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国务院的通电说：“夫国会之职权，乃由约法上之参议院递嬗而来，有参议院行使立法权，既无异于国会之存在，是与约法精神共和本旨，皆不相违。”因为国会的合法性是从参议院来的，所以现在从国会退回参议院也是合法的。这个逻辑，听起来十分牵强。
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第一届国会毕竟是存在过的，开过会、立过法，不可能一笔抹杀。现在既然不恢复第一届国会，那就是成立第二届国会了，如果退回到临时参议院重新起步，那么将来成立的，究竟是第一届国会，还是第二届国会？无论在法理上还是在事实上，都是行不通的。冯国璋在通电中，提出了折中的办法：
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当世明哲，无不以选举国会议员为第一要义，国璋深表同情，而赞成先设约法上参议院者，已居全国之大多数，若迁延不决，丛咎滋多，爰折中于二者之间，一面令内务部筹备国会选举，一面按照约法，由各省选派参议院议员。但参议院仅以修正国会组织法为限度，而其他职权，乃待诸正式国会执行。如此办法，在参议院成立期间，既不妨碍国会选举之时日，亦不侵越正式国会之职权。
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质言之，这个临时参议院，仅有修法权，没有立法权，避免了与国会职权的冲突。段祺瑞为首的皖系与冯国璋为首的直系，在许多政策问题上，已暴露出严重分歧。
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11月10日，临时参议院在北京成立。冯国璋、段祺瑞和全体阁员都出席了开幕礼。段祺瑞的贺词，引经据典，大谈力学原理，与古板的军人形象，相映成趣。他说：“琴瑟不调，则改弦更张。易曰：无平不陂，无往不复。西儒谓力行之理：两力平均，等轻等重，则成定体；两力维系，相吸相绕，则成回环往复之体。世界万事万物，不能外此公例。诸君子更定良法，使三权剂于平。”
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参议院制定修法时间表，在1918年2月之前，必须完成对《国会组织法》、《参议院议员选举法》和《众议院议员选举法》的修订。各参议员投票互选王揖唐为议长，那彦图为副议长。王揖唐，安徽合肥人，清末举人，民国后历任军咨府军咨使、统一党理事长、共和党干事、进步党理事以及总统府秘书、参议、顾问，是第一届国会的参议院议员。此人工于心计，城府甚深，在政治圈中，有“渔行老板”的绰号。
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王揖唐是段祺瑞的同乡，在中国政坛上，以同乡关系结成同盟，是一种悠久的传统。早在冯国璋入京前，由徐树铮出钱，王揖唐出面，在北京的安福胡同组织俱乐部，专门联络京中的政客、议员，形成了一个“安福系”政客团体，与段祺瑞的皖系，桴鼓相应，互为犄角。1918年至1919年是安福系的全盛时期，对外行文，自称“本部”，口气之大，有如政府的行政机构。
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段祺瑞早就决心以武力平定南方，傅良佐到湖南时，口出狂言，要在五个月内，荡平三湘。但冯国璋却停战心切，根据约法规定，他的总统任期只有一年，次年9月就是总统大选之期，他希望在此之前，和平解决南北问题，为自己蝉联总统铺路。
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在直系军人的暗中策划下，11月14日，在湖南作战的第八师和第二十师同时宣告休战，不等陆军部命令便自动退兵。傅良佐在变生肘腋的情况下仓皇逃离长沙，奔走岳州。长沙被南军占领。
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段祺瑞对南方既不能伸其挞伐，唯有引咎辞职。冯国璋一面假意挽留，一面又授意直督曹锟、鄂督王占元、苏督李纯、赣督陈光远，联衔通电，呼吁撤军停战。直系与皖系之间的倾轧，乃全面铺开。段祺瑞被迫再次请辞，梁启超、汤化龙、林长民等人，亦连带请辞，这回冯国璋一概照准，内阁宣告垮台。
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然而，令人始料不及的是，这竟然成了研究系盛极而衰的一个转捩点。曾隶进步党及研究系的福建籍议员刘以芬感叹：“在梁、汤当时入阁，本系徇党员多数之意，冒险一试，岂知一行登台，转使内部发生觖望，予徐（树铮）等以可乘之机，事前方以临时参议院可以全权在握，某也议长，某也秘书长，均已内定有人，结果乃大出意外，经此一番变动，而党势遂大受影响矣。”
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1918年2月，政府陆续公布经过修正的《国会组织法》和两院《议员选举法》。最重要的修改有：参议员不再代表地方，以免有联邦之嫌，而分为“学术代表”、“事益代表”、“勋绩代表”、“华侨代表”及“高等行政司法官选举会选出之议员”等；两院议员任期一律为三年；减少议员名额；提高议员选举权资格；增加官吏不得兼任议员规定；制宪机关的性质与权限，不列入国会组织法中等。
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选举前夕，为了维护国家的稳定和团结，实现政治和解，为国会选举和总统大选营造良好气氛，政府宣布特赦帝制祸首梁士诒、朱启钤等人。梁士诒，字翼夫，广东三水人。由于他掌握着京汉、沪宁等重要铁路干线和交通银行，被目为交通系的首领。当年袁世凯帝制自为，他是总统府秘书长、臭名昭著的“十三太保”之一，帝制失败后，被政府通缉，一直蛰居香港，不问政治。朱启钤，字桂辛，贵州开州（今开阳）人。曾在内阁担任交通总长、内务总长，191年任袁世凯登极大典筹备处办事员长。1916年袁世凯死后，以帝制祸首遭通缉。这两个人，在后来的政治舞台上，都扮演了重要角色。
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3月6日，公布两院议员第二届选举日期令，规定1918年6月10日为众议院议员选举日，6月20日为参议员选举日。3月23日，段祺瑞在东北奉系张作霖的支持下，再度出山组阁。但他上任后头一件事，就是派遣大军南下，重启南北战争，令国内的政治空气，一下子又降到冰点。直隶督军曹锟担任攻湘军总司令，以第三师吴佩孚为先锋，越过襄樊，经荆州入湘。
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吴佩孚，字子玉，山东蓬莱人，秀才出身，直系第一骁将。大军所向披靡，连陷临湘、岳州、长沙，段祺瑞的南征计划，功在垂成，京中的皖系大员们，额手相庆，以为可以甩水袖，亮靴底，唱一句“扫净狼烟归汉统，人曰男儿大英雄”了。讵料吴佩孚攻克衡山以后，突然勒马不前，第三师全体军官一齐向中央请假。这一戏剧性的局面，表面理由冠冕堂皇，为南北和平，避免生民涂炭云云，实际上，直、皖两派的政治分歧，已趋于白炽。
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对北方选举国会，粤、桂、滇、贵、川同声反对，湘、鄂两省也因战争没有选举。真正举行了选举的只有14个省区，蒙、藏、青海议员，则由北京指定。修改后的《参议员选举法》，最大变化是参议员改为民选。由于是第一次实行，各地选举难免有些混乱。以江苏为例，南京选民调查合格者，城内1400余名，四乡1300余名，共计2700有奇，而其中不合资格及重复者颇占多数。
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最普遍的现象是代人投票与重复投票。据时人记述，“唯四乡投票向比城中齐整，无识农民莫不服从总董与董事命令，嘱其投某某及某某，从无一敢违拗者。”这也是乡间较城中更具自治传统所致。“现因参议院破天荒改归民选，垂涎参议员者人数愈众，各乡总董、董事在乡间开会讨论，依票数之多寡支配当选者若干名”，于是，乡间组织人入城投票，投完又投。而城中士绅亦组织专门代人投票的队伍，甚至包下了定海、洞春、长松、东号、第一春、问柳等菜馆，是日不卖外客，专为代人投票者提供餐饮。
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1918年3月，段祺瑞内阁成员合影。右起：曹汝霖（交通总长兼财政总长）、刘冠雄（海军总长）、陆征祥（外交总长）、段祺瑞（国务总理）、钱能训（内务总长）、段芝贵（陆军总长）、朱深（司法总长）、傅增湘（教育总长）。
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由于投票安排不当，人们不熟悉投票程序，造成投票站人群拥挤，秩序混乱，政府频频接到有人抢选票、砸票柜的报告。在江北阜宁县竟发生票柜管理员被逼死的事件，据称该县众议院议员初选人名册，浮滥严重，多达11.3426万人，十之四五都是伪造的人名。投票时则一人填几十票、上百票不等，能够记得住这么多人名，也绝非易事。票柜管理员顾培芝不肯同流合污配合违法，竟受到众人围攻，威逼利诱、侮辱恐吓，无所不用其极，最后这位管理员不堪忍受，投缳自尽。
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从另一面来看，选举成了城市一场纵情欢乐的“嘉年华”。当时报纸报道，各省市面极为热闹，尤其茶楼、酒馆、妓院等场所，利市数倍。保定因为举行复选，市面流动现款骤增，食肆人满为患，妓院也从原来的三家，增添到了六家，各自争妍献媚，斗胜夸奇。各印刷局争夺印制选票的大宗生意，各出奇谋，不惜工本，有人压价，有人抬价，把市场搅得热气腾腾。有记者感叹：谁说选举无益于小民？这不就是益处吗？
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7月12日，政府颁令：“兹定于民国七年八月一日以前，所有当选之参议院议员、众议院议员，一律齐集京师，定期开会，用副国家尊重立法之至意。”8月12日上午，象坊桥前车马喧阗，参议员106人，众议员258人到院。冯国璋、段祺瑞和全体阁员出席了国会开幕礼，10时奏乐开会，由筹备国会事务局局长报告召集国会的由来，然后总统、总理致辞，新国会宣告成立。
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8月21日，众议院选举议长，王揖唐与刘恩格分别以262票和176票当选正副议长。次日，参议院选举议长，梁士诒与朱启钤分别以119票和114票当选正副议长。
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议员中有330多人是安福俱乐部的，占绝大多数，其次为以梁士诒为首的交通系，而研究系在选举中大败，故坊间俗称新国会为“安福国会”。时人评论，新国会由三类人组成：官僚（交通系居多）、政客（安福系、研究系居多）、市侩（安福系居多）。前两类容易理解，“市侩”一类，则是那些“出身市井，略敛金钱，或曾市末秩，稍闻官气”者。
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