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市里统战部门曾提出，像陈垣这样的知名教育家，应如何恰当地发挥其长处，使他起更大的作用问题值得进一步研究，目前的问题在于是让他钻到行政工作里？还是让他整理他的业务，带几个徒弟更好？学校党委向上级汇报时，始终说陈垣年岁已大，对行政工作很不感兴趣。举例说，有一次开系主任汇报会，他从头听到尾，但一言不发，别人请他说话，他也坚决摆手不说。校党委的汇报中写了这么一句：“他对校务工作不关心。”
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历史系主任柴德赓，被校党委视为陈垣旧日的亲信，有一次曾私下劝陈垣要好好关心行政工作，不能先从兴趣出发，光做自己的业务。据说陈垣当时也默然接受了柴的劝说，没有多做什么解释。
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1953年初何锡麟出任北师大党委书记兼副校长，掌控全校的党政实权。何锡麟到校任职后，陈垣对他的反映还是不错的，一再对人说：“很久就盼望有这样一个人来。”“何校长太好了。”但何锡麟的领导作风较为强势，自信心较强，再加上政治运动的惯性原则，不自觉地就掌握了学校所有的党政事务。很快，他由于同陈垣合作较弱而受到上级批评，此后稍微有所改进，同陈的联系比过去增强，但是整体工作还是由何说了算。何有时找陈垣谈问题，陈就认为何的意见已经很好，自己没有什么可提的了。时间一长，竟成了一个工作模式，陈对何事事依赖，高高挂起，被校办的一些工作人员戏称为“牌位”。
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北师大虽然在行政上建立了校长教务长的联席会，但只是拿一些琐碎具体事在会上谈论，而且会前大都没有准备，与会者在会上随便聊几句就走过场。学校的核心或中心工作一般不拿到联席会上讨论，而由党委会去决定。1953年3月联席会有一次开会讨论一般性的教学计划，预定下午两点开会，上午十一时半身为副校长的何锡麟才去找陈垣和副教务长林传鼎商量，下午两点前告知另外一位副教务长祁开智。由此也可见出，在这样天生隔阂、保密至上的组织体制下，党员校长对非党校长、教务长的漠视和应付是习惯使然的。
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1953年4月上旬市高校党委统战部来人调查，记录这样几件小事。何锡麟有一次曾拿一个计划草案交给校办公室金永龄，金问：“陈校长看过没有，有什么意见？”何说：“他提不出什么意见来。”
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进步群众刘迺和反映，有时陈垣在办公室里转圈，说：“你说我应该干些什么呢？”“老了，做不了什么事。”有一次说：“年轻人（指何锡麟）那么能干，偏偏身体不好。我这老头子没有能力，身体反而那么好。”刘逎和还验证了校内传言甚久的“牌位说”，说陈校长“过去是傀儡，今天是牌位”。
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有一次某系学生慕名来办公室请陈垣校长题字，陈高兴地答应了，亲自拟好题词的内容，多是鼓励性的简单言辞，思虑再三，最后还得请何锡麟看看题词妥当不妥当才提笔挥就。（见1953年4月20日高校党委统战部《各校上层统战工作情况》）
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在北京高校中，非党校长不受重视而被忽略，是左倾政策推行后必然带来的一种工作常态。陈垣的境遇并不是偶然的个例，也不是北师大独有的现象。譬如在财经学院，所有需院长签字的材料如党委书记秦穆阳没看过，非党副院长陈岱孙就不肯签字，因为他知道签字大多是无效的。许多情况陈岱孙不了解，有些会议的内容到开会时才知晓，因此党员副院长罗青不到场就根本开不了会，如罗青中间因故退席陈岱孙就无法继续主持。
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皮科教授胡传揆是公认的向党积极靠拢的著名非党派人物，他在市委里颇获好感，因此获任北京医学院院长一职。但高兴一段时日后，胡院长就频频感到难堪，卫生部的领导有事常常直接找北京医学院党员副院长马加，很少找他商量要事。有时马加同意了就直接做了，胡传揆还不知情。因此胡消沉地表态：“我这院长应当怎么当，不知道？还不如回皮科去。”更有甚者，有时马加有意把一些棘手的事如药学系要并入旁系，交给胡传揆去处理，结果让胡碰钉子，扫兴而归，威信大跌。
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在校长位置上，享受无上的政治荣耀和光环，但实际上又长期处于权力的真空地带，为人摆设，看人眼色，陈垣的滋味一定是百感交集，难以名状的。在20世纪五六十年代起伏不断的思想运动之中，陈垣在大小会上说了不少拥护式配合式的即令话、应景话，已经难得听到他脱口而出的内心言语。1955年初，有一回听说李四光、华罗庚在中国科学院会上遭人批判而流泪，陈垣极为少见地大发脾气：“如果把我像他们那样在台上被斗，我可不干……”这种激烈的表态，对于陈垣来说，只能落在口上，只是一时苦闷的发泄，也是自卫性质的表露。
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四
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1955年“三反”运动展开后，由于运动本身的戾气和霸道，主持者在宣传方面渲染过度，参与方式不讲规则，火药味四处散发，多少对陈垣构成一个难以逾越的沟坎。1955年1月12日陈垣从教育部开会回来后，立即找到办公室主任贾世仪（党员），要他留心收集群众对他的意见，并向校办党、团支部书记表示愿意带头检讨，请求大家帮助。有一句话老挂在他的嘴里：“我一切依靠党了。”
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但是他又给人不虚心不合作的印象，如老学生、历史系主任柴德赓见势不好，好意劝他应该检讨官僚主义作风，他回应说：“我三十年没做官了。”有人说他搞小圈子，他一听表示思想搞不通。校办党支部成员多是他的年轻下属，反复做说服工作，促使他的坚硬态度有所转变和适应。
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他曾在全校师生职工大会上做过三次检讨，其表露出来的诚恳态度和平和神情，或许这反而给巨大不安的校园带来一点点的慰藉和平衡。第一次检讨，首先批判自己“闭门读书不问世事，读书人不应当管理行政事务”的思想，还检讨自己对教员刘景芳、杨荣春等同志抱有成见。第二次检讨自己缺乏民主作风，校委会很久没有开，形成少数人推动校务，而把大家关在门外，下面意见也提不上来，影响校务的推进。他由此引申自己不具备全心全意为人民服务的态度。第三次检讨则批评自己的官僚主义作风和对公共财物重视不够的问题，他举例说：“学校的新宿舍已经建筑起来了，我还问木料买了没有，这真是官僚主义。”他归之于是因为存在着资产阶级的腐朽思想。他一再说，愿听取批评，在群众监督下对国家积极负起责任。
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会后师生的反映极为热烈，校党委整理出一份文稿，主要内容大概归纳为：“校长这么大年纪，能把自己思想检讨出来真是不容易”、“校长检讨了，我们也当检讨”、“校长能认识自己官僚主义作风那么深刻，也只有在毛主席领导下才能如此”等等。校办还收集了各系传来的116条意见，大概也是围绕“校行政民主问题”、“个人作风傲慢”等话题展开。陈垣接到这些意见后，先用红格纸抄写一遍，翻来覆去地阅读，读到那些过激的批评意见心中难免有点情绪，特别是指责他在行政事务上的不作为，让他体会到一种实实在在的窝囊气、夹板气，还无法对人去解释。他对校办的工作人员说：“我一无是处”、“寸步难移了”。大家都觉得老人很难缓冲过来，没想到第二天参加反浪费大会后，他的情绪又有了较大变化，再三表示愿做检讨。他说：“这是一辈子的第一回。”“什么是民主，今天才开始懂得。”“这些意见是我的一面镜子。”“大家对我提出这些意见是关心我、爱护我，这是我的光荣。”这些散落在办公室里三言两语的感慨立即被小干部们收集上报。
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1月25日在全校扩大干部会议上，陈垣上台讲了这么一番话语，有一些话是脱稿而出的：“‘三反’运动展开后，才使我对国家财富逐渐有了正确的认识，我以前对贪污、浪费的现象只觉得是关系个人的道德，总不能与人民财产联系一起。自从参加‘三反’运动才体会到这个运动的伟大了。”“通过贪污、浪费现象，才逐渐认识到自己官僚主义的严重性，才认识到存在着资产阶级腐朽思想的危害性，就像不照镜子不知自己满脸满身污泥一样，群众把镜子放在眼前才照见自己。”身在学校虚位上，不掌任何实权，言及所谓的贪污浪费、官僚主义的现象，陈垣的表态多少是言不由衷，虚与委蛇，敷衍过关。
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但陈垣对其中一条意见始终很在意，几次在会上诚恳认错，这一条就是对刘景芳、魏重庆、杨荣春三位教授抱成见的问题。细翻现存的材料，无法找到陈垣与三位教授发生冲突的原因，不知事情的来龙去脉及是非。陈垣首先承认是自己的错误造成的：“这完全没从人民利益来考察问题，这不但是旧社会的作风，违背了新民主主义道德，而且不是一个人民大学的校长对同仁应有的态度，这就是资产阶级的腐朽思想。”（以上见1955年1月29日市高校党委《关于陈垣在三反运动中的自我检讨和反映》）一般性的人事纠葛是难免的，陈垣却把它上升到资产阶级腐朽思想，这种自污应该也是一桩说不出口的伤感之事。
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在极其险恶的运动环境中，陈垣在公开会议场合的表态都极为到位、简洁，北师大党委在几份“三反”运动工作总结中爱用这几句话来表述陈垣那种天生俱来的位置感：“会后大家被他的诚恳态度感动，一些教授说校长能这样深刻检讨真使我们钦佩。”
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对于1957年整风反右期间陈垣的实际表现，校党委的态度显得复杂、微妙和为难，最后以上下合力的方式保护过关。党委给出的正面理由是，陈在鸣放初期就称赞党的整风运动是“古今中外史无前例”，要求知识分子“反求诸己”，“要帮助党整风，就要有党的领导”，反对“民主办校”，主张在党委领导下分工负责。因此陈校长属于“基本上能站稳立场”。
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陈垣被人抓住把柄的是在1957年春季鸣放阶段中央统战部一次座谈会上的“错误言论”，其爆发的激烈程度足以让事后参与处理的中共教育口官员有所棘手。在1959年1月9日北师大党委整理的陈垣入党材料中披露了其间的发言要点：“陈垣说，旧知识分子都有一些高傲的气质，自尊心很强，士可杀不可辱。老教授一次次检讨、被斗争，有时人家原是热爱国家的，但都指着脸骂人家是反革命，那当然会使人感到无限委曲，抑郁难平，感情的创伤一时不易弥补。”还说，运动过后，大家都不敢随便说话了。党和知识分子中间的墙，有的地方就是这样筑起来的，希望党在这方面多做些工作。
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反右斗争展开后，惶恐不安的陈垣在党委授意之下做了两项弥补工作，一是对右派分子的反动言行积极进行批驳，二是“双反”中主动向党交心，写了五千多字的自我检查，批判了在鸣放中发表的错误言论、名利思想和对入党等问题的错误看法。他有些迷惑，怅然若失，看到北大校长马寅初挨批，他就有所顾虑：“经济学方面批判马寅初，历史学方面是不是也要批判我？”他私底下埋怨说：“那些过去不研究学问的，不写著作的，倒没有什么事。我们这些人，过去费了力气做学问，今天被叫做资产阶级专家要被批判，真不如不做了。”（见1959年1月9日北师大党委《师范大学陈垣入党的材料》）
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北师大党委多少在为他说情，竭力让他脱离险境。为他开脱的材料中，就再三提到他的国际学术影响力：“某些资产阶级国家，如法国、日本等汉学家对他的一些著作有较高的评价，又因他研究过宗教史，任过天主教办的大学校长二十多年的原因，在宗教界有一些声望，罗马教皇曾赠过他勋章。”（见1958年12月20日北师大党委《陈垣小传》）可以看出，北师大党委在全力保他过关，运用诸多资源努力撑高“保护伞”，以证明他的政治立场无大问题。
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