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清康熙时，妈祖更上层楼，成为“天后”。清朝靠骑射得天下，原本没有注意航海神祇妈祖，首次注意到妈祖的威力，是在1680年（康熙十八年）元月，清朝将领万正色率领的两艘大船被明郑水师副总督朱天贵击沉。隔月，万正色和明郑水师总督林升在崇武（位于福建惠安县）对决时，突然海风大起，林升下令全军退到金门料罗湾。
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在厦门的郑经见状，以为林升大败，赶紧将陆军主帅刘国轩和他的军队从观音山（位于厦门东岸）调回防守，造成陆军军心动摇；清军趁机发动攻势，厦门人心惶惶，百姓携家带眷逃离，郑经只好撤离厦门，退到澎湖。
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万正色将这次胜仗归功于那场突发的海风，认为是妈祖显灵庇佑，上奏后，康熙皇帝派官员到福建册封妈祖为“护国庇民妙灵昭应弘仁普济天上圣母”，这是清政府第一次对妈祖表达尊崇。
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万正色发现当时台湾和澎湖军民有不少人信奉妈祖，开始以“克复厦门，神灵协助”为号，对明郑水师展开心理攻势。与妈祖同乡的朱天贵撤退台湾时，率领水师2万人、战船300余艘投降清朝；郑军损失了三分之一水师军力，算是清朝运用妈祖信仰的成功策略。
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三年后，清政府起用施琅为水师提督，负责攻打台湾。施琅家族原信奉玄天上帝，但他奉命征讨台湾，却充分运用妈祖信仰的力量，将之与其战功画上等号。
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当时攻台主帅吴英是莆田人，莆田人在军中势力很大。施琅先以莆田平海作为海军基地，取“讨平海逆”之意，并运用妈祖家乡的民力民气；接着亲自率领各阵营将领到福建湄州天妃宫向妈祖致谢，捐钱重建妈祖的梳妆楼朝天阁，以获取信仰妈祖的福建、广东沿海居民认同。
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施琅在澎湖海战中，大败明郑大将刘国轩，郑克塽投降，施琅来年班师回福建，上奏请求敕封妈祖，提到妈祖神迹。例如：
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部队驻扎平海，妈祖庙前有一口井，水味咸苦；经祭拜祷告，井口涌出水来，味道转甘。
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攻下澎湖后，万余兵力驻扎妈宫城，但妈宫城水泉很少，无水饮用，瘴疫又流行，只好祈求妈祖保佑，第二天，井中涌现大量甘泉，汲取不竭，军心才稳定下来，因这一口大井可供应万军饮用，被称为“万军井”（图10.6）。
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图10.6 万军井今貌
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万军井又称为“师泉井”，位于马公市中央里，天后宫东边巷子里面。
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在澎湖攻敌时，部将们都看到妈祖仿佛在上方，又像在左右。平海的人也说看到妈祖神像的衣袍湿透，深信是妈祖显灵助战（图10.7），而妈祖更早有预言：“21日必得澎湖，7月可得台湾。”4
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图10.7 妈祖助战图
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（台湾“中央研究院”台湾史研究所翁佳音教授提供）
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康熙皇帝在湄洲岛建天妃庙，妈祖再被升级，封为“护国庇民妙灵昭应仁慈天后”，是清政府第二次对妈祖表达尊崇。施琅顺着旨意，率领征台将领捐出薪俸，将宁靖王府改为大天妃宫5，大天妃宫改建完成后，康熙皇帝赐“辉煌海”匾额（图10.8）。
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图10.8 辉煌海与神昭海表匾
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（上）1684年，施琅率征台将领捐出薪俸，将宁靖王府改为大天妃宫。康熙皇帝御赐“辉煌海”匾额。（下）1726年，雍正皇帝亲自书写“神昭海表”匾式，在湄州、台湾、厦门三地天后宫重制悬挂。
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施琅在庙中所立的“平台纪功碑”（图10.9）则完全没有提到妈祖的功劳，可见他捐俸建庙不是为了彰显妈祖，而是因霸占宁靖王府“一元子园”作为宅第，怕被朝廷调查，于是将宁靖王府中奉祀大明正朔的一殿改奉祀妈祖；并将右侧宁靖王办事厅改奉观音，作为旁殿；左侧宗人府（掌管皇族事务的官署）改为民居，并对外宣称宁靖王府已改建为大天妃宫。虽然如此，清朝统治台湾后，大天妃宫还是第一座官建妈祖庙，规模居各妈祖庙之首，自然成为台湾妈祖信仰的中心。
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图10.9 台南大天后宫的平台纪功碑
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