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在皮萨罗和他的西班牙人队伍离开卡哈马卡之前，皮萨罗决定把已故君主瓦伊纳·卡帕克还在世的兄弟中最年长的图帕克·瓦尔帕（Tupac Huallpa）扶植为君主，[2]他毕竟也是皇室王子出身。皮萨罗这样做是希望能继续控制印加的贵族并由此控制整个帝国，就像之前利用阿塔瓦尔帕的时候一样。不过，这位印加新君在位的时间并不长，当上君主不到两个月，图帕克·瓦尔帕就病死了。失望的皮萨罗把他埋在了卡哈马卡和库斯科之间的豪哈城。印加帝国再一次没有了统治者。
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皮萨罗和他的西班牙人在向南出发之前，总算是大概了解了印加当前军力的部署情况。皮萨罗得知印加本来有三支军队，一支在北方相当于今天厄瓜多尔境内的地方，人数大约是三万，军队将领是卢米纳比；另一支军队在今天的秘鲁中部地区，人数大约是三万五千；最后一支由基斯基斯将军带领的占领着库斯科的军队，人数大约也是三万。皮萨罗还没离开卡哈马卡之前就已经先让中部军队陷入了群龙无首的状态。他使用的计策是诱骗中部军队的将领查尔库奇马来觐见被囚禁的阿塔瓦尔帕，然后趁机将他抓住。皮萨罗本来打算带着印加将军一起上路，然而他的疑心越来越重，总害怕将军会鼓动印第安人袭击自己的队伍，于是就把查尔库奇马绑在火刑柱上烧死了。这就意味着，现在挡在西班牙人和他们要占领的印加帝国首都之间仅剩的一个障碍就是基斯基斯将军的军队了。
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十七岁的傀儡君主曼可·印加的加冕仪式。
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1533年11月，西班牙人从印加城镇哈奎瓦那（Jaquijahuana）出发，只剩一天的行军距离就可以到达库斯科了。路上他们遇到一个年仅十七岁的年轻男孩，后者穿着黄色的长袍，由一队印加贵族陪伴着。皮萨罗的翻译很快得知这个年轻的印第安人是瓦伊纳·卡帕克的儿子，所以也是皇族后裔。皮萨罗还听说这个男孩的名字叫曼可·印加（Manco Inca），是阿塔瓦尔帕和瓦斯卡尔的弟弟，也是瓦斯卡尔这一支血脉里仅剩的几个幸存者之一。皮萨罗和他的队长们认真地听着翻译传达的内容，年轻的王子说自己在过去一年的大部分时间里一直过着逃犯一样的生活，“时刻都要躲避阿塔瓦尔帕手下的追杀。他这副孤单、落魄的样子看起来跟个普通的印第安人没什么区别了”。[3]
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皮萨罗很快就意识到曼可·印加是一个潜在的王位继承人，更重要的是，他属于印加人的库斯科派系，而这个派系正是皮萨罗想要拉拢的。既然皮萨罗已经处死了阿塔瓦尔帕，还有什么能比和一个长期以来受阿塔瓦尔帕压制的派系的成员携手进入库斯科更好的方案呢？这样皮萨罗和他的队伍就能够以解放者的身份自居，希望这样的定位能够预先消除可能出现的抵抗行动。编年史作者佩德罗·桑乔·德·拉·奥斯写道：
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［曼可·印加］说只要能把那些基多来的［阿塔瓦尔帕的占领军］赶走，自己愿意尽一切力量帮助总督，因为那些人也是他的敌人而且他憎恨他们……［曼可］是从法律角度上说，各地区首领都应当前来朝见的人，而且各地区的首领也都希望由其继承王位。他来见［皮萨罗］总督的时候走的是山路，因为担心在大路上会碰到基多的人。总督高兴地接待了他并对他说：“你说的很多内容让我十分满意，包括你想要摆脱来自基多那些人的事。你该知道我来这里……就是为了阻止他们加害于你，并将你从（他们的）奴役下解放出来。你可以确信我来这里绝不谋求什么私利……而是因为得知了他们加诸你身上的伤害，所以想要来纠正这样的不公，正如我的君主命令我的那样。因此你可以相信我会尽一切努力帮助你，同样地，我也会为让库斯科人民免受这样的暴君统治（而尽一切努力）。”总督向［曼可·印加］做出各种许诺就是为了拉拢他，这样他［皮萨罗］就可以得到［帝国其他地方］近况的消息了。那个首领［曼可·印加］感到非常满意，陪同他一起前来的那些人也都有同感。[4]
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皮萨罗希望自己与年轻的印加王子结盟就能够让库斯科派系的人相信西班牙人唯一的目的就是帮助那些最近受阿塔瓦尔帕压迫的人重新掌权。皮萨罗还很快意识到，瓦伊纳·卡帕克这个看起来很天真的儿子正是一个傀儡君主的绝佳人选——因为他很容易被西班牙人控制。
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不过，在扶植曼可成为君主之前，皮萨罗先要做的是夺下库斯科，而那里现在还是被对他充满敌意的印加大军占领的。曼可告诉西班牙人，基斯基斯将军的打算是宁肯一把火将库斯科烧为平地，也不能将它拱手送给外国人。确实，还在城外的西班牙人已经可以看到远处地平线上升起的缕缕青烟：也许破坏库斯科城的行动此刻已经开始了。皮萨罗立即下令让自己二十三岁的弟弟胡安和埃尔南多·德·索托一起带领四十名骑兵前去阻止印加军队烧毁首都。接到命令的两个人带着队伍策马狂奔向事发地，很快就消失在了人们的视野中。皮萨罗和其他的骑兵、步兵、印第安人随从，以及长长的美洲驼队伍则继续行进。
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至此，这次征服活动已经持续了十八个月之久，而且很可能即将迎来一场硬仗，不过此时皮萨罗和其他的西班牙人反而都变得信心满满了。到目前为止，从印第安人军队和西班牙队伍的伤亡比例上看，后者占据了绝对优势。从阿塔瓦尔帕被劫持开始算起，印加人已经损失了超过八千名勇士，许多地位很高的贵族，三位最主要的将领中的一位，当然还包括他们的君主。相较之下，西班牙人这边只死了一个非洲奴隶。虽然相对人数较少，但是西班牙人比印加人占据了许多军事技术层面的优势。其中最主要的可能就要数他们有马而印加人没有。这种动物可以驮起一个穿着全套铠甲的西班牙人，然后依然能跑得比任何一个印第安人都快。征服战争中使用的这种“移动坦克”不仅能给印第安人带来心理上的恐惧，而且让西班牙人可以从一个更高的位置使用那些十二英尺长、带金属矛头的长矛，或者是从上向下挥舞长剑，这让每次劈砍都能够产生更强的杀伤力。此外皮萨罗的征服者们还拥有火药、少数几门加农炮以及各种火绳枪。
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在防护方面，西班牙人总是戴着钢铁头盔、穿着铠甲和锁子甲。此外，他们的步兵会举着一种直径约两英尺的木质盾牌（escudos），骑兵则使用一种体积更大的、在木质框架上蒙上双层兽皮制成的盾牌。即便是西班牙人的马匹也都采取了保护措施，它们都披着厚厚的棉质护甲，这样敌人就不能轻易刺伤或杀死战马了。一个穿着铠甲、骑在马上的西班牙骑士，一手举着盾牌，另一手举着长矛或长剑，差不多就是当时欧洲最高杀戮技巧的代表了。只有差不多同样装备的另一个骑士，或是能够在近距离之内用火绳枪向骑士射击的士兵，又或是一个没有骑马但身手过硬的长矛手在面对骑士的马上进攻时才可能有一丝胜算。
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阿塔瓦尔帕的侄子蒂图·库西（Titu Cusi）后来描述了他和其他印第安人是如何看待西班牙军队的进攻的。他们能听到震天响的喇叭声和马蹄踏地的重击声，能看到钢制长剑反射出的寒光，还知道西班牙人的火绳枪能从远处发射出看不见却能要了勇士们性命的神秘飞镖：
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这些西班牙人看起来就像维拉科查（viracocha）一样，维拉科查是古时候我们对创世之神的称呼……［印加人］也会用这个名字称呼那些被我们视为神明的人，一部分是因为这些人的穿着样貌都和我们大不相同，另一部分也是因为这些人骑着……体型庞大的动物，这种动物的脚还是银的。印加人这么说是因为金属马掌反射的亮光……印加人称呼西班牙人为维拉科查还是因为西班牙人非比寻常的样貌以及西班牙人内部彼此之间的巨大差异：有些人的胡子是黑色的，另一些则是红色的。印加人还看到西班牙人用银盘吃饭，以及西班牙人拥有“拉帕斯”（Illapas），这个词在我们的语言里是“雷”的意思，这里指的是那些火绳枪，印加人以为西班牙人控制了天上打的雷。[5]
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除了武器之外，西班牙人还拥有其他的优势：他们能够通过书面文字更有效的交流，因此总是分散在各处的成员之间也能相互收发复杂的信息；他们还有船只能够进入国际贸易网络，这样就能获得定期的补给，从远方获得更多武器、马匹和人手；最后他们还具备了战胜跟他们自己装备相当的摩尔人骑士的经验，他们双方已经在伊比利亚半岛上战斗了几个世纪了。
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西班牙人把最近的三十年时间都用在了征服原住民群体上，他们的足迹遍布加勒比海、墨西哥和美洲的各个地方。埃尔南多·科尔特斯最近就刚刚征服了墨西哥的阿兹特克帝国。因此皮萨罗一上来就知道要如何像科尔特斯一样利用当地人之间的政治分歧为自己服务，甚至是拉拢本地的同盟者，将他们收入自己的队伍。此外，西班牙人还有两个他们培养的印第安人翻译，此时他们已经可以依靠这些翻译来接收和传递信息了。
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西班牙人武器库中另一个有效的武器并不是事先策划好的，但是其意外的效果极其重要：这就是瘟疫，而且很可能是欧洲的天花。这种流行病是在皮萨罗第三次也是最后一次来秘鲁之前发生的，导致了印加帝国的君主瓦伊纳·卡帕克因病丧命，从而引发了残酷的具有毁灭性的内战，将帝国分裂成了两大派系。短短五年前，当皮萨罗第二次航行至此时，印加帝国还是一个团结而强大的帝国；然而在1532年皮萨罗和他的手下第三次到达之后，他们发现的这个国家已经被疾病和残酷的内战大大削弱了。
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对比于西班牙人用炭和铁煅烧出来的钢制武器，印加人使用的武器还停留在青铜、红铜和石器上。因此从理论上讲，西班牙人在秘鲁发现的这个文明是一个青铜器时代的文明，相当于公元前1000年的埃及——如果埃及人也没有马的话。虽然印加人可以开采红铜、锡、金、银和汞矿，但是在塔万廷苏尤区域内并没有铁矿（事实上秘鲁的第一个商业性铁矿是直到1915年才找到的）。因此，就算再给印加人几百年的时间，他们恐怕也无法进入旧大陆上人们所说的铁器时代。连铁都没有，就更不可能进入钢时代了。所以在面对从大洋彼岸来的穿着钢质铠甲的入侵者时，印加人的石器和软金属武器根本无法与他们抗衡。
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印加人的大部分武器都是为与其他部落里装备相似的步兵近距离作战而设计的，所以主要是各种棍棒。其中最大的是一种必须要两手才能操作的被西班牙人称作“大棒”（porra）的武器，其实就是在一个较长的木质把手顶部固定一个红铜或石头制的圆球，上面有五六个凸出的尖头。这种武器可以用来敲碎人类的头骨，但是无法刺穿西班牙人的钢铁头盔。除非是用它直击没有戴面罩的西班牙士兵面部，否则根本不能造成什么致命的伤害。印加人还使用一种类似的战斧，斧子头当然也是用红铜、青铜或石头制成的，目的在于打折敌人的骨头和/或造成挫伤，其锋利程度甚至都无法砍断四肢。相比之下，西班牙人的长剑要划开印第安人的血肉和动脉就像切黄油一样简单。
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除了这些棍棒之外，印加军队也使用顶部带有红铜、青铜矛头甚至是磨尖木头的长矛。他们还把削尖的木头或兽骨做成飞镖，还给飞镖装上适于抓握的抓手以便扔得更远。不过在西班牙人眼中，最具威胁的武器其实是印加人的投石索（warak’a）。这种投掷工具是用毛线或其他纤维制作的，印加勇士在兜囊中心放置一块鸡蛋大小的投石，然后将投石索快速抡转起来，就可以把囊中的石头以惊人的力道和准度投掷出去，甚至能够将西班牙人的长剑击碎成两段。不过，除非西班牙人没有戴头盔，否则这些扔出来的石头还是不能造成致命的伤害。
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印加人有时也会使用弓箭，但是非常慎重和节省，因为只有来自东部丛林地区的印第安人知道如何使用弓箭，所以要将安蒂苏尤或亚马孙地区的印第安人招入印加军队才能有人来使用弓箭。相对于从高地上征召的农民兵士的数量，亚马孙印第安人可以说是很稀少的。因此弓箭的使用概率非常有限——再说这些箭同样穿透不了钢铁铠甲。
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印加军队空有人数上的巨大优势，实际上却还面临着其他一些不利因素：第一个是印加人没有书面文字，只有结绳语，所以他们往来传递的信息就比西班牙人少得多。印加人也不了解自己疆域外面的世界：他们不知道西班牙已经征服了墨西哥、中美洲和加勒比海地区，也不知道欧洲或世界上其他任何地方的历史。第二个不利因素是印第安勇士偶尔才穿铜质的胸甲或背甲，大多数时候他们只穿棉质的防护衣，这样的装备在与其他印第安人军队作战时是足够的，但是在遇到西班牙人的长矛和利剑时几乎起不到任何保护作用。最后一个不利因素当然就是印加人没有马匹，因此他们总是不得不想办法抵御大批直冲过来的陌生动物，同时还要防范穿着铠甲骑在马上，能够居高临下地发起攻击的西班牙人。
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上述这些分析在1533年11月14日这一天也都是适用的。当胡安·皮萨罗队长和埃尔南多·德·索托队长一起带领四十名穿着铠甲的骑兵逼近印加首都库斯科郊外的时候，不知怎么已经会合的中部军队和南部军队早已等在那里，堵住了他们通往城中的道路。即便人数对比极其悬殊，西班牙人还是决定立刻发起进攻，这样的策略几乎已经成为他们本能的选择。无论何时，西班牙人遇到危险的自然反应就是朝着他们认为的最大威胁直接发动进攻。这样的战略到此时为止已经在安第斯山脉地区为他们带来了一次又一次的胜利。
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印第安勇士“数量非常多……他们大喊着朝着我们冲来，带着决绝的气势”，[6]米格尔·德·埃斯特特这样写道。印第安人背靠城市，又有经验丰富的基斯基斯将军坐镇指挥，所以北部军队的士兵们非常勇猛，依靠投石索、弓箭和狼牙棒等武器发起了一波猛烈的进攻，将西班牙人逼退了。“他们杀死了三匹战马，其中就包括我的，这让我损失了一千六百卡斯蒂利亚金币（castellanos），”[7]公证人胡安·鲁伊斯·德·阿尔塞（Juan Ruiz de Arce）写道，“另外还有很多基督徒都被打伤了。”[8]