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夾在國共兩大政黨之間的民主人士也有軟弱的一面。周欽岳為保持與共產黨的關係，根據共產黨的意見，希望陳獨秀入川後，「千萬不要活動，更不要發表甚麼東西」！[6]但是，陳獨秀是一個天馬行空，言論不羈的人。7月2日一到重慶，就在27日寫就上述《論遊擊隊》，[7]繼又發表《資本主義在中國》和演講，抨擊中共的觀點。這些思想在大後方的態勢下，言之有理。像《資本主義在中國》是在當時中國著名的民營企業「重慶民生公司」的演講，從理論上闡發發展民族資本主義的必要性，很受民主人士歡迎，也就顧不得中共方面的感覺了。
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陳獨秀到渝，周欽岳、高語罕等前往迎接，暫時安排住在上石板街十五號川源公司樓上。[8]這是禁煙委員會李仲公辦事處。《新民報》、《新蜀報》的朋友張恨水、張慧劍、周欽岳等為他設宴洗塵。然而，重慶成為國民政府陪都後，特務橫行，國共角力，經濟上的重壓也很難讓陳一家長期生活下去。加上重慶天氣悶濕，很不利於他日益嚴重的高血壓病。而且大量沿海地區逃難民眾集中此地，已很難找到合適的住處。所以，陳在重慶只住了短短一個月時間，在名醫鄧初（仲純）和江津國立九中校長鄧季宣兄弟（均為陳的同鄉、同學和老友）幫助下，於8月3日移居距重慶上游水程約180里的江津縣城。[9]高語罕說，陳本不願意離開重慶，他關心時局，江津太閉塞。但是，「政治的和物質的條件不容許，他只好退居人事比較閑適、生活比較便宜的江津去做寓公」。[10]
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江津當時約有80萬人，是川東大縣。沿海和中部地區的大批難民逃亡到這裏，原安徽國立第二中學由教育部批准立案後改名「江津九中」，遷到此地，收容淪陷區疏散到重慶的安徽教職員和學生。這樣的人員及其家屬不下數千人，形成一個「小安徽」的氛圍。陳獨秀因這種非親即友的關係，帶着潘蘭珍和老母親（即嗣母謝氏，陳昔凡之妻）及三兒陳松年一家幾口到此。靠朋友的照顧，陳松年在九中做了一名修理校舍的木工。起初境況十分狼狽，陳在給兒子的信中說：「不但用具全無，屋也沒有了。」這是指原來說好到江津後住老友鄧初之宅，但因事先對鄧妻工作沒有做好，她竟「閉門謝客」。陳懊喪地說：「倘非攜帶行李多件，次日即再回重慶矣。」幸蒙舊交方孝遠同情，才在一客棧暫棲下來；8月7日又得東門郭家公館（實為客棧）房東憐憫，挪出樓房一間住了進去，「聊以安身」。陳嘆道：「出門之難如此。」[11]
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過了幾個月，做通鄧初妻子的工作，再加資助鄧開設「延年醫院」的江津望族鄧蟾秋、鄧燮康叔侄的照顧，陳獨秀勉強住進鄧初開的「延年醫院」後院——「黃荊街八十三號」，與鄧家夫婦分住一宅。由於曾遭「閉門謝客」，陳獨秀精神上的不快與彆扭可想而知。很快，潘蘭珍就與鄧妻鬧起矛盾來。於是由陳北大時學生、江津縣長黃鵬基幫助，住到江津一中校長施明璋家「施家大院——延陵別墅」。月餘，因江津中學教員楊賓淑要求陳獨秀幫助整理其祖父楊魯承的遺著，陳又遷到距縣城約20里的偏僻山村——鶴山坪石牆院的楊魯承舊居「楊氏山莊」，直到去世。不過由於與鄧初情誼深厚，他仍常去鄧的醫院治病。石牆院可能不通郵或通郵困難，陳晚年通信的地址始終是「黃荊街八十三號」。上世紀80年代發現的1939–1941年間陳獨秀給楊鵬升的40封信，全是這個地址。
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陳獨秀入川，可以說是受盡顛沛流離之苦，雪上加霜的事還不斷襲來。首先，在鄧宅時，他十分尊敬的嗣母謝氏去世。在給友人信中，他說：「弟遭喪以後，心緒不佳，血壓高漲，兩耳日夜轟鳴幾於半聾，已五十日，未見減輕，倘長久如此，則百事俱廢矣。」當年反對封建迷信的旗手，在感情與習俗的壓力下，現在也表示要遵守「喪制」，以盡孝道：「先母撫我之恩等於生母，心喪何止三年；形式喪制，弟固主短喪，免廢人事，然酒食應酬以及為人作文作書，必待百日以後。」[12]
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陳晚年的住房「石牆院」
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其次，1940年3月尊敬的師長蔡元培去世，使他「禁不住有很深的感觸！」在給友人信中說：「弟前在金陵獄中，多承蔡先生照拂，今乃先我而死，弟之心情上無數傷痕中又增一傷痕矣！」並專門撰文《蔡孑民先生逝世感言》。[13]文章敍述了他與蔡先生的歷史接觸和「四十年來社會政治之感觸」，精練地概括了蔡元培「令人佩服」的「兩大精神」。一是「大事堅決而又溫和」精神，「一般說來，蔡先生是一位無可無不可的老好人；然有時有關大節的事或是他已下決心的事，都很倔強的堅持着，不肯通融，雖然態度還很溫和。」二是「容納異己的雅量，尊重學術思想自由的卓見」，「在習於專制好同惡異的東方人中實所罕有」。文章還借題發揮，批駁了對五四運動「廢棄國粹與道德」的批評：
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凡是一個像樣的民族，都有他的文化，或者說他的國粹；在全世界文化洪爐中，合民族有價值的文化，即是可稱為國「粹」的而不是國「渣」的，都不容易被熔毀……問題是在一民族的文化，是否保存在自己民族手中，若一民族滅亡了，甚至還未滅亡，他的文化即國粹乃由別的民族來保存，那便糟透了；「保存國粹」之說，在這點是有意義的。如果有人把民族文化離開全世界文化孤獨來看待……在保抱殘守缺的旗幟之下，閉着眼睛自大排外，拒絕域外學術之輸入……抱着國「渣」當做國「粹」；這種國粹家，實在太糟了。
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再次，這年春天，得知大姐病倒在江津上游約40里的住地油溪鎮，立即去看望。手足同胞四人，惟其二人還在，但是都被老與病相纏，相見相別，兩情依依。不料想，6月果然傳來大姐去世的消息，使他懷念傷感不已，特作一首五言長詩。
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重感情，重友誼，這是陳獨秀品性中的一個顯著特點。但是，一般人往往只看到他「固執己見」，疾惡如仇，如王森然所說，「性狷急不能容人，亦輒不見容於人」，[14]卻忽略了他重感情、重友誼的一面。正如程演生所說：
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仲甫和朋友要好的，歡喜隨便談談，或是說笑話。有些不知他的人，以為他是暴徒式或不近人情的人，其實他是極和藹極親切的人，又有熱情，不過負氣，好鬧脾氣，但事過也，就若無其事的。我見過他和朋友因說笑話或頑皮而致變臉而致相打，然過了一天又和好了。不過這是些極相好的朋友。[15]
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親友一個個去世，給了陳獨秀極大的精神刺激。早在1937年，聽到被稱為「中國托派中最傑出的女革命者——黎彩蓮」逝世消息時，他就開始承認「老」了。給趙濟信中他說：「彩蓮的死使我很悲傷。一生中我遭遇到這樣的事已不算少；可是我從來不曾如此難受過，也許是我老了……」[16]這種無奈和無能為力的痛苦，又使他回到青年時代革命低潮時曾有過的志不遂願的「屈原情節」。1941年7月，聽說友人周光午、何之瑜、台靜農、魏建功等於屈原祭日聚飲大醉之事後，忽然也激動萬分，作了一首詩給魏建功曰：
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除卻文章無嗜好，世無朋友更淒涼；
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詩人枉向汩羅去，不及劉伶老醉鄉。
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但是，他還是慶幸自己一直保持着不願隨波逐流的獨特的風骨。一天，與早年留學日本時的同鄉好友葛溫仲的長子葛康俞相遇，又勾起濃濃的鄉情與從小就養成的秉性，贈詩曰：
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何處鄉關感亂離，蜀江如幾好棲遲。
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相逢鬚髮垂垂老，且喜疏狂性未移。[17]
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1940年可以說是陳獨秀晚年的一個倒運年，大姐去世不到兩個月，「鄉下盜風大熾」，災難也落到他的頭上。大概盜賊聽說他是個大名人，一定有財，8月2日「竊去衣被十餘樣」。[18]盜賊所得無幾，陳獨秀損失巨大。在武昌時楊鵬升贈送的心愛之物篆刻陽文「獨秀山民」四字章，以及晚年專心研究的尚未完成的很大一部分文字學著作草稿，也隨之失去，使他十分痛心。後來失竊衣物大半追回，惟印章與手稿「去如黃鶴」。[19]
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由於年老，加之他的名人身份，敏感的政治背景和戰爭的環境，不可能找到有固定收入的職業，入川後陳獨秀的經濟狀況變得相當的複雜。據現有資料記載，除了有時報刊上（如《政論》、《抗戰與文化》、《中央日報》、《民主與統一》等）發表一些文章有一點微不足道的稿費收入外，主要靠親友接濟，具體是：通過原「無產者社」成員薛農山的關係，任《時事新報》名譽主筆，每月領一點少得可憐的津貼。北大同學會經常給一些生活費，有的說每月300元。大姐家在困難時也給一點幫助，因為姐丈是經商的，侄女是個中學校長，侄女婿是一個珠寶商，經濟較寬裕。此外就是好友蔡元培、鄧蟾秋叔侄、楊鵬升私人資助，連印有「獨秀用箋」和「仲甫手緘」的信紙信封，也全由楊鵬升包贈。
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楊鵬升與晚年陳獨秀的關係密切。但如果沒有「文化大革命」劫後倖存陳獨秀給他的40封信，人們不可能知道在陳獨秀眾多朋友中還有一位如此肝膽相照、俠義感人的好朋友。
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楊鵬升，四川渠縣三匯鎮人，比陳獨秀小21歲。「五四」運動前夕，經北大校長蔡元培推薦，楊鵬升師從文科學長陳獨秀，結下深厚的師生情誼。此後兩人走上了不同的道路，陳獨秀創建中國共產黨，楊鵬升留日歸國後在軍界任職。但是，黨派之見絲毫沒有影響兩人的情誼。
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說來真巧，1937年陳獨秀輾轉流落武漢。稍後，楊鵬升也因得罪蔣介石被調往武漢任警備司令部少將參謀兼辦公廳主任。楊費盡周折找到陳，為其安排了固定住所，兩人過從甚密。1938年，兩人又一前一後來到四川。楊因對國民黨不滿，寓居成都修建「勁草園」沉溺於書畫，而陳獨秀內遷至江津。據史料記載，兩人雖同在蜀地，卻從未見面，只是以書信往來。1939至1942年，陳生命的最後3年，寫給楊信竟達40封之多。書信最長的有3頁，最短的只有幾十個字。雖然陳獨秀曾經為師且年長一輩，但每封信的開頭均稱楊為「老兄」，楊夫人為「嫂夫人」，落款均為「弟獨秀」。從信中看到，楊得知陳生活艱難，先後6次寄錢4，500元，這在當時不是一個小數目。最後一封信是陳去世前兩個月的1942年4月所寫，對楊多年的資助，陳表示「卻之不恭而受之有愧」。陳辭世後，楊悲痛不已，在其所寄信封的背後寫下「此為陳獨秀先生最後之函，先生五月二十七日逝世於江津，四月五日書我也。哲人其萎，愴悼何極！」[20]
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到江津後不久，陳獨秀得到一個重要的朋友羅宗文。1940年9月，羅調任江津縣長。到任之初，照例拜訪當地知名人士。陳獨秀略事寒暄後，十分關切民生問題，問：「現在米價飛漲，怎麼辦？」可能陳知道羅在鄰縣永川花費最大力氣，把米價控制住，從6月半到9月一直保持穩定，軍民相安。羅說：「省府最近的命令是要各縣將當地糧價壓到7月半的水準，不許自由上漲。」陳說：「壓也不是辦法。」大約半個月後，陳步行兩華里到縣府回訪羅。羅回憶說：
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陳老坐下後說：「孫哲生又在放大炮了，你看見沒有？」我說：「看見了。」孫哲生即孫科，孫中山之子，時任國民政府立法院長，在中央紀念周作《抗日時期的經濟政策》的報告，其中說到重慶的米價已漲到150元一擔。如果糧食由國家來經營，操縱囤積等弊端就會一掃而空……。原報告在報上發表了。陳老接着說（大意）：「這是行不通的，因為中國的農民很分散，生產規模很小，是小農經濟，每年秋收以後，自己就把糧食保存起來，連罐罐、罈罈，都是他們收藏工具，遇到需要錢的時候，就拿一部分出來，自己設法加工成米，或者舂，或者碾，或運到鄰近的水碾去碾。全家動員，肩挑背負，運到鄰近的米市去賣，然後買回所需要的油鹽、農具和其他日用必需品。這就是說，他們的家，既是倉庫，又是糧食加工坊；農民既是倉庫保管員，又是加工工人，又是搬運工人，又是銷售商人，是十分方便的。如全部由國家來包乾，既要修倉庫，又要修加工廠，又要組織運輸，又要設店銷售，要花多大的人力、財力、物力，哪裏是容易辦得到的啊！不比在蘇聯有集體農莊，美國有大農場，是機械化耕種，生產規模大，辦起來方便。」[21]