰起第三天，匆忙宣佈遷都洛陽，《淞滬協定》簽訂後，又回到南京。）
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開門閉戶兩爭持，佝僂主人佯不知；幸有雄兵過百萬，威加百姓不遲疑。開門閉戶謂英美與日本之爭持也（英美主張門戶開放，日本主張閉門獨佔。佝僂主人不去抗日，只知殘害百姓。）
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木鞋踏破黃河北，救國三民有萬能；革命維新皆反動，祭陵保墓建中興。（「木鞋」批日本。「三民」即三民主義。「祭陵保墓」指考試院長戴季陶等到陝西祭奠周陵、茂陵。）
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四方烽火入邊城，修廟扶乩更念經；國削民奴皆細事，首宜復古正人心。
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人心一正般般古，四裔夷酋自罷兵；中國聖人長訓政，紫金山色萬年青。
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德賽自來同命運，聖功王道怎分開；懺除犯上無君罪，齊到金剛法會來。（「金剛法會」，當時報載戴傳賢在北京雍和宮舉行「時輪金剛法會」，邀請班禪主壇念經。一些國民黨要人和社會人士還在報上刊出大幅《啟建時輪金剛法會啟事》，宣稱定期在杭州靈隱寺舉行法會。）
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庶人議政干刑典，民氣消沉受品彈；莫道官家難說話，本來百姓做人難。
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民智民權是禍胎，防微只有倒車開；贏家萬世為皇帝，全仗愚民二字來。（「贏家」指秦始皇。）
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感恩黨國誠寬大，並未焚書只禁書；民國也興文字獄，共和一命早嗚呼。
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法外有法黨中黨，繼美沙俄黑白人；囚捕無須煩警力，殺人如草不聞聲。（「法外有法」指南京政府的法律外還有《危害民國緊急治罪法》。「黨中黨」指國民黨中還有CC和藍衣社這種特務組織。「黑白人」指沙俄時代反動組織「黑白黨」。）
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嚴刑重典事唐皇，炮烙凌遲亦大方；暴虐秦皇絕千古，未聞博浪狙張良。（張良曾遣人用鐵錐狙擊秦皇於博浪沙。現代秦皇蔣介石的暴虐千古少有，卻沒有聽到像張良這樣的人去刺殺他。）
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此外，陳獨秀還給蔣介石集團中幾乎每一個重要成員畫了像，以詩注的形式，公開點名的有汪精衛、宋子文、孔祥熙、陳立夫、何應欽、胡漢民、戴傳賢、吳敬恒、孫科、陳公博、張人傑、陳濟棠、李石曾、楊永泰等，如：
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