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耶稣会士龙华民（Nicolas Longobardi, 1559—1654年）接替主教职务，主持中国教区工作。他一改对中国传统宽容的态度，多次著文指出，中国典籍中的上帝（天）并不是圣经中天主（上帝）的对应词，不得混淆，使矛盾激化。万历四十四年（1616年）礼部侍郎署南京礼部尚书沈上疏排教，以崇正学、黜异端、严华夷相号召，提出四条禁止天主教的理由：有窥伺之心，有伤孝道，私习历法，伤风败俗。徐光启挺身而出为天主教辩护，写《辨学章疏》护教，疏中说：“彼国教人，皆务修身以事上主，闻中国圣贤之教，亦皆修身事天，理相符合，是以辛苦艰难，履危蹈险，来相印证，欲使人人为善，以称上天爱人之意。”沈采取行动，发生了“南京教案”。次年，由皇帝下旨封闭天主教堂，驱逐教士。
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两年后情势有了转机。明朝军队在辽东与后金作战惨败，徐光启上疏请练兵自效，皇帝采纳，派人在澳门购买西洋大炮，并把传教士与葡军请入北京，协助明军作战，使天主教又有了合法的地位。另一有求于传教士的是修订历法。崇祯二年（1629年）徐光启受命督责龙华民、邓玉函（JoannesTerrens）、汤若望（Jean Adam Schall Von Bell）等耶稣会士修订《崇祯历书》。天主教在中国布道有了强大的依托。
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梁启超在《中国近三百年学术史》中说：“中国知识线与外国知识线相接触，晋、唐间的佛学是第一次，明末的历算学便是第二次。”这第二次指的是天主教耶稣会士的“西学东渐”。耶稣会士带来了西方的科学文化，在晚明的知识界引起了巨大的反响。徐光启于万历十六年（1588年）到广东课读，在韶州会见耶稣会士郭居静（Lazare Cattaneo），初次进教堂。万历二十五年举乡试第一，二十八年（1600年）在南京与利玛窦会晤，研究的结果是，他认为天主教可以“补儒易佛”。三年后，他再去南京时，利玛窦已入北京，便向罗如望（Joan de Rocha）学道，然后领洗，教名保禄。次年徐光启中进士。从万历三十二年至三十九年徐光启与利玛窦在北京常相过从，听教义之余，兼习西学。利玛窦早年师从德国数学家克拉维斯（C. Clarius, 1537—1612年），精通数学、天文、地理。万历三十五年（1607年）徐光启与利玛窦合译欧几里得的《几何原本》（The Thirteen Books Of Euclids Elements）前半部。欧几里得是古希腊数学家，他的《几何原本》是希腊古典时期数学成就的总结性著作。利玛窦到中国后利用他的老师克拉维斯的拉丁文译注《几何原本》讲授数学，并有志于把它译成中文。万历三十四年秋，利玛窦向徐 光启谈及此事，于是由利玛窦口述、徐光启笔录，翻译了这本书的前半部。已译的《几何原本》六卷，涉及三角形、线、圆、圆内外形、比例，每卷都有界说、公论、设题，是第一部译成中文的西方科学著作。《几何原本》的价值超出了几何学本身，被视为人类历史上真正代表科学理论的教科书，徐光启在当时就认识到这一点，他指出此书能使理论研究者“祛其浮气，练其精心”，也能使实践者“次其定法，发其巧思”，“百年之后必人人习之”。
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《几何原本》出版不久，利玛窦又与李之藻合作编译了《同文算指》，成为第一部系统介绍欧洲笔算的著作。《同文算指》主要根据克拉维斯《实用算术概论》和中国数学家程大位《算法统宗》编译而成，全书分前编、通编、别编三部分，系统介绍了欧洲笔算，贡献与影响是不小的，著名数学史家钱宝琮指出：“《同文算指》书在西学东渐史中与徐光启所译之《几何原本》六卷皆为极重要之著述，而所收成效尤在《几何原本》之上。”
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西方地理学也随着耶稣会士传入中国，使中国人对空间形成新观念。利玛窦在中国居留二十八年中，绘制了多种世界地图，其中影响最大、流传最广的是万历三十年（1602年）由李之藻为之刊印的《坤舆万国全图》。它是利玛窦根据三方面资料，即1570年欧洲出版的地图（Abraham Ortelius著 Theatrum Orbis Terrarum）、中国舆图及通志资料、他本人实测与见闻札记，绘制而成的，有四种正统版本，十种以上的仿刻本和摹刻本，流传极广。利玛窦编绘的地图，打破了中国传统的“天圆地方”观念，让人们了解到中国只是地球的一小部分，大大开拓了知识分子的眼界。但是利玛窦也作了一些迁就。《利玛窦中国札记》写道：“中国人认为天是圆地是平而方的，他们深信他们的国家就在它的中央。他们不喜欢我们把中国推到东方一角的地理概念。他们不能理解那种证实大地是球形，由陆地和海洋所构成的说法，而且球体的本性就是无头无尾的。”为了迎合中国是世界中央的观念，他把子午线从世界全图中央向左移动170度，使中国正好出现在《坤舆万国全图》中央。人们目前见到的中国历史博物馆收藏的墨线仿绘本《坤舆万国全图》、南京博物院收藏的彩色摹本《坤舆万国全图》，便是这种变通了的样子。
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明朝钦天监鉴于推算日食、月食多次不准，主张修改历法。利玛窦对天文历法素有研究，向有关部门提议参加历法修改工作，未蒙批准。万历三十八年（1610年）礼部推荐徐光启、李之藻“同译西法”，协助改历，也未付诸实施。直到崇祯二年（1629年）七月才正式任命礼部侍郎徐光启督修历法。主持此事的徐光启和李之藻对西方天文学已有深刻的了解，确定改历的方针是以西方历法为基础，聘请耶稣会士龙华民、邓玉函、罗雅谷（Jacques Rho）、汤若望等参加，中外天文学家一起合作翻译大量欧洲天文学著作，以西方先进的天文学说来修改郭守敬的授时历。历时五年，终于完成了篇幅庞大的《崇祯历书》，共四十六种，一百三十七卷。严格地说，它其实是为改革《授时历》而编纂的一部丛书。它详细地介绍了第谷的《论新天象》、《新编天文学初阶》，托勒密的《大综合论》，哥白尼的《天体运行论》，开普勒的《论火星的运动》。为了进行大规模测算，还根据欧洲数学家的著作，编译了《大测》、《割圆八线表》、《测量全义》。《崇祯历书》编成后还来不及刊行，明朝就灭亡了。清初，由耶稣会士汤若望加以删改，以《西洋新历法》为名，颁行于世。《崇祯历书》的意义已越出了历法修改本身，标志着中国天文学进入了一个划时代的新阶段。
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此外，值得一提的还有：徐光启与耶稣会士熊三拔（Sabbathin de Ursis）合作编译的西方农田水利技术专著——《泰西水法》，进士王徵与耶稣会士邓玉函合作编译的西方机械工程学专著——《远西奇器图说》。西方的哲学著作也在此时被译介给中国读者，例如李之藻与耶稣会士傅汎际合译的《寰有诠》（亚里士多德的《谈天》），耶稣会士安文思译的托马斯 · 阿奎那的哲学著作《超性学要》。其中尤以傅汎际译义、李之藻达辞的《名理探》影响最为深远。该书介绍了亚里士多德的《逻辑学》，历时三年才把这部艰深的著作翻译完成，为后世留下了一批逻辑学术语，例如把概念、判断、推论译作直通、断通，把演绎、归纳译作明辩、推辩。
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难能可贵的是，在华耶稣会士曾多次回国募集图书。1614年耶稣会士金尼阁（Nicolas Trigault）返回罗马教廷述职时，成功地募集到教皇保罗五世捐赠的500多册书，加上他与同伴邓玉函在欧洲各国收集到的图书，约计7000多册。1618年金尼阁与另外二十二名耶稣会士护送这批图书返回中国。这批书后来通过各种途径流布于各地，其中不少被译成中文，向中国人宣传西方科学、文化和宗教。这批书的一部分被北京北堂图书馆收藏，现仍可在国家图书馆见到它们的身影。人们从这些西方古籍（圈内人士称为“摇篮本”）身上，缅怀一段中西文化交流佳话，是别有一番滋味在心头的。
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早期的西学东渐，为中国人打开了窥视西方的窗户，大开眼界。约1632年信奉西教的浙江鄞县人朱宗光撰文把中国与西方相比较，感慨系之:“天载之义，格物之书，象数之用，律历之解，莫不穷源探委，我中土之学问不如也”;“自鸣之钟，照远之镜，举重之器，不鼓之乐，莫不精工绝伦，我中土之技巧不如也”;“土地肥沃，百物繁衍，又遍贾万国，五金山积，我中土之富饶不如也”。人们惊讶之余，不能不沉思：与先进的西方相比，以老大自居的中国，在科学技术方面已经开始落伍了！
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国史概要（第四版） 87．正统思想与异端思想
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明朝前期、中期的思想界沉闷而无新义，科举取士都以宋儒朱熹的经注作为考试的标准，致使朱学风靡一时，学者们依托于复性与躬行，没有自觉、自由的思想。物极必反，于是乎有陈献章、王守仁的理学革命，希望把个人的思想从圣贤经书中解放出来。陈献章的“小疑则小进，大疑则大进”的主张，开自由思想的先声；而王守仁以己心为衡量是非的标准，拒绝拜倒在圣贤脚下，更是思想界的一大革命。此后，人才辈出，都以追求思想自由为旨归，形成波澜壮阔的个人主义与博爱主义思潮。美国学者狄百瑞（Wm. Theodore de Bary）在《明代思想论集》中，对此有精深的分析。
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王守仁与朱熹不同，他发挥陆九渊的学说，认为“心外无理”，“万事万物之理不外于吾心”，“心外无物”，心是天地万物的本原。朱熹所说的绝对至上的“理”，被王守仁移植到每个人的心中去了，所以这种学说被称为“心学”。
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王守仁（1472—1529年），字伯安，浙江余姚人，因筑阳明洞讲学而号阳明子，人称阳明先生。二十八岁中进士之后，历任兵部主事、南赣巡抚、南京兵部尚书等职，在任期间是一个颇为干练的官僚，平定江西、福建、广东三省边界“盗贼”，以及宁王朱宸濠叛乱，成为他一生中最突出的“事功”。正如他自己所说，他的一生是“破山中贼”与“破心中贼”的过程，前者是作为一个官僚的职责，后者是作为一个学者的职责。
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王守仁像
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王守仁受陆九渊、陈献章的影响很深。陆九渊提出了“宇宙便是吾心，吾心即是宇宙”的命题，成为他的哲学的出发点。陈献章企图打破程朱理学对人们思想的束缚，反对在圣贤经书中打圈子，要从静坐中养出个头绪来，谓之“静坐自得，以明本心”。无论陆、陈，都受禅宗影响，禅宗所说“性中万法皆见，一切法自在性”，性即心，万法即宇宙。王守仁的思想也大近禅悟。
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王守仁提出“心外无物”，“心外无理”，一切都是从“心”中派生出来的。他与友人外游，友人质问：先生以为“天下无心外之物”，那么此花树，在深山中自开自落，与我心有何相关？他答：“你未看此花时，此花与汝心同归于寂；你来看此花时，则此花颜色一时明白起来，便知此花不在你的心外。”他以这种近乎诡辩的方法来论证“天下无心外之物”。
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既然他认为“心外无理”，所以“良知”就是“人心”，是“人人皆有”的，因此“致良知”就是顿悟式的“不假外求”、“向内用心”的静坐功夫。他说：“心即道，道即天，知心则知道、知天。诸君要实见此道，须从自心上体认，不假外求，始得。”在他看来，认识万事万物，就是对存在于“心”中的“良知”的发现或自我体认。一个人求学目的就是“尽心”，“学者，学此心也；求者，求此心也”。
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与此相联系，他强调“知行合一”，知与行都归结于心。他反对在心外去求理，当然反对知、行分离；因为“心外无理”，所以必须“求理于吾心”，当然知行合一，都在心中统一起来。他说：“知之真切笃实处即是行，行之明觉精察处即是知，知行工夫本不可离。”在他那里，知与行是没有明确界限的，知到某种程度可以转化为行，行到某种程度也可以转化为知。王守仁“知行合一”与“致良知”的提出，都是在他遭到贬谪、讪谤之际，有感于社会政治风气败坏，对环境挑战的一种反应，企图凭借此种学说，先完善个人道德，再完善社会道德，根本精神是社会性的，着眼于挽救国家、社会。明末清初的学者王夫之则从纯学术的角度批评道，王守仁所说的“知”不是“知”，所说的“行”也不是“行”，“知者非知，然而犹有其知也，亦倘然若有所见也”，“行者非行，则确乎其非行，而以其所知为行也”，“以知为行，则以不行为行”。一语击中要害，知可以取代行，取消行，行的价值便大成问题了。
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王守仁的心学的最可贵之处是，强调“以吾心之是非为是非”，而不必以孔子之是非为是非。他在《答罗整庵少宰书》中说：“夫学贵得之心，求之于心而非也，虽其言之出于孔子，不敢以为是也。”又说：“夫道，天下之公道也；学，天下之公学也。非朱子可得而私也，非孔子可得而私也。”沉寂、僵化的思想界出现了一股新鲜空气，令人耳目一新，反对者诋为异端，赞成者奉为新论，心学因而风靡天下。《明史 · 儒林传》说：“嘉（靖）隆（庆）而后，笃信程朱，不迁异说者，无复几人矣。”钱穆《略论王学流变》一文指出：“阳明良知之学，简易直捷，明白四达，兼扫荡和会之能事。且阳明以不世出之天姿，演畅此愚夫愚妇与知与能之直理，其自身之道德功业文章，均已冠绝当代，卓立千古，而所至又汲汲以聚徒讲学为性命，若饥渴之不能一刻耐。故其学风淹被之广，渐渍之深，在宋明学者中，乃莫与伦比。”
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王门弟子王艮，创立泰州学派，把王学的这种倾向加以引申、发展。王艮，字汝止，泰州安丰场人，人称心斋先生。他强调“悟性”，宣扬不睹不闻，不思不虑，“只心有所向便是欲，有所见便是妄；既无所向，又无所见，便是无极而太极（良知）”，认为只要“于眉睫间省觉”，便可当下顿悟“天机”。泰州学派把王学“不师古”、“不称师”、“流于清谈”、“至于纵肆”的倾向，发展到肆无忌惮的地步。王艮为盐商子弟，对一般人寄予相当的体察与谅解，故而有“孔子亦是凡人”的观点，他与学生把知识带到社会大众之中，使社会大众接触到儒学的真谛。他除了继承王阳明的良知学说外，更加重视实践，使王学发扬光大。王守仁死后，王学之所以能广被天下，王艮功不可没。泰州学派对礼教发起冲击，到何心隐时，思想已非名教所能羁络，其言行已如同英雄、侠客，能手缚龙蛇，随心所欲，从自我抑制中解放出来。因此，泰州学派竟被人们看作“掀翻天地”、“非名教之所能羁络”的叛逆。
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如果说泰州学派是王学左派，那么李贽便是王学左派中更加激进的一员，被人们称为“异端之尤”。
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