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不久，又有人状告张荫棠强令喇嘛改装，清中央政府于是颁旨命张荫棠办理藏事不可操之过急。张荫棠回电：“臣自抵藏，屡与喇嘛演说佛理，即借宗教以联络藏众，因所明以通所蔽。曾发西藏善后问题二十四条，交商上三大寺会议。并无令喇嘛尽数还俗、改换洋装之事。”[132]中央政府听信了谣言，向他提出责问。自此，张荫棠也感觉到了前进的阻力，新政不会进行得那么顺利。本想处理完开埠事宜后即回京复命。但他考虑到边疆稳定之大局，认为此时乃藏政改革的良好时机，不应错失，也不能敷衍塞责，违背当初入藏的本意。于是他拟定了治藏刍议供朝廷审议。他计划此事如成，将继续坚持办理下去；如不成，则在开埠事定之后即刻回京，由朝廷另派人筹办。
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1907年2月25日（光绪三十三年一月十三日），张荫棠向清政府的外务部呈上他所拟定的治藏刍议，共计24条，几乎涵盖了政治、经济、文化、军事、边防等方方面面。政治上主要是对吏治的整顿，裁撤不称职的官员，重新选取任命合格人员，包括对十三世达赖喇嘛和九世班禅大师的优待政策。军事上，张荫棠力主调北洋新军驻藏，同时在当地招募土勇进行训练，三年后北洋军撤回，换土勇所成立的军队。并扩建西藏原有的造枪厂。经济上，张荫棠在工、农、商三个方面都有举措。他主张开采富有矿藏，征收盐税，征收羊毛、牛尾进出口税，种植茶叶，等等。文化上，他建议教百姓学习汉语言文字，并同时学习英文，主张开办藏汉文白话旬报，以启发民智。张荫棠还在架设巴塘至拉萨的电线，修通拉萨至江孜、噶大克和亚东的路，设银行铸币等基础设施方面提出了建议。另外，他还请旨革除沉重的差徭与残酷的刑罚、将原有的台站改设为巡警、与廓尔喀和不丹结成联盟、在印京设立情报站等。由此可见，张荫棠对藏事的重视和认真的态度，正如他自己所说，“本大臣奉命来藏查办事件，首以启发民智、日进富强为唯一之目的”。[133]
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3月（夏历二月），张荫棠将上次所奏治藏刍议稍加修改成善后问题二十四条，并晓谕藏族民众。此二十四条在治藏刍议的基础上，加上了期望达赖喇嘛系统和班禅喇嘛系统能尽释前嫌、齐心合力，为西藏百姓谋福事宜；还有提倡妇女讲究贞洁、一夫一妻、男女平等、培养良好的卫生习惯，以及修建济善堂，救助老弱病残人士等，可见张荫棠悉心的观察和缜密的思考。对张荫棠提出的善后问题二十四条，西藏商上均逐一给予解释与答复。与张荫棠相比，他们更谙藏中情形，对于他们认为可行的条款，均同意照办；对于他们认为不太现实的条款，则给予说明，并建议再视具体情形慢慢解决。从西藏地方的答复中可以看出，他们对此次新政改革也是支持的，并抱有很高的期望。随后，张荫棠又在二十四条的基础上，建议设立九个局，即交涉局、督练局、盐茶局、财政局、工商局、路况局、学务局、农务局和巡警局，由其分别管理西藏地方各方面事务。此外，他还就各局具体的职责范围和经费作了明确的说明。5月22日，张荫棠再次敦促西藏地方政府速速开设九局，“颁发章程，分派职事，以冀共相讲求，力图振作，俾尔西藏蒸蒸日上，尉成富强”。[134]
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另外，西藏地方与尼泊尔、不丹、锡金长期以来就保持着较为正常的关系。张荫棠认为处在英帝国主义侵略面前，进一步加强这种关系，有利于抵制英国的侵略。他指出，“布鲁克巴（不丹）、廓尔喀（尼泊尔）为藏门户”，近年来，尼泊尔依照西法，“练兵制械，国势颇强，拒英甚力，英颇忌之”。“宜派专使……谕之唇齿之义，密结廓藏攻守同盟之约”。为此，他提出让交涉局具体负责对外交涉和与各国友好往来工作，但规定交涉局要秉承清政府外务部的旨意办理外交，“勿与外国擅自商议”。
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为促进广大僧俗群众认识到在当今世界潮流中，不改革不发愤图强就无法立足于世界的紧迫感，他带病亲临大公所会议，宣讲《天演论》，“痛陈天演物竞生存淘汰之理”。他认为“物竞天择”“优胜劣败”“适者生存”是人类所不可抗拒的规律。一个国家、一个民族要想适应“物竞天择”的规律，不至于在“优胜劣败”的生存斗争中灭亡，只有改弦更张、发愤图强，才能自求生存，不然就会被“优胜劣汰”的公理所淘汰。这一思想虽然在理论上是宣传庸俗进化论的错误观点，但对于处在严重民族危机，遭受外国侵略的西藏人民来讲，起到了唤起民族觉醒的巨大作用。同时，张荫棠还以印度、哲孟雄（锡金）亡国灭种的历史事件，论证只有改革变法才能求生存的道理。使“万众惊愕叩头流涕曰：‘某等生平未尝闻此议论。从前驻藏大臣三年一任，满即去，计未尝计及此者。及今不改图，我唐古特为人奴隶牛马矣！从此我藏人决不存歧视汉人之心，同心协力，以御外侮，唯大人所以教之’”。[135]
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张荫棠在西藏地方期间，还亲自撰写了《训俗浅言》和《藏俗改良》两本小册子，译成藏文，散发给民众。他在《训俗浅言》中提出父子有亲、君臣有义、夫妇有别、长幼有序、朋友有信、博学、审问、慎思、明办、笃行、智、仁、勇、孝、悌、忠、信、礼、义、廉、耻等中国古学内容，也强调了合群、公益、尚武、实业等中国新学之内容，并逐一进行了阐释。其古学部分系儒家经典，亦是在中国社会沉淀了上千年的伦理道德观。并非说所有这些经典都是正确的，因为形成于并非成熟完善的社会环境下，其中自然不乏陈旧的、落后的、迂腐的观念。但是有一部分内容却是一直沿用至今，为人所推崇，表明其自身是具有与时俱进的成分的。
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张荫棠认为西藏民众皆属大清国百姓，希望以此进行约束也在情理之中。并且，他没有局限于传统之中，还提倡了合群、实业等颇具时代意义和维新思想的新学，与当时整个中国掀起的新政思想是一致的。从内容可以看出，张荫棠的《训俗浅言》是“在西藏地方提倡维新之伦理道德”。在西藏地方当时的社会背景下，张荫棠此举确实期望过高，但他的思路并没有错，即使是现在看来，仍然是具有进步意义的。
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如果说《训俗浅言》离藏民日常生活相去甚远，那么《藏俗改良》则是实实在在的、与藏民生活息息相关的东西。包括婚姻习俗、卫生习惯、服饰礼节、丧葬礼仪、营生观念和鬼神迷信等内容。张荫棠提倡一夫一妻制、鼓励藏民外出经商、主张喇嘛从事社会生产、宣传科学观念、倡导儿童自幼学习知识并习武等，旨在开启民智、振兴经济、强大军事力量、促进社会生产力的发展，以日进富强，保家卫国。
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当时，一些社会舆论认为应当通过多途径对少数民族进行同化。如康有为建议“蒙、回、卫藏，咸令设校，教以经书文字语言风俗，悉合同于中土，免有歧趋”[136]，通过学校教育实现“合同而化，永泯猜嫌”[137]。梁启超借鉴伯伦知理“谋合国内多数之民族使之化成为一民族”的主张，提出“合汉，合满，合蒙，合回，合苗，合藏，组成一大民族”[138]，尽管梁并未具体说明“合”“化”的思想，但是，张荫棠在新政措施中融入了宗教改革、学校教育、民俗改良等文化革新的内容，其目的就在于实现“合同而化”，最终形成全体国民的文化同质化。以此看来，张荫棠所拟定的这两本小册子，是与清末中国新政的总目标相符合的。
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虽然在当时的历史时代背景下，他在新政影响下提出的一些东西是很难为西藏地区僧俗官民所接受，《训俗浅言》与《藏俗改良》也未能成功推广，但这并不能完全归咎于张荫棠所拟的内容，而是整个边疆地区新政未能触及封建农奴制度本身而遭遇失败导致的。就其小册子本身的内容看来，是具有重要时代意义的。
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张荫棠自1906年进藏，到次年7月被调离，在藏不足两年时间，奉旨严格地查办藏事，改革旧制，并妥善处理了在亚东、噶大克、江孜的开通商埠事宜，在与英人谈判的过程中，争取回了诸多权利。当班禅额尔德尼被诱至印度后，张荫棠也是想尽办法，坚持让九世班禅回到了拉萨。他真心关心藏事，煞费苦心，拟定了治藏二十四条，准备对西藏社会各方面进行改革。他还身体力行，慷慨演讲，感人至深，为了说明在西藏改革的必要性，他以廓尔喀为例，说其地“虽小而兵甚强”，原因是“近来采用了西法”，而“西藏与廓尔喀接壤，风俗政治相似”，可“速派噶伦布、戴琒亲往详查，参访其兵制，以练新军，改良一切政治”。[139]然而，1907年7月，鉴于张荫棠在外交方面的经验和才能，清廷派其为全权大臣前往印度与英印政府就通商章程进行谈判。临行前，他仍不忘变法革新对于西藏的重要性，对在藏僧俗官员说“今日之西藏，教宜保旧，而政必维新”。[140]“凡任事僧俗各员，断不可执成见，仍沿陋习，不思改革”。[141]让人遗憾的是，清廷的这一安排让张荫棠在西藏地方的新政措施遭遇搁浅，他在西藏新政上高昂的热情、激扬的壮志以及曾经付出的努力也随即变成了一张张废纸。张荫棠被调离后，仍然不忘藏事，多次上书督促推行新政。他的西藏之行，也为西藏留下了深刻的印象，以他命名的“张大人花”至今在西藏盛开。
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应该说，尽管张荫棠的藏政思想与措施由于多方面原因并没有在藏实施，然而，他的治藏思想还是为西藏社会带来一些启示。而他通过身体力行，在藏所树威望，也间接使西藏地方与清廷的关系有所改善。此外，他改革思想的完备性与细致性也为联豫此后在藏推行新政奠定了基础。
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张荫棠结束在印度的谈判后便回京复命，驻藏办事大臣兼帮办大臣联豫开始接手西藏的新政事宜。
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二 联豫在西藏的近代化改革[142]
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联豫在张荫棠所指定的新政方案基础上，做出调整。如果说张荫棠的新政更关注对于藏族社会思想的革新的话，联豫在继承张改革思想的基础上，着重关注了政治和经济、军事、教育等各个方面。
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（一）政治方面
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经历了“凤全事件”之后，联豫被清政府封予副都统衔，任驻藏帮办大臣。1906年10月，接替有泰驻藏办事大臣一职，并兼任帮办大臣。1907年，在张荫棠离藏后开始其筹藏施政过程。
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改革一开始，联豫就考虑到察木多“距川距藏，均有30余站之遥，……即使藏外有事，依然鞭长莫及”。提请清朝政府“熟审川藏情形，驻藏帮办大臣宜规复旧制，仍驻前藏”。[143]1909年（宣统元年），会同帮办大臣温宗尧奏禀清廷添设参赞一人，驻扎后藏，管理亚东、江孜、嘎达克事务。1910年（宣统二年），联豫奏禀“政见一有参差，治理亦多窒碍，……不贤者各逞意见，遇事掣肘，内启番族之轻藐，外贻友邦之讪笑”。[144]请求清政府裁撤驻藏帮办大臣，改设左、右参赞，分驻前后藏。清朝政府准其奏，自此，长达180余年的驻藏帮办大臣制[145]被裁撤。如此一来，驻藏大臣的权力被大大加强了。
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此外，他也为“渐收地方管辖之权，办理中外交涉之事”，于1906年奏请“裁粮员，改设理事官”，专理民词之事。1911年又奏请在各处设驻地委员，负责管理刑名词讼、清查赋税、兴办学堂、振兴学务工艺、招练商贾、调查矿产、盐场等事宜。[146]以此方法来加强对西藏地方基层的治理。
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1911年，面对驻藏大臣衙门“事务日繁，往来文件，较前增至数倍，几与边小省治无异”的局面，奏准参仿中央各部及各省督抚衙门章程，设立幕职，分科办事，以专责成。通过调整精简机构，提高了衙门办事的效率。
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如此一来，联豫在藏建立起了一个强有力的清朝驻藏大臣办事系统，便于对西藏实行有效管理，以达到“清除内奸，挽回主权”的筹藏目的。
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（二）联豫改革的其他方面
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除了上述改革之外，联豫还对西藏新政事宜有详细的计划。
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1.办报兴学。联豫认为，“藏中人士锢蔽已深，欲事开通，难求速效。因思渐开民智，莫善于白话报，与其开导以唇舌，实难家谕而户晓，不如启发以俗话，自可默化于无形。……以期用笔代舌，开化迷信。将来文明渐进，购阅自多，庶咸知外国情形，举行一切新政，似尚不无裨益”。[147]联豫还“参访四川旬报及各省官报办理，以爱国尚武开通民智为宗旨，通篇全译唐古忒文字，取其便于番民览阅”。[148]联豫认为“今拟逐事振兴，非先通文字，明其义理，去其扞格不可”。[149]该学堂分初级小学堂和高等小学堂，分别以三年为一期，从川省请来老师，主要教授文字和管理诸法。为了解决语言障碍，联豫设立了藏文传习所和汉文传习所，每期选十名汉族人学习藏语文，选二十名藏族人学习汉语文，以解决沟通困难问题。
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