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李鸿章虽能认识到“自泰西各国竞起争雄，陆兵以德为最精，水师以英为最盛”，但一说到精和盛的实质，就又绕回到“船坚炮利”、“治战舰、枪炮”。[46]他也知道：“西洋英、法水师，雄视欧洲。盖萃数十万人之心力，费数亿万之金钱，穷年累世而后得之，非一蹴可几也。惟德国海岸仅四千余里，同治九年胜法后，始创设海部，扩充海军，今已扬威域外。日本讲求水师二十余年，虽船只无多，西人咸称其规模确具，操练有法。”但一说到何以如此，就又退回到了“该两国皆以分年筹款，逐渐添船为经始根本，此西国一定办法”的皮相之谈上，[47]从而只能看到舰船与财政，而看不到海军与学说。
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另一位中兴名臣左宗棠，临终前夕念念不忘的同样不外乎武器问题：
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窃惟海防以船炮为先，船炮以自制为便，此一定不易之理也。……臣查西洋各国二十年前尚无铁舰，所有兵船与中国船政局现制相埒，即炮位药弹亦多前膛笨重之物。论其昔年兵力物力，本非能与我为难，孰料该夷逐渐讲求，日新月异，兵船铁甲厚至一尺有余，更以一、二尺厚之阴丁鲁泊如橡皮胶者贴衬其里，以故刚柔摩荡、坚韧异常。其后膛巨炮，全重能力，突过从前，上海制造局所译克虏伯炮准心法及兵船海岸炮位炮架图说，言之甚详。申报所载英国新造巨炮可受弹药一千余磅之重，能洞穿五尺余厚之铁甲，闻者莫不咋舌。而自泰西各国视之，亦寻常工作耳。该夷务修战具，不惜财力至于如此。[48]
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其结论则为：开铁矿，增设船炮新厂，以改良武备。[49]
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在这样一个狭促的基础上，李鸿章虽能看到新式枪炮和电报、铁路的重要性，却忽略了参谋总部制度、现代兵役制度及其背后的一整套现代陆战体系。同样的，他紧跟世界海军兵器的发展前沿信息，却始终不知道什么叫海军，自然更不可能拿出一套可行的海军发展规划。虽然在晚清官场上偶尔也有人论述到海军战区划分、海军教育、海军制度和海军基地等问题，但都很难形成认知的突破。
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1. 战区划分及海军发展之总体规划
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同治六年（1867），丁日昌便曾建议设立三大水师：[50]
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名 称 北 洋 中 洋 南 洋 基 地 大 沽 吴淞江口 厦 门 辖 区 直隶、盛京、山东各海口 苏浙各海 闽粤各海 指挥官 北洋提督 中洋提督 南洋提督 1874年台湾危机后，丁日昌除将中洋水师改名为东洋水师外，其他并无变化。周家楣建议设立五支水师，每支水师下辖两艘铁甲舰、二千五百人。[51]中法战争后，清廷内部又出现了多种分区方案：[52]
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所有这些建议，虽能立足东南海防进行针对性设计，但均大大低估了现代海军发展的财政消耗，完全脱离了当时中国的实际。至于左宗棠的建议，更是忽视了一个基本事实，即现代海军离不开专职军港及岸上设施的支持，按其设计，至少需要经营八个军港，亦非当时中国力所能及。
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后来清廷在发展海军时，选择了李鸿章与穆图善的建议，而在发展上则尽量优先发展北洋海军，多少是一种务实的回应。但仍有过于分散资源的缺失。原因即在于，当时中国最大的威胁是俄罗斯与日本，均聚集在东北亚一隅。华东、华南地区不仅是列国通商地区，又是英国的势力范围，日俄均不敢随便将战火扩展到该区，实无发展区域海军的急迫性。倒不如集中精力，先在渤海地区经营一支水师、一个军港，再逐次向外扩充。
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2. 海军制度
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左宗棠去世前还曾建议设立海军部，但对其权限的设定却拘泥于“选将练兵、筹饷、造船、制炮”。[53]有一段时间，清廷居然还将海军的管辖权归在外交部性质的总理衙门之下。中法战争后成立的总理海军衙门，既不是个海军军政机构，也不是个海军军令机构，主要负责人全部是兼职，更像是一个负责海军筹办的委员会和秘书处。此外，既然连陆军都没有引进参谋总部制度，更难以指望海军迈出这一步。积弊之下，晚清建设海军数十年，却始终处于既没有军政系统也没有军令系统的无脑无心状态。
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而同样成军于中法战争后的北洋海军，虽然使用了海军的名称，且可以对外使用大清国海军的称呼，但在本质上仍只是一支舰队。且被置于直隶总督的管辖之下，与北洋陆军相并列，仍是一支半地方化的部队。其他如南洋、福建、广东三支水师，同样只能在传统的督抚制度下，分割在不同的总督辖区，变成高度地方化的军队，从而造成四大水师平时缺乏统一管理，战时缺乏统一指挥的扭曲结构，严重浪费了本就匮乏的国家资源。
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现代兵役制度同样始终没有提上讨论的日程，到甲午战争爆发时，相比日本海军上万人的精干队伍，中国北洋海军则只有四千余人，完全没有预备役和后备役支持，形成了强烈的反差。
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3. 海军教育
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左宗棠在创建福州船政局时设立了船政学堂，该学堂分前后两堂，前堂以培养造船人才为主，后堂以培养驾驶人才为主。基本上没有超出船舶制造和船舶驾驶的范围。后来李鸿章在北洋辖区内建设的各类海军教育机构也大多如此。而且当时中国普遍以科举为正途出身，藐视新式教育，这就严重限制了海军教育的生源质量。学生入学之日，校方要和家长、学生签订保证学生绝不参加科举考试的契约。每逢科举考试之时，整个学堂就会如临大敌，全面戒严，并将所有学生集中起来作监督性管制，以防有人偷偷外出考试。不仅学生如此，对于那些没有“功名”或科场不利的老师，也要防止他们将过多的精力放在八股考试上。这种教育环境下培养出来的人员，不仅知识面狭隘，且严重缺乏职业尊严感，严重限制了海军的发展。
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4. 基地建设
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在基地建设问题上同样暴露了主事者缺乏规划和洞见。
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从后勤的角度看，基地建设对现代海军意义极大，但清政府一度忙于买船，却从未想过船买来后如何驻泊又如何维修。在甲午战争爆发前，虽然建设了旅顺和威海卫两个基地，但只有旅顺具有战舰维修机能。
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从管理的角度看，基地作为军舰母港，其防御及各类岸上设施的统合，都影响着舰队的战斗力。但是，清政府在发展海军时，始终没有围绕基地形成新的指挥管理机构。各地区的造船、修船机构、武器制造机构、岸上防御部队、岸上设施管理机构，最终都只向某个地方总督负责。而这个总督之下，只有一些传统文人组成的幕僚团，没有现代化的参谋机构，从而造成了一种极度低效的管理体制。
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最后，从实战攻防的角度看，日本如欲对中国大陆采取攻势，无外乎北中南三线。北线即经朝鲜入东北，中线则侵略长江口，南线则经台湾谋取对闽粤地区的控制。由于受到前述外交原因的限制，日本不敢直接在中、南战线上扩张。故中日一战，必在黄—渤海沿岸地区。日本在这个方向上，又有四条攻击路线，一在朝鲜东海岸登陆，一在釜山登陆，一在朝鲜西海岸登陆，一在直隶平原附近登陆。这就凸显出辽东、山东和朝鲜三个半岛的重要性。清廷的上策仍在于建造环渤—黄海的铁路、电报网，同时进行以参谋总部革命为中心的陆军转型，逐步将朝鲜半岛整合进北洋防御圈。这就又绕回到了陆权复兴的老问题上。
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中策则在于能立足旅顺、威海和仁川，发展新式海军，积极经营环黄海外三角防御。这样一支新式海军，就可逼迫日军采取第一节中提及的釜山方案和元山方案。如能更进一步经营釜山、对马，就可以将战火压到日本的家门口。再考虑到日本本土南北狭长的事实，如果中国海军能够控扼住对马海峡这个中央位置，日本海沿岸和太平洋沿岸的日本海军就将处于被分割的状态。