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1958年底，系总支以一年级新生辨别能力不强，易受旧教授的影响为由，决定停止傅鹰为新生讲授无机化学课。当时北大党委的工作报告中时常引用学生的一句话，来表明受课学生的迷惑、中毒之深：“奋斗一生，学到傅鹰先生的十分之一就很好了。”在调整专业发展方向时，不经详细考虑，就断然取消傅鹰领导的胶体化学教研室（后经上级过问恢复）。傅为此在1959年1月愤而辞职，以示不满。
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1929年，东北大学教工宿舍前，傅鹰（后立者）与梁思成（右二）等同事合影
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此事相争过程中，巧逢毛泽东对《清华物理教研室对待教师“宁左勿右”》一文的批示传达，被惊动的北京市委当即布置北大党委检查对傅的工作，生怕再出差错，责成化学系总支学习主席批示，结合傅鹰的问题，在党内进行一次深入的政策教育。但是总支敷衍塞责，迟迟不动兵，一直拖延到当年秋天反右倾运动开展之时。总支书记王孝庭又借机重新布置对傅的批判，他召集胶体化学教研室支部成员开会，定下“傅鹰还在大摇白旗，向党进攻”的调子。
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这里有个蹊跷的插曲：清华大学物理教研组对待教师宁“左”勿右，此事经毛泽东过问成了一个著名的事例。毛批示说，要全国一切大专学校、科研机关的党总支、支委讨论一次，并端正方向，争取一切可能争取的教授、科研人员。清华物理教研组的做法与北大化学系相近，比如同样认为高级知识分子都是从根本上反对党的教育方针，他们摆开阵势向我们进攻，必须还击；所有的统战对象都是促退派，把他们摆在这里，只是为了树立对立面；认为提“发挥老教师的作用”就会模糊阶级界限，放松斗争，现在到了党员可以取而代之的时候了。毛泽东含蓄、模糊地点到了这种过左的工作方式，只是说“阅读并讨论”，没有出现他惯常激烈的批评句式。从事后效果看，不少高级知识分子还是以欣喜的情绪来看待这件批示，并有所期盼。但是相当多的基层党组织只是草草应付，并没有采取改正的实质举动，对不满意的高级知识分子依旧是变了幌子进行围攻和斗争，只不过很多单位的斗争热度有所减弱。从1959年实际发生的过程来看，毛的批示是失效的，只是蜻蜓点水般地漂浮而过，在很大范围内被众人敷衍了事。
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化学系党总支一直坚定认为，化学系实际上还是处于“教授治系”的局面，在一个时期内是由傅鹰、邢其毅等四个教授实行专政，教学科研、研究生的分配、助教的去留都由他们做主，甚至还猖狂地干涉党总支的“内政”。例如，总支因故批评一个邢其毅喜欢的党员助教，邢竟敢向党总支提出质问。总支欲发展一个政治上进步的副教授入党，也因为傅、邢的反对，怕“影响关系”而不敢发展。
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化学系总支向上汇报说，只有经过这次“双反”运动，东风才真正压倒西风，系一级党组织才普遍大翻身，总支干部才不会像过去忍气吞声的“小媳妇”模样，敢于召集教授开会、作报告，敢于面对面地批评教授。对于这种系一级党组织日益强硬的姿态，市委主管常务的书记郑天翔在《关于知识分子的思想改造》一文中欣喜地总结道：“（此事表明）无产阶级的志气长起来了，资产阶级的威风打下去了，这是阶级形势的一个巨大变化。”
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从1959年底到1960年春，是傅鹰最为暗淡的日子，系总支相继部署缜密的斗争日程表，在新年座谈、评跃进奖、学习八中全会文件等会议上，对傅展开一轮又一轮的批判活动，批判的内容从学术观点、教学态度到政治立场和思想作风，扣帽子之多事后让市委大感吃惊，如“反对教育方针”、“和党争领导权”、“争夺青年”、“用白旗与党培养红专干部的路线相对抗”、“大肆散布反动思想”、“资产阶级孝子贤孙”、“消极怠工”、“起了百分之二百的破坏作用”等等，对傅的学术专长和他在教学中备课认真、讲授清楚等优点予以全盘否定。
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傅鹰被迫参加助教顾惕之、研究生周乃扶检查思想的会议，顾、周检查时主动谈到傅引导他们走“白专”道路，马上会议目标转向傅，与会者纷纷指责他“站在资产阶级立场，必然危害社会主义事业”。（见北大调查组1961年6月《北大化学系在学习八中全会文件时重点批判二十多位党外教授、助教》）
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据1961年3月北大党委自查，从1958年起，化学系总支借调整科研方向之名，以不能参加保密项目之由，停掉大多数教授的研究工作，13个教授中有10人三年来几乎没有进行科学研究工作，总支在党内摆出的不安排的理由之一是，“害怕旧教授拉拢政治性较差的青年教师、研究生形成小集团和党对抗”。
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靠着批判、打压傅鹰等知名教授的政治名声，1959年冬季北大化学系无机化学教研室一举夺得当年“文教先进集体”的称号，其事迹登记表中赫然写着：“深入批判傅鹰的资产阶级观点，青年教师已完全担负起过去傅鹰讲授的无机化学课，一支又红又专的干部队伍正迅速成长。青年教师华彤文用辩证唯物主义的观点来阐明无机化学课中的重大问题，以大跃进以来的最新成果来丰富课程内容，改变过去无机化学课的面目。今年考试成绩优良达86%，而傅鹰讲课时考试成绩不到50%。”（见1960年初《北京市1959年文教先进集体登记表》）
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年轻教师的授课考试成绩大大超过傅鹰的授课考试成绩，而且是高于三十六个百分点，足以证明年轻人的锐势和旧教授的不堪。最为关键的是，年轻教师能以辩证唯物主义的理论观点施教，这是傅鹰他们所不能达到的。
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三
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在五六十年代教学革命运动中，北大化学系一直是大名在外、处处争先的激进单位，狠抓阶级斗争、大促教育改革的事例大都出现在北大党委上报的报告中最显目的位置。1960年初看到许多国家都在大力研究胰岛素，有的资产阶级国家花了几十年时间只合成到5肽。化学系总支抓住这个由头，大张旗鼓地宣布要合成到21肽。据市委大学部1960年3月5日《科技工作简报》称，起初由于资产阶级学术思想的束缚，工作进展迟缓，但在反右倾整风学习以后，大搞群众运动，以大兵团作战的方式，在一个半月内，连续从3肽突破到12肽，把英美国家远远抛在后面。4月26日简报又说，苦战23天，终于在4月22日胜利合成21肽，宣布超过世界水平。一时间成了轰动北京高校的大事，出尽风头。但紧接着出现了一个有趣的插曲，上海方面突然大肆宣传，已在4月20日合成至30肽，比北京21肽还高9肽，立马把北大化学系膨胀的气势压住，让北京教育口扫兴许久。
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傅鹰一直不喜欢系里这种过于张扬、高调的“科研动作”，称之为“浮夸之风不得了”。直到1962年在广州科学规划会议上，傅鹰才壮着胆子首次揭露其间的内幕：“说合成了21肽，分析7肽的数据与理论数据一样，原来未进行分析，是用理论公式推算出来的数据。这样的数据层层上报，是在骗谁？这样党在群众中的威信怎能提高？”（见1962年5月19日市委大学部《情况简报》第58期）
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大跃进时，化学系在报告中说一年内完成了一千多项科研项目。傅鹰对此不以为然，他几次向校方提意见说：“根据系里教师的力量水平，一年内完成几项就很不错了。有时纯化一个原料也得要三个月的时间，二至三个月内怎能完成几百项？这些数字层层上报，领导也无法核对，这样献礼不够严肃。”
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强势运动之下，有些老教师成了惊弓之鸟，只看风头讲话。北大、清华、北医等学校的不少教员不敢查阅必要的科学文献，只求盲目实践、为了保险不惜工作重复。北大化学系张青莲教授说：“乱哄哄，一场空。”傅鹰则以亲历者的身份表达得更尖锐：“现在是以任务消灭学科，北大摧残胶体化学。”（见北京市委高校党委办公室1959年4月20日《科学研究工作会议中各小组讨论情况》）
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1961年10月教育部下发《直属高等学校暂行工作条例（草案）》讨论，其中重要的一条就是改变系总支的领导作用，只起保证监督的作用。这一条就招致北大多数系总支的不满，化学系总支的表态最为激烈，总支副书记黄文一在10月26日市委大学部召开的座谈会上说：“我的顾虑就是怕资产阶级篡夺领导权，我们如果处于做思想政治工作的地位，不处于发号施令的地位，会不会造成资产阶级复辟？陈独秀右倾机会主义的做法，就是我们共产党在军队中只当政委，国民党当军长、师长。我觉得我们发号施令是对的。如果学校中只是在上面由党委发号施令，下面由他们资产阶级发号施令，这样能不能保证党的领导？”化学系总支书记王孝庭敲边鼓说：“不能说一竿子插到底就一定不能执行知识分子政策。”（见会议记录手稿）
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而傅鹰对“一竿子插到底”（指各级党组织垂直领导）方法有一肚子怨言，体会尤深。1961年7月中旬，他在教育部召集的座谈会上直接点了化学系的问题：
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系里一竿子插到底插得很凶，谁也不能说什么，否则就认为是对党的领导“原则承认，具体否定”，任何一个党团员都是“党代表”，不听他们的话就是“反党”，谁受得了？（见市委大学部1961年7月21日《最近傅鹰对高等学校工作发展的意见》）
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他在会上举例子说，教授写完了讲义，要“呈请鉴核”，一个二年级学生为学生党支部成员，他拿起红笔勾勾抹抹，这个不要，那个不要，其实他什么也不懂，可他是“代表党”的。
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傅鹰写了培养研究生的计划，按系里规定要送支部批准。支部书记多是三四年级的年轻学生，对计划中的学术表述多有不解之处，就需傅鹰同他原原本本地讲上半天、一天，甚至多达两天，学生书记接着就打起政治腔调问：“是不是合乎国际水平？同国计民生关系怎样？什么时候搞出成果？”这让傅鹰哭笑不得，不知如何能够回答得满意。他在教育部座谈会上谈及此事有意调侃道：“这又不是做香肠，谁知道什么时候可以灌出两根三根？”
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四
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在校内，傅鹰教学上的倔强和不妥协是有名气的，他的学生是深有体会的。回国初期，他分配在清华大学任物理化学教授，有时给学生布置习题，科代表认为作业量过大，会打乱同学的学习计划，就擅自压下来。傅鹰发现后在课堂上生气地说道：“学习是那样简单，不劳动还成，不劳动那是蒋介石。”同学们听了大为吃惊的，互相观望吐舌头。科代表课后向傅解释，被他从办公室直接轰出去。（见1954年市高校党委《关于清华大学师生关系的问题》）
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