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在仔细分析了上述四个过于乐观的“破译”后，我们来看一些更加谨慎、有逻辑的解读。如果不靠连蒙带猜，只对印度河铭文做纯粹的内部分析，能得到什么样的结果？我们接下来会看到，这样的分析能够确定书写和阅读的方向；能基本掌握印度河字符的数量，并建立起获得一定认同的符号清单；在一些数字上达成一致；一个特定的文本可能如何切分、拆解为单词。
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首先有必要说明，学者们要解读的是印章印出来的文字和图案，而不是印章本身，因为印章上的文字自然是反刻的。（这里有存疑的地方。印章的数量远比留下来的印痕的数量多，很多印章也几乎没有磨损，说明很多印章可能不是用来盖戳，而是作为“名片”甚至护身符随身携带的。）幸运的是，我们很容易确定正确的文字朝向，因为我们可以将印文中字符的顺序和朝向与顺序相同的、明显供阅读的文字中的字符列进行对比，比如陶器上的涂鸦和金属工具上的字符。整体来说，二者是吻合的。
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说到书写的顺序，我们可以借用有方向的象形图案——比如——朝向的方向来推测文字的书写顺序。举个例子，在埃及象形文字中，这种有指向的图案面朝的方向，与阅读顺序正好相反[14]。但实际上，虽然印度河印章上的主要图像（比如独角兽图案）大多数——也有例外——朝向右边，印度河文字的朝向与此并不一致。
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阅读顺序最可靠的依据是铭文的空格。如果一个短文本顶着右侧的边缘起始，而与左边缘留有距离，这个铭文有可能是从右往左写的。如果左侧字符有压缩挤凑，也能得出同样的结论。比如这枚印痕：
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另一枚印痕是这样的：
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根据帕尔波拉的研究，字符序列从未在其他铭文中出现在最左端的位置，而在最左端的位置出现了76次。这就说明，因为左边空间不够了，刻写员不得不把最后一个字符写到第二行，也就是说这枚印痕应当从右向左读。（采取相反的方向，即从左向右读，就会留下这对字符为结尾，而这个组合在其他地方只出现了一次，还是在一个铭文的中段。）
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更为有力的证据是下面这枚出土于哈拉帕的印痕：
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很明显，[要阅读这枚印痕]读者需从印痕的右上角出发，顺时针旋转90°两次，而且第三条边的一部分和第四条边是空白的。
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能确定阅读方向的另一个决定性证据来自一枚简单的印文：
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20世纪70年代，马哈德万对印度河铭文语料库进行了详细分析，发现是印度河文字中最常用的字符对：在291处实例中，这个字符对有245次出现在一行的最右端。之前已经说过，是出现频次最高的印度河字符，在它出现的1395次中，有931次在一行的最左端。当然，在某些印章中，这两者肯定有不遵循上述规律的情况，但相对少见。从统计学上讲，字符对和单字符同时出现在一个印章上（比如上面那枚印文），同时不遵循规律的情况不太可能出现（也就是说，没有出现在一行的最右端且没有出现在一行的最左端），所以我们可以得出结论，印度河文字一般是从右向左读写的。但是，也有一些字符串是从左向右读的（根据马哈德万的统计，能够占总语料库的6.6%）；而且不可否认的是，还有九个特例采用了牛耕式转行书写法（boustrophedon，希腊语“像牛耕地一样”），就是奇偶行交替变换书写方向。
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在破解古文字时，最基础的工具包括清晰准确的照片语料库和线描图（以防照片不足以看清细节）、一份可靠的符号清单和一份编纂有每个符号在语料库中出现情况的用语索引。对印度河文字来说，这些工具就是马哈德万和帕尔波拉的成果，他们从20世纪70年代起进行相关研究。不过他们各自进行研究，彼此间也可称得上惺惺相惜。帕尔波拉的三大本照片集收录了印度、巴基斯坦和世界其他地方出土的印度河文字的图像，为这一文字的研究带来了彻底的改变。他1994年发表的符号清单中列出了386个字符和12个未编号的字符（而马哈德万整理出了419个），学界普遍认为这个清单是相当优秀的成果，特别是马哈德万，他认为没有任何一份符号清单比得上帕尔波拉的这份，连自己的也不行。在为异体字和尚未发现的符号留出空余后，马哈德万估计，“依照现有资料，印度河字符总数最可能有400—450个”。[15]
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这一数值非常重要。对于音节文字系统[16]（或者像拉奥认为的字母表）而言，这个数值太大了；而对于像中文那样有数千个语标的文字来说，这个数值又太小。与之最接近的要属有超过600个符号的苏美尔楔形文字和有大约800个符号的玛雅图像字符（尽管其中有许多几乎没怎么被用到过）。大部分学者由此推测，印度河文字可能是一种音意兼表的文字，就像与其同时代的西亚语言一样，但鉴别语音音节的工作进展甚微。
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帕尔波拉同他的合作者也将这些符号标准化，并经计算机分析后编纂了用语索引，但他的这项工作并没有受到那么多关注。计算机分析原则上是个好方法，但如果符号列表存疑，就有可能得出误导性的结果。很明显，我们不能依赖电脑去分辨哪些符号是异体字（变体）、哪些符号是连字（两个或两个以上字符的组合体）。拉奥是一个极端，他无情地摒弃了异体字和连字，将符号列表简化到了只有62个符号；而韦尔斯是另一个极端，他认为一共有差不多600个符号，帕尔波拉视之为开倒车。没有人（拉奥除外）愿意看到[大量削减字符数量]给潜在信息带来的巨大减损，但字符数的上限究竟应该是多少，却没有那么明确的回答；换句话说就是，有多少可能的异体字和连字需要被识别为独立的字符，才能消除歧义。要编制一份印度河字符的列表，除了字符的外观之外几乎没有什么其他依据，而马哈德万也承认，“任何这样的方法都注定是主观而模棱两可的”。[17]
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