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大理寺与刑部、都察院合称三法司，假如遇到一些重要的疑难案件，可由三法司三堂会审。
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除九卿之外，朝廷还有一个武官权力系统。明朝开国初期，全国的武装力量归中央的大都督府统辖。朱元璋忌讳这个机构权力过大，将之一分为五，改为互不统属的中、左、右、前、后五个都督府。
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都督为军队系统的最高长官，他们的级别一般为正一品，待遇优厚，立下战功还能封爵（文官基本上没有封爵的机会），表面上无比尊崇；但事实上军队的日常训练、征调、后勤等工作，都归兵部管理，他们只有领兵出征的资格，在政治权力序列中，地位远不如只有正二品的兵部尚书。
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除此之外，明朝中央还有几个比较重要的机构需要介绍。
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一、翰林院
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翰林院的主要职能是拟定诏令、管理图书、讲读经史、修撰国史等，长官称翰林学士（正五品）。该机构虽无多大实权，却极精要，是朝廷最高的学术机关。一般情况下，只有科举的前三名才能直接进入该单位，状元授修撰（从六品），榜眼、探花授编修（正七品）。其他进士若想进入，需要两个先决条件，第一科举成绩要特别优异，第二要先入翰林院下辖的学术机构学习，称庶吉士，满三年考试，合格者留院，不合格者外放。
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翰林院是朝廷培养最高级别文官的摇篮，当时的规矩是：非翰林不得入内阁。
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二、外三监
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此三监有两栖性质，混政府与天下两个系统，也就是说，它们不仅要对中国负责，还要对全世界负责。
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其一国子监。国子监是朝廷的最高教育机构，有两项职能，一是领导与管理全国的教育工作，二是负责朝廷最高学府的日常管理与教学。其主官称为祭酒，相当于现在的教育部长兼最高国立大学校长。国子监是礼部的下属机构，但它还兼有一项重要的使命：教化远人，即负责把一些偏远地区的土司子弟及远近各国的贵族成员，培养成符合中国标准的文明人。监生的来源主要有四：一是各地选拔上来的秀才，二是官员贵族子弟，三是各藩国的留学人员，四是捐纳过一定数目钱粮的富家子弟。
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其二钦天监。钦天监主要负责正朔工作，即天文历法、观测星象等，主官称监正。这个机构虽然不直接涉及权力，但因为我们的朝廷相信天人感应，因此它有时能够凭借对灾异的解释权影响朝局。
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其三上林苑监。上林苑监主要掌管皇家的御花园、畜牧场与菜圃等。
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三、行人司
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行人司大致属于天下系统，其主要职责是：现场宣布重要的诏敕、出使藩国、代表皇帝从事一些诸如赏赐、慰问、赈济、祭祀等方面的工作。该部门的职员俗称使者，编制有三百多人，皆为进士出身，主官称司正，品级仅为正九品。
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四、内廷二十四衙门
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内廷二十四衙门理论上是皇帝的私人服务机构，工作人员都是宦官，它是十二监、四司、八局的合称。
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十二监分别是：司礼监、内宫监、御用监、司设监、御马监、神宫监、尚膳监、尚宝监、印绶监、直殿监、尚衣监、都知监。
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四司分别是：惜薪司、钟鼓司、宝钞司、混堂司。
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八局分别是：兵仗局、银作局、浣衣局、巾帽局、针工局、内织染局、酒醋面局、司苑局。
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这些单位听名字就能大致判断它们的职责，但有两个部门需要特别注意。其中的司礼监，为二十四衙门中的领导机关，权力最大，它的首领不仅统管内廷的二十四个衙门，而且还充当皇帝的贴身幕僚与顾问，甚至常常替懒惰或不更世事的皇帝批红，深度参与朝政，被时人称为内相，其权势有时能超过内阁的外相。
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御马监也不容小觑，这个单位不仅负责管理御用马匹、皇家草场及皇庄的产业，而且还掌握着一支由养马人与驯马人组成的精锐禁军。这支军队主要负责宫廷宿卫，人数最多时达到两万之众。
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另外需要说明的是，本朝实行两京制，中央政府的机构，一般北京有设置者，南京就有对应，例如北京有六部，南京也有六部。只是南京的政府部门职能比较弱化，其官员的地位权势大都不如他在北京的同级同事，它们事实上等于朝廷的二线备用部门，常常被用来安置闲散的中央级大员。
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朝廷的中央之下，直辖两京十三省，即：北直隶（治所北京）、南直隶（治所南京）、山东（治所济南）、山西（治所太原）、河南（治所开封）、陕西（治所西安）、四川（治所成都）、江西（治所南昌）、湖广（治所武昌）、浙江（治所杭州）、福建（治所福州）、广东（治所广州）、广西（治所桂林）、云南（治所云南府，今云南昆明）、贵州（治所贵阳）。
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北直隶由京师六部直辖，南直隶由南京六部直辖，各省则设三司统管。所谓三司，指承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司，它们分掌一省的民政、刑狱与军政。
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假如按照三司长官的级别排序，在一省中，都指挥使的地位最高，为正二品；布政使次之，为从二品；按察使级别最低，为正三品。
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