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碑文中完全没有提到妈祖的功劳，可见施琅捐俸建庙不是为了彰显妈祖。
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台湾的妈祖信仰在施琅过世后停滞了一段时间；24年后，翰林海宝、徐葆光奉命出使琉球回来，以妈祖默默助佑有功，将妈祖列入朝廷的春秋祀典。1720年，大天妃宫改名为大天后宫，成为台湾奉祀妈祖的首庙，此后妈祖逐渐取代玄天上帝，成为台湾人信仰的主流。
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来年，台湾发生第一起抗清民变——朱一贵事件6，率兵来台平乱的福建水师提督是施琅第六个儿子施世骠，他年少时曾随父亲攻打澎湖，非常了解如何运用妈祖信仰作为心战武器，于是也造出妈祖显灵保佑清军的事迹，例如：大军所到之处，干枯的井水涌出甘泉，台湾七鲲沿海中有淡水可喝等，内容和施琅所奏差不多，可见是旧技重施。
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朱一贵事件平定同年，施世骠病逝于台湾，次年康熙皇帝逝世。5年后，施世骠的副手、继任福建水师提督的蓝廷珍，上奏妈祖庇佑攻台清军的神迹。奏折送到北京后，雍正皇帝亲自书写“神昭海表”匾式（图10.8），在湄州、台湾、厦门三地天后宫重制悬挂。
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因朱一贵事件，清朝廷在台湾增设彰化县7，施琅侄儿兵马司副指挥施世榜买下彰化先住民土地，并修筑八堡圳，取浊水溪水灌溉鹿港及彰化地区的农田；又从家乡晋江招徕大量移民开垦，迅速将鹿港变成施家控制的港口。
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之后台湾人民爆发抗清事件时，鹿港居民都站在支持清政府的立场；而妈祖庙更是支持清朝统治的象征，于是施家在鹿港海口捐献土地，兴建今鹿港中山路的天后宫（旧祖宫）（图10.10），作为居民信仰中心。
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图10.10 鹿港旧祖宫（大天后宫）
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妈祖庙是支持清朝廷统治的象征，施家捐献土地兴建鹿港天后宫，作为居民信仰中心。
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1786年，台湾发生最大规模的民变——林爽文事件8，清政府派陕甘总督福康安率军来台协助镇乱，从施家所控制的鹿港登岸，历时两年平定变乱。有人指出“只攻下彰化县城，却没拿下鹿港”是林爽文失败的关键因素。
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事件平定后，福康安在彰化县鹿港镇埔头街建“新祖宫”（图10.11），并扩建台南市西区长乐街“海安宫”为官建妈祖庙，亲自撰写两座妈祖庙建造碑文，强调因妈祖相助，十万清军才能在一天内顺着海潮抵达台湾，而且清军一到，反乱势力立刻瓦解了。据《平台纪事本末》记载，大批清军抵达时，鹿港居民都到海口迎接，并设香案祭拜，简直像迎接妈祖大军。处处都是告诫大众：妈祖再三帮助清政府平定台湾乱事，台湾人民也应顺从清朝的统治。
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图10.11 鹿港新祖宫
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福康安平定林爽文事件后，在彰化县鹿港镇埔头街建新祖宫。
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妈祖信仰从此获得清政府鼎力扶持，如日中天快速发展；加上清政府在台湾设立番屯制度9，台湾西岸平原及丘陵地渐渐不再被先住民侵扰，福建和广东移民大量涌入，各地纷纷建立妈祖庙，建了妈祖庙的地方，即代表着清朝政权掌控所在。
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林爽文事件后76年，彰化地区又发生为期三年的戴潮春之乱，大甲城岌岌可危，传说镇澜宫10的乩童被妈祖附身指示：“今夜大难。”并当众对着上空画了一符咒，声称已压住灾难。果然，夜里四更，贼徒从南门进入并引燃火药爆炸，天空忽然降下大雨浇熄火势，妈祖显灵化解大灾难，使得大甲民众士气振奋，更心向清政府了。
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北港朝天宫11也传说戴潮春事件当时，居民迎神轿到庙庭，神轿的担子突然飞起来，直立在神桌上，写出“今夜子时速以黑布制旗二面，各长七尺二寸，阔三尺六寸，上书‘金精、水精大将军’字样，立吾庙前”。居民立刻照着指示制作旗子，戴潮春徒众打到北港附近时，民众请示妈祖得到指示：“避，不吉。战，吉。”民众杀贼时，队伍前端拿着那两面黑旗，贼兵看到黑旗下仿佛有众多人马，而且异常魁梧，以为是神兵，因而害怕退却；之后开战，北港军队一定拿出黑旗，每次都能打败乱贼。
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简言之，清政府先是以妈祖替代明郑奉祀的玄天上帝来笼络民心，后来多次借妈祖显灵帮助清军的神迹应付民变，强化清朝统治是顺应天意，以巩固政权。
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除了政治因素之外，台湾的妈祖信仰更因商业活动而兴盛，各地妈祖庙附近自然而然发展出市集。清代台湾商业主导者是经营台湾与大陆两岸贸易的“郊行”12，郊行为祈求往来台湾海峡的船只在风涛险恶中人货安全，奉海神妈祖为“行神”。随着郊行遍及台湾南北重要港市，妈祖信仰也日趋鼎盛。
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各郊行除了是总批发商、进出口货商、同业联合公会，更有神明会的功能，非常注重祭祀13。每年农历三月二十三日妈祖生日，各地郊行会举行大祭（图10.12），由郊行领袖担任主祭者，祭祀后举行会议，商定公共事宜，如议定货价、处罚犯规者等，最后献戏娱乐神明，并借此联络感情，鼓励同业团结，禁止恶性竞争。商人之间有了纷争，都在妈祖神像前立誓获得解决，官府干脆在庙前设立公斗、公秤，让各方做生意称斤论两时有所依据。
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图10.12 鹿港泉郊祭祀的妈祖与众神明
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（鹿港泉郊基金会提供）
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经过清政府计划性宣扬与祭祀、加封号、赐匾额、建庙宇，台湾人更虔诚笃信妈祖，福建与广东移民在共同信仰下，逐渐融为一家人；加上商业活动的推波助澜，妈祖信仰更蓬勃发展。