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宋元时期，东航路的使用日益频繁，后来整个体系还纳入了东非沿海地区。从地理上看，这两个史实使亚洲的航海结构经历了最后一次空间上的延伸。欧洲人在这个体系边缘的两个地方打开了它：最晚从达伽马（Vasco da Gama）开始，好望角航线把印度洋西南一端的“角落”和大西洋、巴西、葡萄牙连在一起，而后来的麦哲伦（Magellan）及其后继者则通过跨太平洋的航行，在菲律宾群岛、今天的印度尼西亚和墨西哥、秘鲁之间连起了纽带。这两个开口将长期地引起亚洲航海结构内部的变革。从前经过黎凡特向西运动的货流改道输往里斯本，这至少在开始的时候损害了一些亚洲竞争者的利益；这种改道也伴随着发生在印度洋西半部的各种冲突。经过一段时间的延迟，跨太平洋航线的探明推动了菲律宾群岛融入东亚和东南亚贸易世界，从而融入了东航路的范围，此外，该航线的开发还有利于福建人关系网络的进一步发展，因为菲律宾群岛上的西班牙人需要中国的中介和货物。
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值得注意的是，亚洲的各大贸易强国对新的跨洋航线几乎长期没有兴趣，尽管至少中国本来具备远洋航行的技术条件，但直到近代，亚洲各国都没有派出任何一艘自己的船去往亚洲及非洲以外的世界。如果说东航路的开辟和东非沿海的发现是发自“内部”，也就是发自现存航海系统自身的，那么到了现在，也许是因为某种自我满足感，这个系统显然缺乏必要的活力去踏出关键性的一步，进入另外的世界。换言之，由西班牙和葡萄牙人引起的“开放”来自外部，这恰好应该被视为新现象。因此本书引言中就提到过的“全球化”等新潮标签主要指这个过程，或者更确切地说，指一种从这里开始的、但并不一直受亚洲人欢迎的长期发展。
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16世纪，西班牙与葡萄牙殖民时代的亚洲
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简而言之，在1500年以前，没有任何一股该系统之外的势力尝试过控制这个系统的某些部分。希腊商人（无论他们可能是什么人）、犹太商人、意大利商人、来自地中海地区或西亚大陆的商人等，虽然参与了经西印度洋部分地区的贸易，但没有维持类似16世纪及以后欧洲人定居区的组织。这些组织受其位于欧洲的各中央政府控制，后来大多被归类为殖民地。从欧洲的视角看，一个逐渐跨越大洋、自成一体的更大的世界把亚洲的海洋世界，包括它下属的各分领域囊括在内，后者是前者的一部分。早在1494年，著名的《托尔德西里亚斯条约》（Vertrag von Tordesillas）在考虑罗马的利益的同时就规定，将全球分为两个“负责领域”①，这种划分也许比任何其他措施都更能代表这种特殊的愿景。
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东海，约1500—1550年
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16世纪初，东亚的广大地区还处于我们上一个时间段介绍过的那种状态。明朝第一代皇帝颁布的海禁仍然阻碍着中国和日本之间的自由往来。在官方层面上，在日本相互竞争的各大贸易家族为了和中国做生意，不得不遵守中国的朝贡规定。由于无视游戏规则，日本贸易势力在宁波（古称明州）等地掀起了数次风波。中国和朝鲜以及朝鲜和日本之间的海上交流也并非一帆风顺。日本某些团体对朝鲜沿海地区的侵袭暴行尤其频繁。
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在16世纪，日本生产的白银日益增多，而中国的经济也在不可遏制地增长，因此当时明朝的贸易限制完全不合时宜。尤其是在16世纪中期，海禁的影响促使一直以来秘密绕开法律的、无足轻重的个别走私团伙成了大规模组织，他们令人建造自己的船队，装备先进武器，不仅内斗，还公然与明朝军队为敌。为了拿到中央政府禁止他们获得的东西，他们时常劫掠整个地带。地方官员和有影响力的沿海商人常常和这类组织合作，因为他们希望在白银、丝绸等物的交易中赚取利润，而且他们认为海禁纯属荒谬。由此，许多大区域常和中央对立。
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周煌《琉球国志略》（1758年）中国（或琉球）船。类似的交通工具在明朝已有建造。
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在明朝史料当中，按照古代的修辞说法，大多数非法团体被称为倭寇，即“日本盗贼”，但这些群体的构成早已不单纯是日本人，而主要是来自大陆的中国人。这些人多数来自浙江和福建。一些倭寇团体还维持着广阔的贸易网络，与日本和东南亚保持着联系。因此它们在某种程度上已经国际化，有了掌握几十艘船和大量资本的小型贸易帝国的特征。假如16世纪早期和中期亚洲的贸易团体留下了准确的数据，那么占据前几位的很可能主要是中国的“商业联盟”（Konsortien）。
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另一个把东北亚和东南亚的命运连到一起的组织是琉球人。但早在15世纪末，他们的影响力就让位于福建人的关系网了。16世纪，这个过程仍在延续。因此，日本白银在东亚内部的分布和琉球群岛几乎没有关系。琉球虽然在名义上仍是中国的朝贡者，但就中国的进口总量来看，琉球供货的重要性很快就降低了。在日本和朝鲜，它也失去了地位。
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马六甲的被占和南海，约1500—1550年
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1500年前后，东航路一带的某些地方、爪哇北部港口、马六甲、泰国湾周边几个聚居区（受大城王朝控制），以及苏门答腊岛北部一系列沿海聚落构成了东南亚最重要的商业门户。依附于它们的是一些本地的或跨区域的贸易网络，这些网络各不相同，部分存在重叠。同时，泰米尔人等印度团体和中国人尝试把这些中枢囊括进其各自的交流体系中，这些人大多来自外部而非东南亚本土。在这方面，中国人也许是最成功的。
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16世纪中期，中国沿海的“倭寇贸易”爆炸式发展，日本的白银出口也开始增长。但在这些现象出现之前，第一批葡萄牙人和西班牙人就设法进入了东南亚。由此，海洋世界的这一部分出现了两个新的（外来）群体。在他们登上历史舞台之初，1511年，阿尔布克尔克（Afonso de Albuquerque）占领了信奉伊斯兰教的马六甲。这一事件一再被标记为东南亚近代历史的转折点，因为它明显地破坏了现存的“平衡”，损害了其他所有地方和群体的利益，开始了殖民政权对这些地方的压迫。但对这次短暂战争的某些后果，最近有了更细化的看法。
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确实，之前让马六甲成为中央商场一般的地区性枢纽的伊斯兰教网络，退避到了苏门答腊岛北部或爪哇港口以及马来半岛西端的柔佛和廖内地区。这样，一条把吕宋及文莱与柔佛连到一起的新航线就脱胎于老的马六甲—文莱—吕宋“轴线”。爪哇北部一直数量众多的中国穆斯林和琉球商人都离开了马六甲。但其他中国人没有走，特别是最初甚至与葡萄牙人合作的福建漳州（Chincheo）人。
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佳斯帕·维加斯（Gaspar Viegas）所绘地图（1537年）中的东南亚。越南海岸前可以清楚地看到西沙群岛和其他浅滩，部分浅滩是想象出来的，这些在图中合成一只角的形状。值得注意的还有：北部湾向北变窄，呈漏斗形。欧洲人的其他地图描绘这些地区也用类似方式。可能这种绘图形式要追溯到中国的范例，可比较《郑和航海图》。
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因此，马六甲的陷落并没有损害全部群体，在某些方面甚至还促进了贸易。中国大陆商人习惯于从东南亚带胡椒和香料去广东和福建。1511年之前，他们往往从马六甲购置这些产品。不久以后，葡萄牙人也向中国输送胡椒，以期为达成自己的目的而打开中国市场，所以双方互相侵入了对方的领域。福建人对此做出了非常灵活的反应：他们舍弃马六甲，更多地从帕塔尼、彭亨等地区购买东南亚商品，刺激了当地的胡椒种植业。这些地区离中国更近，也就意味着更短的运输距离和更低的成本，毕竟到帕塔尼等地比去马六甲要快得多。
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17世纪的澳门。中国插图来自《澳门纪略》（18世纪中期），葡萄牙插图出自雷森德斯的《葡属印度记录》（约1636年）。在中国插图中，澳门半岛南端位于左侧，葡萄牙插图中为右侧。此处有一座著名的庙宇，供奉中国的航海女神（妈祖或天妃）。有观点认为此庙早在葡萄牙人到来之前就已建造。
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不久以后，葡萄牙人和广州官方产生矛盾，第一次正式出使中国也以失败告终，原因之一是当时流亡的马六甲苏丹曾向明朝说明敌人的情况并请求援助，这也给福建人带来了优势，因为原先海禁松弛的广州向葡萄牙人关上了大门，强调只准朝贡船只入港。但很快，港口上的朝贡往来也衰落了，几乎只有从暹罗才继续有朝贡商品来华，由于监督极为严密，贸易也很难退避到非法的民间交流中去。因此，沿海地区一切非法活动的重心都自然而然地转移到了管制松懈的福建。不久，连葡萄牙人也尝试在那里和更北的浙江立足，但并未取得长期的成功。他们也未能涉足琉球岛链，不仅因为资本和船只不足，也可能福建人要维护自己的利益，把不受欢迎的竞争对手拒于那霸之外。总而言之，葡萄牙人在远东出现所导致的状况完全给福建的（倭寇）贸易带来了利好。
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16世纪中叶，正值非法活动在中国的鼎盛时期，历史又完成了一次转折，但这次和马六甲无关。对福建在该领域的成功，广东嫉妒已久，因此重新对葡萄牙人开放。这最终导致了澳门的设立，如果此事不是由来自北京的中央政府首肯，至少也经过地方官府的批准。具体背景和状况至今仍有争议，但这并不重要。