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1540年左右，西班牙征服活动终止，传教成为西班牙人继续对土著人施加控制的手段。虽然找不到囤积的黄金，但传教士并没有停止脚步。而且，每次布道时，他们都要自行承担费用。为此，他们让印第安人参与劳动。这样一来，西班牙传教士不仅让印第安人改信天主教，还让他们学会了新的技艺。
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在西班牙人到来之前，印第安人就已经掌握了美洲粮食作物种植办法，所以对新式农耕不感兴趣。但新的金属工具——锄、斧子、铲子给美洲农业带来了巨大变化。在哥伦布登陆美洲前，印第安人从没见过牛、羊、马。如今，这些牲畜改变了墨西哥和南美部分地区的土地利用模式。传教士利用印第安人劳动力建造了宏伟的教堂，并教会印第安人制作手工艺品，满足教会仪式和族人日常生活之需。
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因此，传教活动很快实现了自收自支。实际上，后来，巴拉圭以及新世界其他地方的传教士让传教活动变得有利可图。他们利用印第安劳动力制作产品，出口到欧洲，换成钱财后，再用到新世界其他地方。但这是后来发生的事情了。大部分传教活动仅够维持自身运转。不过，这足以让西班牙传教士和士兵连队在自己设定的范围内实现快速连续拓展。
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在新世界西班牙版图的边缘区，传教体系发挥了重要作用。但在中央区以及白银开采区，这种传教模式分崩离析。印第安人不再制作手工艺品，而是去银矿劳动。因为，西班牙普通移民在新大陆发了财之后，不愿意再干力气活。他们赚钱的普遍手段是，借东西、借钱给印第安人。印第安人对借贷没有任何概念，而且一般偿还不起。根据法律规定，欠款人逾期不还，则应为债主工作。低廉的工资、宽松的借贷让印第安人处于永久性负债状态，对债主负有永久性义务。这种关系被称为“劳役偿债制”，仅在法律形式上与奴隶制有区别。
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通过这种方式，西班牙人强迫印第安人种田耕地、干家务活、采矿做工。而与此同时，不论是印第安人还是西班牙人，都处于教区牧师和主教的精神控制下，跟欧洲情况别无二致。在理论上，教会仍努力保护印第安人，政府官员仍支持传教活动。但实际上，法律上的漏洞让西班牙移民有机可乘，强迫印第安人在新殖民社会干各种苦活累活。就社会地位而言，西班牙人处在上层，印第安人位于底层，中间阶层是父亲为西班牙人、母亲为印第安人的混血儿。在非洲奴隶贸易地区，也产生了其他混血群体，有的是黑人和印第安人混血，有的是黑人和西班牙人混血。
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时间一长，这些中间阶层群体人数越来越多。这意味着，原有简单的西班牙—印第安人关系变得界限模糊。但教会和官僚机构一直高高在上。二者相辅相成，维持着新世界的社会秩序，不惜一切手段确保西班牙天主教移民的社会地位，对怀疑、反对教会的行为予以坚决镇压。其结果是，一个井然有序、庄严肃穆的社会在新世界诞生。这个社会靠闪耀的白银矿产和恢宏的教会仪式维持运转，受西班牙王室议会委任官员的精密控制。
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西班牙人在阿拉莫传教 这幅木版画作于18世纪，展现了西班牙边境传教活动中的社会结构。画面上，负责传教的神职人员从教堂里走出来，后面跟着一群人。这些人表情庄重肃穆。前景中，四个穿制服的士兵恭敬鞠躬。而背景中的印第安人反应不一。有的虔诚地跪在地上，有的站在一旁，瞪着眼睛看着。除了这三群人外，教堂一角还有一个人坐着，似乎对仪式完全不关心。从他穿着的欧洲服饰来看，他可能是当地的地主。这些人常与神职人员争夺印第安劳动力控制权。画家似乎有意刻画这样一个明显对宗教仪式不感兴趣的人物，以视觉形式展现弥漫在西班牙殖民社会中的紧张气氛。
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葡萄牙传教活动
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葡萄牙的传教活动有着不同的发展历史。从侧翼包抄伊斯兰曾经一度是恩里克王子的首要目标。瓦斯科·达·伽马最终绕过非洲发现新大陆后，这一使命仍未被遗忘。修士和牧师跟随葡萄牙探险者出海远航。他们不仅在海岸设立哨所，也建造教堂面向当地传教。麻烦在于，当地居民并不愿意接受传教士的布道。在印度和中国，基督教已耳熟能详，但印度教徒和儒家学者感觉基督教起不到什么作用。在他们眼中，只有无足轻重的局外人才会信仰基督教。这些人可能有坚船利炮，但肯定不懂得上帝和宇宙的奥妙所在。
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在印度洋海岸上，伊斯兰教遍地开花。因此，葡萄牙传教士每到一处，都与穆罕默德的追随者形成了直接竞争关系。通常，穆斯林更有说服力。原因可能是，他们较少要求当地人改变原有风俗习惯。尤其是苏菲教派，教义弹性很大，修行方式灵活。简而言之，伊斯兰宣教者允许信徒以不同方式敬奉真主。而基督教要求遵守所有圣事，特别禁止一夫多妻。但在非洲和东南亚部分地区，富豪显要都娶有多位妻子，并认为妻室越多，身份越显赫。这种局面导致基督教受冷落。
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就算是葡萄牙传教士在初期获得成功，长期效果也微乎其微。比如，在刚果王国，一个靠篡权走上王位的君主于1506年改信基督教，还给自己起了一个葡萄牙语名字“阿方索”。阿方索国王大力传播基督教，但同时也想垄断奴隶出口权。这一想法不得人心，刚果王国很快土崩瓦解，国王的基督教传播政策了无痕迹。
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非洲人多倾向于坚守故俗，信奉原有宗教。非洲社会从未出现过摒弃传统仪式信仰的情况。另外，葡萄牙人和其他欧洲人与美洲开展奴隶贸易，也让非洲人觉得基督教不可信。
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但在另一方土地上，基督教传教士受到了别样待遇。1549年，圣方济·沙勿略抵达日本，引起强烈反响。很多日本人喜欢来自欧洲的新奇事物，甚至在一段时间里，模仿欧洲人的穿衣风格和行为习惯。作为外来事物的基督教自然也受到追捧。日本很快成立了基督教会，并在一个多世纪里兴盛发展。
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除日本外，葡萄牙人的传教活动成绩平平。因此，葡萄牙帝国仍以海上防卫和贸易为主务，势力范围完全局限在港口和公海。葡萄牙人从来没有像西班牙人那样在新世界开辟幅员辽阔的内陆疆土。从这个角度来说，葡萄牙人给世界留下的是短暂的印迹，而西班牙人不仅征服了新世界的印第安人，还塑造、定义了中南美多数社会。
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巴西是个例外。在这里，葡萄牙人遇到了与西班牙征服民族相似的印第安人。但葡萄牙政府没有像西班牙那样，设立中央政府管理机构，建立有序帝国。相反，巴西被分裂为一大批地方政权。而且，因为没有白银收入，官僚机构不能有效管理地方事务。葡萄牙人役使印第安劳动力开发种植园（尤其是糖料种植园），却导致了一场灾难。印第安人感染上了葡萄牙人和非洲奴隶携带的疾病，大批死亡。不久，糖料生产主要由非洲奴隶承担。
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在这样的穷乡僻壤，传教活动几乎从来没有真正开展过。为获取劳动力，巴西的葡萄牙殖民者四面出击，为甘蔗田搜刮人力。这种环境产生不了西班牙保护性质的传教模式。种植园主既想剥削奴隶肉体，又想拯救其灵魂。被这样的主子奴役，巴西印第安人和非洲黑人根本不可能真正信仰基督教。
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欧洲探险产生的间接影响
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欧洲地理大发现深刻改变了流行于主要人种之间的人际关系概念。但除了意识上的变化，这一大发现还在世界范围内产生了三个具有根本意义的重要影响。这三大影响因沟通新模式导致，所以当代人很少或根本没有注意到。分别是：价格革命；疾病向新地区、新人口的传播；美洲粮食作物向欧亚非的传播。下面我们就每一影响简单解释如下：
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价格革命
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美洲白银供应量巨大，银币买不到相应量的商品，价格快速上涨。为买到同等数量的有用物品，需要更多白银。自然而然，价格革命最早在西班牙产生，西班牙人感受最强烈。一个世纪里，西班牙商品价格上涨了400%左右。在欧洲其他地方，也出现了小幅价格上涨，但涨幅要慢得多。不过，欧洲世界没有一个地方能逃过这一影响。因为，一个市场价格急遽上涨后，其他市场上的商品价格随之飞涨，最后趋于平衡。而且，这一影响并不局限在欧洲，还传到了奥斯曼帝国、印度和中国。
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但随着价格革命传遍文明世界，价格的重要性有所降低。欧洲从事商品买卖的人数比亚洲大部分地区都要多。在亚洲，农民占人口绝大多数，很少买卖商品。他们要做的是，将余粮供应给社会上层，以实物形式纳税缴租。因此，中国的价格体系虽然也发生了变化，但并未在多大程度上改变农民和地主的关系。印度和伊斯兰世界大部分地区也是如此。而在欧洲，价格革命打乱了买卖双方、借贷双方、地主和佃户、政府和纳税人的关系。一些阶层得利，另一些阶层受损。每个人都感受到不确定性的存在。几乎每个人都认为，贪婪邪恶者在一定程度上推动了价格上涨。但在那个时代，没有人知道白银供应与白银衡量的价格水平之间存在什么样的关系，所以就很难找出价格上涨因素，确定哪个人难辞其咎。
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缺乏现代金融常识，并不意味着传统日常关系的大动荡没有产生重要影响、变得容易让人接受。很多人受损，每个人都面临新的经济不确定性，欧洲公众急于找到替罪羊。德国路德教运动如火如荼，激起宗教纷争，很大程度上正是因为价格革命引起的经济混乱。价格革命导致的经济动荡贯穿欧洲未来数百年历史，在无数层面上真真切切地改变了人们的生活。价格变化得如此迅速、不平均，没有什么还会和以前一样。
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疾病感染
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第二大变化是通航导致的疾病传染。这一变化虽然列在第二位，但并不意味着重要性不及价格革命。在欧洲航海者登上新大陆前，当地人与外界接触很少。航海者得的病对他们来说完全是新病，具有毁灭性影响，尤以美洲印第安人染病身亡者为甚。这些病在欧洲是常见的儿童期疾病，但印第安人从未感染过，对此没有免疫力。因此，当麻疹、流感、百日咳，以及在欧洲都属于重病的天花在新大陆肆虐时，成千上万美洲印第安人殒命。没过多长时间，他们又不得不面对西非奴隶船上的流行病——黄热病、疟疾等等。