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清世祖福临入关时年仅六岁，由郑亲王济尔哈朗、睿亲王多尔衮辅政。多尔衮运筹帷幄，统一全国，功高权重，被尊称为“皇父摄政王”，决定大政方针，议政王大臣会议听其摆布。郑天挺《多尔衮称皇父之由来》认为，“皇父”非伦常之通称，满洲旧俗之亲贵爵禄，无其他不可告人之隐晦原因。顺治七年（1650年）多尔衮病逝，世祖亲政，皇权有所提高，议政王大臣会议的权力也有所扩大。顺治十八年（1661年）二十四岁的清世祖去世，民间传说，世祖痛悼董贵妃之死，前往五台山清凉寺出家，其子清圣祖五次去五台山寻访。这些毕竟是传说，不足凭信。清世祖对于多尔衮的独裁摄政十分恼怒，临死前留下遗诏，由四名元老重臣来辅佐清圣祖玄烨，国家大权操纵在辅政的索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四名议政王大臣手中。鳌拜与遏必隆联手对付苏克萨哈，而索尼采取折中态度。康熙六年（1667年），索尼病死，鳌拜与苏克萨哈极端对立，发展到后来，鳌拜诬告苏克萨哈“怨望不欲归政”，以二十四条大罪迫使皇帝下令处死了苏克萨哈。鳌拜终于大权独揽，擅作威福，党比营私，根本不把皇帝放在眼里。
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康熙八年（1669年），十八岁的清圣祖初露雄才大略，果断地逮捕了鳌拜，以三十条罪状判处他死刑，鉴于他的武功减为终身禁锢，把鳌拜的党羽一网打尽。清圣祖在剪除鳌拜时依靠了内大臣索额图，索额图及其党羽因而得势，于是又出现了索额图擅权的局面，以后又出现了明珠擅权的局面。这使清圣祖深感有必要采取措施削弱议政王大臣的权力，加强皇权，于是他在康熙十六年（1677年）设立南书房，选择才品兼优的汉人官僚作为词臣，替皇帝起草谕旨、批答奏章，议政王大臣会议的权力受到削弱。据朱金甫的研究，南书房的职责主要是在皇帝退朝之后陪侍皇帝讲读经史、论古谈今，或从事文字翰墨方面的研讨，对康熙时期南书房的政治作用及其历史地位不宜估计过高。
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清世宗即位，继续削弱议政王大臣会议的权力。首先，为了确保“天无二日，民无二主”，使旗人只知有皇帝不知有旗主，削弱八旗旗主的权力，并对他们进行监督。康熙末年清圣祖派诸皇子管理八旗事务，清世宗继承这一做法，明令管理旗务的亲王、郡王为都统，把八旗的军政大权控制在皇帝手中。其次，为了打击议政王大臣恃权跋扈的气焰，清世宗在宫内建立军机房。军机房是南书房的进一步发展，选择亲信满汉大臣参与机务，处理军机大事。以后又把军机房扩大为军机处，直接听从皇帝指挥，总揽全国军政大权，成为最高决策机构。军机处由军机大臣和军机章京若干人组成。军机大臣由皇帝在满汉大学士、尚书、侍郎中挑选；军机章京从内阁和各衙门中考选。开始时，军机大臣负责起草诏令，后来改为专由军机章京承办。军机处拟好的诏令，不经过内阁直接发往各地，称为“廷寄”，直接交中央各部院的称为“交片”。地方奏折也不再经过内阁直接送军机处，由军机处议复。军机处的设立，标志皇权的进一步强化。钱穆《国史大纲》说：军机处并无特出之首长，亦无权向各部及各省直接发布命令。军机处不过是清皇室的御用机关，不得目之为政府中之最高枢机。清世宗死，子弘历继位，即清高宗（乾隆帝），再无辅政大臣的擅权僭越的威胁。乾隆五十六年（1791年）清高宗为了彻底消除八旗旗主干政之权，下令取消了议政王大臣会议。
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地方行政机构基本上也沿袭明制，设省、道、府（州）、县四级。全国分十八个省和五个特别行政区，十八省是直隶、河南、山东、山西、陕西、甘肃、四川、贵州、云南、广西、广东、福建、江西、浙江、江苏、安徽、湖南、湖北；五个称为藩部的特别行政区是内蒙古、青海蒙古、喀尔喀蒙古、西藏、新疆。省的最高行政长官是总督或巡抚，总督、巡抚在明朝是中央临时派往地方的差遣官，清朝成为常驻各省的最高军政长官。总督一般统辖两个以上省的军政和民政，也有单辖一省的（如直隶、四川）；而巡抚一般只统辖一省。总督、巡抚并无上下统属关系，直接向皇帝负责，有着权力制衡作用。总督、巡抚均为独任，辅佐人员有参与机要的幕友，及承办具体事务的六房书吏。各省都设承宣布政使司（藩司），管一省钱粮；提刑按察使司（臬司），管刑名按察。
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道的长官是道员，府的长官是知府，县的长官是知县。道下设直隶厅、州，与府平级，府下设的厅、州，与县平级。京师所在地顺天府、盛京所在地奉天府，与省平级。
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盛京是清朝的发祥地，定都北京后，盛京作为留都设内大臣一员、副都统二员，统辖东北地区。顺治三年（1646年）改盛京总管为盛京昂邦章京，康熙元年（1662年）又改为镇守辽东等处将军。在此期间，又增设宁古塔昂邦章京，统辖吉林、黑龙江地区，后改为宁古塔将军。
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国史概要（第四版） [:1707043386]
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国史概要（第四版） 95．多民族国家的巩固与发展
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（一）台湾的回归
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万历十八年（1590年）葡萄牙商船经过台湾海峡，见台湾山川秀丽，便把它称为“福尔摩萨”（Formosa），这是西方人知道台湾的开始。天启四年（1624年）荷兰殖民者侵入台湾。不久在那里建立了一个驻点——赤嵌城。由于晚明民变蜂起，避难迁往台湾的人日渐增多。
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明末侨寓日本的走私贸易商人首领李旦死后，众推郑芝龙为首。郑芝龙率百余艘商船往返于长崎、马尼拉、澳门间，从事长途贸易，并拥有自己的武装力量，成为当时中国东南沿海的海上霸主。由于他会讲葡萄牙语，充任西方商人的代理人，在西方史籍中被称为尼古拉 · 一官（Nicolas Iquan）。崇祯元年（1628年）郑芝龙接受福建巡抚熊文灿招抚，当然这种“招抚”实际上是熊文灿向朝廷邀功的幌子，有名无实。郑芝龙鉴于福建大旱，向熊文灿建议，迁移饥民去台湾垦荒，渐渐在台湾形成了一些移民城镇。
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郑成功（1624—1662年），福建南安人，是郑芝龙在日本平户与日本女子所生，幼名福松，七岁时随父回归故乡福建。南明唐王赐姓朱，更名成功，授予总统使、招讨大将军，时人尊称为“国姓爷”。顺治三年（1646年）因阻止父亲郑芝龙降清无效，于十二月起兵抗清。顺治十六年（1659年）为了牵制清军向云南桂王政权的进攻，联合舟山的张煌言，举兵北伐，一直打到南京城下。兵败后退回福建沿海，为持久抗清，顺治十八年郑成功派其子郑经留守厦门，自己率军数万，经澎湖，在台湾禾港寮登陆，围攻荷兰总督所在地赤嵌城，击溃从巴达维亚派出的援军，并郑重宣布：“土地为我国所故有，当还我。”并于次年（康熙元年）二月一日迫使荷兰总督揆一投降。郑成功收复台湾后，设置承天府，下辖天兴、万年两县，组织政府，制定法律，课耕积谷，招徕移民，收容抗清人士，又派兵守金门、厦门，形成犄角之势。郑成功死后，其子郑经继续坚持抗清斗争。
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清政府下令“迁界”、“禁海”，从山东到广东沿海居民一律后撤三十至五十里，界外的房屋、城堡全部拆除，形成沿海无人地带，严禁人民擅自进入禁区，不许商民船只下海，违者处死。此后政府又派靖南王耿继茂、总督李率泰前往台湾招降，郑经提出要像琉球、朝鲜那样，清朝不派军队登岸，不剃发，不易衣冠，不受清朝制约，相对独立，结果招降不成。南明桂王政权被消灭后，郑经仍用永历年号，已由支持南明转化为地方割据。
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康熙十三年（1674年）三藩之乱爆发，响应吴三桂叛乱的耿精忠割据福建，向郑经求援，答应以漳、泉两府为酬，郑经派军队渡海而来，与耿氏集团合攻广东。后耿精忠违约，郑经请割漳、泉两府不得，用兵攻取。耿精忠兵败后，与清军合攻郑氏集团，郑经退守台湾。康熙二十年（1681年）郑经死，郑氏集团内讧。清朝抓住时机，发兵出征台湾。康熙二十二年郑经次子郑克投降。清朝统一台湾后，在此设台湾府，由福建管辖，台湾府下设台湾、凤山、诸罗三县，设总兵一员、水师副将一员、陆师参将二员。
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（二）遏制沙俄扩张的尼布楚条约
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16世纪下半叶，沙皇俄国越过乌拉尔山向西伯利亚扩张，17世纪中叶，进入黑龙江流域。1632年俄国人第一次听说阿穆尔河（黑龙江）的存在。黑龙江满语为萨哈连乌拉，达斡尔语为卡拉穆尔，意即黑河。俄国人最初在黑龙江两岸碰到的是达斡尔人，从他们那里知道了这个称呼，因而把黑龙江称为阿穆尔河。
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首先入侵黑龙江流域的是由俄国雅库次克行政长官派出的波雅科夫一行，他们越过外兴安岭，到达黑龙江口。波雅科夫回去后向莫斯科报告，只要三百人的武装就足以征服这个地区。
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第二个入侵的是哈巴罗夫。这个西伯利亚富商向雅库次克行政长官提出，愿意自费招募一百五十名武装哥萨克，承担窥探黑龙江的使命，并使当地居民向沙皇缴纳贡赋。
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清朝军队与当地人民多次抗击俄国入侵者：顺治九年（1652年）乌札拉村之战，顺治十二年呼玛尔之战，顺治十五年松花江之战，其中以康熙二十四年（1685年）、二十五年两次雅克萨之战的规模最大。雅克萨是俄国入侵者在黑龙江边建筑的堡垒，经过清军的两次打击，迫使俄国同意谈判。
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清方谈判代表为领侍卫内大臣索额图、都统一等公佟国纲，清圣祖在他们行前指示：尼布楚、雅克萨、黑龙江上下，及通此江之一河一溪，皆我所属之地，不可少弃之于俄罗斯；与之划定疆界，准其通使贸易；否则，尔等即还，不便更与彼议和。清朝代表与俄国代表在尼布楚河与黑龙江汇合处的尼布楚城进行。康熙二十八年七月二十四日（1689年9月7日）签订了尼布楚条约，确定了中俄两国东段边界的走向：西南沿额尔古纳河、石勒喀河、格尔必齐河为界，北面以外兴安岭为界，东面乌第河以南、外兴安岭以北为待议地区。
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沙皇政府对条约是满意的，因为它不仅划定了俄国的东西伯利亚新疆界，同时还取得了与中国通商的权利。俄国首席代表柯罗文回国后被封为大贵族，受到沙皇接见与嘉奖，以后还被提升为总理外交事务大臣、海军大将。对于清朝政府而言，条约的签订使北方东段边界获得了一百多年的和平，在边界线上刻石立碑，每年五月、六月由齐齐哈尔、墨尔根、瑷珲派出边防军，分三路前往格尔必齐、额尔古纳、墨里勒克、楚尔海图等地进行巡查。清朝的瑷珲将军（黑龙江将军）、宁古塔将军（吉林将军）负责管辖黑龙江两岸直至库页岛的广大地区。
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（三）平定准噶尔部与统一回部
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明末，蒙古分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古、漠西厄鲁特蒙古三大部。清初，漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古全归顺清朝。
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漠西厄鲁特蒙古，元朝时称卫拉特蒙古，明朝时称瓦剌蒙古，据有阿尔泰山以西、天山以北，直至巴尔喀什湖东岸。它分为四部：和硕特部（乌鲁木齐附近）、准噶尔部（伊犁附近）、杜尔伯特部（额尔齐斯河流域）、土尔扈特部（塔尔巴哈台附近）。清初，准噶尔部渐强，准噶尔汗噶尔丹（曾在西藏做喇嘛）于康熙十六年（1677年）统一了四部，之后又越过天山，统一了回部，天山南北全归噶尔丹控制。他为了进一步控制漠北喀尔喀蒙古，发动了战争，在占领漠北后又进兵漠南。康熙二十九年（1690年）噶尔丹在俄国支持下率兵两万余，以追喀尔喀为名攻入漠南蒙古乌珠穆沁一带，又乘势渡过西拉木伦河，兵锋抵达乌兰布通（赤峰附近）。