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8月27日，第3舰队大部在相模湾下锚，这是本州岛沿岸东京湾西南面一处三面被陆地环抱的浅水海湾。入湾舰队中有战列舰、巡洋舰和驱逐舰——但没有航空母舰，它们都被留在外海，在那里它们既能提供空中掩护，遭受反击的威胁也小一些。“密苏里号”靠泊在三浦半岛旁，位于海滨的历史名城镰仓附近。西边40英里以外，富士山隐约可见。日落时，从舰队的高处看去，太阳正对着富士山的背后，落日就如同坠入了那巨大的圆锥形火山口里。哈尔西将军和“阴谋诡计部”的其他成员纷纷涌上“密苏里号”的指挥舰桥走廊，观看这令人惊叹的壮丽美景，还让舰上的摄影师来把它拍摄下来。[19]近旁的战列舰“爱达荷号”上的一名军官说，太阳从视野中消失之后，富士山“放射出一道道耀眼的红色光芒，就像日本海军军旗那样。我们知道自己来对地方了”。[20]
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第二天拂晓，一队扫雷艇开始在东京湾入口处执行危险的扫雷任务。在港口的日本引水员的协助下，他们在海图上绘制出了安全航道，并用浮标标了出来。他们在海湾西南一角清理出了一块锚地，包括横须贺与横滨的沿海区域以及通往东京的河流的入海口处。“密苏里号”停泊在距离横须贺海岸约4英里，水深10英寻处，伴随的巡洋舰和驱逐舰就停泊在它周围。附近还有另外三艘战列舰，包括现在已经是尼米兹将军旗舰的“南达科他号”，他前一天刚从关岛飞来。
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从这里，美国人举目四望，目力所及之处尽是日本的地盘。这种感觉令人兴奋，却也令人紧张。有人觉得投降是个陷阱，觉得日本人想要背信弃义，发动进攻。因此舰队保持着一触即发的警戒状态，舰员各就各位，舰炮指向海岸。
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对于各个舰载机大队而言，和平初至的那几天和战时一样忙碌。8月16日到9月2日期间，第38特混舰队的飞行员们总共起飞了7 726架次，比战时任何相同长度的时间段飞得都要多。[21]舰载机向盟军战俘营投下了传单，要俘虏们留在营地内，等候盟军人员前来。“快要结束了，”一张这种传单上写道，“不要灰心。我们惦记着你们呢。我们正在实施能最快接到你们的方案。”[22]装着食物、衣物、药物和香烟的救援包挂在降落伞上扔了下来。在东京湾，有些战俘已经跑到海边，向美国巡逻舰艇喊叫，打信号。尼米兹于是授权展开救援。小艇开进河口，沿河而上，搭载上了东京附近战俘营里的俘虏。位于横滨外海一处人工岛上的臭名昭著的大森8号战俘营在8月29日被完全解放。到这一天结束时，超过700名盟军俘虏已被接回锚泊在海湾里的医院船“仁爱号”。这些饿得半死的人吃饭时狼吞虎咽，体重也飞速增长，常常每天能增重四五磅。
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8月30日，第4陆战团战斗群在横须贺上岸。他们保持着全副武装，做好了战斗准备，却没有遇到任何敌人，也没见到日本人耍花招的迹象。在一间仓库里，他们发现了一句刷在墙上的英文标语：“三敬美国海军和陆军！”[23]这个基地基本上已经被废弃，留守的几个日本兵只想着不要招惹麻烦。到夜幕降临时，已有1万陆战队和海军人员安全上岸。日军基地指挥官户冢道太郎海军中将对他们彬彬有礼，百依百顺。[24]户冢中将以深鞠躬向“米克”卡尼投降，卡尼被看到的景象弄蒙了，甚至有些警觉：“街上的小孩子都向我们比V字手势。你怎么看？”他发现日本人的友好态度“比阴郁或抵抗还令人恐慌……这真诡异”。[25]
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在横须贺，轰炸留下的毁坏痕迹随处可见，许多设施已是污水横流。一名陆战队军官回忆道：“他们显然已经放弃了；兵营的地面已有几个月未打扫，地上的灰土有半英寸到一英寸厚。设施的状况糟透了。我们每天都得清理粪池，用木车和超大号的桶运走粪便，那些桶还是漏的。街上、兵营、食堂里满是大群大群的苍蝇，我们花了几个月才修好排污系统，把这个地方清理干净。人员的健康状况令我忧心忡忡。”[26]当天下午稍晚时候，哈尔西将军来到岸上，发现军官俱乐部里“体形和胆子都大得出奇的老鼠到处乱跑”。[27]横须贺兵营里的床铺对美国人来说太短了，于是舰队赶紧送来了折叠床和吊床。“海蜂”们立刻投入了工作，修建厨房和食堂，修复电网和电话网，重新铺设道路，在机场跑道上抹了一层层沥青。在随后的几个星期里，他们还将建造起礼拜堂、冷库、棒球场、体育馆、自来水厂以及热水浴室。
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8月28日，第11空降师的先头部队乘坐首批C-54运输机在厚木基地降落，空运行动拉开序幕。他们受到了热情欢迎，日方人员又是敬礼又是握手，还有人护送他们来到原先神风队员居住的兵营，这里已经被打扫干净，准备好迎接他们的到来。食堂里还有热饭供应。到8月30日，已有超过300架C-54“空中霸王”运输机在冲绳和厚木之间往来穿梭，每一趟的航程是980英里。它们以每小时20架的频率在厚木降落，每3分钟1架。第38特混舰队的舰载机为它们提供全程战斗机护航。
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8月30日，麦克阿瑟来了。这天天高气爽，整个本州岛南部沿岸能见度良好。在乘坐他的C-54“巴丹号”专机从冲绳飞来的5个小时航程中，麦克阿瑟一会儿在走道里踱步，一会儿到驾驶舱里看看。当富士山出现在座舱风挡玻璃前方100余英里之外时，他便坐在右侧飞行员席不动了，直至航程结束。“巴丹号”从三浦半岛中部飞过，飞得很低，透过舷窗可以看到镰仓的巨大铜佛像。之后飞机在东京湾绕了个大圈，锚泊中的第3舰队清晰可见。飞机下降了高度，飞过青翠的旱田和水田。跨过机场围墙时，麦克阿瑟和他的飞行员能够看见被炸毁的机库和地面设施的废墟，还有被拆掉了螺旋桨的日本飞机。“巴丹号”在下午2点准时落地，跟随引导吉普滑行到一处停机区，那里已经聚集了一大群军官、士兵和战争通讯员。
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下飞机前，麦克阿瑟要机上的所有军官把佩枪卸下来丢在飞机上。这些武器没用，他说，因为“方圆十英里之内有15个全副武装的鬼子师团。如果他们真想干些什么事，我们的这些玩具枪也起不了什么作用”。[28]在他担任日本占领军司令的6年里，麦克阿瑟始终没有带过佩枪。麦克阿瑟的航空兵司令肯尼将军说，他后来才意识到这一姿态是心理上的神来之笔，因为“看见我们赤手空拳走在他们的国土上，看见我们对这7 000万人口的战败国中存在的危险全然无惧，鬼子们会留下极其深刻的印象。对于日本人而言，这意味着他们已经确凿无疑地输了”。[29]
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日本人凑到了大约50辆不同牌子、颜色、年份的小汽车和大巴，其中许多被改装成烧木炭驱动。这支五花八门的车队将把麦克阿瑟和他的团队送到横滨市区的新大酒店，为他们开路的是一辆启动时回火声响亮的破旧红色消防车。CBS的通讯员比尔·邓恩觉得似乎“这些破破烂烂、嘎吱作响，靠烧木炭驱动的汽车中，没有哪辆”像是能开完这18英里的样子。[30]麦克阿瑟爬进那辆林肯牌大轿车的后座，车队开上了满是弹坑的道路，穿过精心照料的水田和一排排小木屋。数千名端着枪的日军在道路两旁列队立定，每两米站一人，组成“举枪致敬”的队形，面朝路外，背对道路。美国人了解到这是一种表示尊敬的仪式。有些农夫会好奇地抬起头来看着路过的汽车，有些人甚至会挥挥手，但大部分人还是继续埋头干活。
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来到横滨市郊，美国人从地面上看到了他们空中轰炸的效果。成片的瓦砾中夹杂着一堆堆废墟，只剩下石头砌成的烟囱和混凝土办公楼的残垣断壁还矗立其中。他们看见贫苦的老百姓在废墟中寻找能吃的东西。许多人都住在木头、管子和波纹板临时搭建的棚子和窝棚里。横滨市区状况好一些，但也成了一座鬼城。“店铺的窗户都钉上了木板，遮光罩摘掉了，许多人行道也废弃了，”考特尼·惠特尼回忆道，“穿过空荡荡的街道，我们被送到了新大酒店，我们要在那里待到麦克阿瑟正式进驻东京为止。”[31]
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麦克阿瑟的车开到了酒店大门前，酒店经理和工作人员已经在大堂前的台阶上迎接他们了。他们看起来都因为能接待这些人而由衷地开心，就像这是什么莫大的荣耀一样。经理向他们深鞠躬，伸出手引路，并护送着麦克阿瑟进入电梯，来到他的房间。这是酒店最好的房间，里面的家具陈设有些老旧，但房间很干净。一个小时后，将军回到餐厅，享受了一顿牛排晚餐。他的助手担心饭里被下毒，但麦克阿瑟沉着地答道，“没人能永生”，接着就把肉塞进嘴里。[32]酒店经理后来感谢麦克阿瑟的信任，还说这是他和工作人员的“无上光荣”。[33]
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餐厅里挤满了盟军军官和战争通讯员，他们正从厚木陆续赶来。尽管如此，厨房总有办法拿出足够多的食物给他们吃。最后牛排吃完了，菜单上只剩下了油煎鱼。为了展示幕僚军官们的善意，麦克阿瑟要求他们吃鱼，即使不合胃口也要吃，因为“这无疑是他们唯一能拿出来给我们的食物了”。[34]
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后来，麦克阿瑟在酒店大堂重新见到了乔纳森·M.温赖特将军，他在1942年3月被留在科雷吉多尔岛担任指挥官，并于当年5月率领岛上守军向日本人投降。温赖特被关在中国东北的一座战俘营里，和包括1942年2月率领新加坡守军投降的英国将军A.E.珀西瓦尔在内的其他高级军官关在一起。两位将军全都饿得皮包骨头，他们的样子大大激怒了盟军。在整个战争期间，温赖特都担心他在科雷吉多尔岛的投降会令他蒙羞——确实，有一段时间麦克阿瑟曾向他的下属抱怨温赖特没能打到底。但是现在，一切都过去了。麦克阿瑟拥抱了他的老下级，说：“怎么会？吉姆，你的老部队还是你的，就等着你来要了。”[35]
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8月31日和9月1日，下起了瓢泼大雨。麦克阿瑟和他的幕僚班子搬到了设在海关大楼内的临时指挥部，那是距离酒店三个街区，靠近横滨海边的一座大型石头建筑。飞往厚木的空运一刻也没停，占领军源源不断地涌入了这个国家。到9月2日，美军哨兵们已经在酒店周围的路口和海滨搭建起了检查站和岗亭。第11空降师的部队向东京市郊挺进，但是在多摩川南岸止住了脚步，他们能看见日军部队就驻扎在河对岸。日本当局请求麦克阿瑟将美国人进入首都的时间推迟一个星期，好让他们有时间解除当地部队的武装，麦克阿瑟同意了。[36]
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与此同时，军队的高官和记者们还在不断飞往厚木。由于缺乏车辆，他们不得不拼车，这种时候，军衔的高低尊卑就发挥作用了，高级军官可以直接坐进等候着的小汽车。在从厚木到横滨酒店的18英里道路旁，几十辆坏掉的小汽车和烧木炭的大巴丢在沿途。等得久了，有时会有公交车前来接运滞留的乘客，而美国陆海军的将军们即便坐在这些拥挤车辆过道里的行李箱上也要尽力保持体面。乘坐这样一辆公交车时，有人看见苏联将军库兹马·杰列维扬科小心翼翼地保护着藏在衬衣袖子里和行李箱里的配发给他的伏特加。[37]
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8月31日飞到厚木的罗伯特·C.理查德森将军说：“道路很糟，全部坑坑洼洼而且很窄。道路穿过种满庄稼的绿色乡野和几座村庄，一切都极其简陋而贫困。这些糟糕道路两侧的人都脏兮兮的——无论男女。”[38]他发现横滨是“一座死城——没有生命，没有商店，也没有动静——只是偶尔会有手推车或电车开过”。[39]
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正式投降的签字仪式将在第3舰队旗舰“密苏里号”上进行，这艘舰是由杜鲁门总统的女儿命名的，用的是他老家的州名。这艘4.5万吨战列舰上的舰员们用水磨石把甲板打磨得连灰色防火漆下方的柚木都露了出来，所有铜件都被擦得像镜子那样亮，所有沾着油渍和生锈的地方都重新刷了漆。仪式的计划制订严格遵循海军礼仪和外交礼仪，精确到了分钟。仪式将在右侧上甲板上举行，这里位于一座16英寸前主炮塔高大的钢质炮座旁的一小块三角形露台上。所有出席者都被指定了站立位置，并标记在了甲板上。访客和战争通讯员上舰后，护送的水兵们会引导他们来到指定的位置上。[40]
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9月2日这天，天气反常地寒冷，空中阴云密布。早上7点过后不久，盟国的高级将领和签字代表便开始陆续上舰。驱逐舰靠上“密苏里号”的左舷，访客随即通过舷梯来到战列舰上。舰上的乐队演奏了几个盟国的国歌。当尼米兹上将上舰后，军舰的桅顶降下了哈尔西的四星将旗，升起了尼米兹的五星将旗。温赖特将军从未见过这种艾奥瓦级战列舰，张着嘴愣愣地看着那高大的上层建筑。“我真是无法相信会有那么大的东西，装那么多大炮，”他后来写道，“上面的火炮就像是一只巨大刺猬伸出的刺。”[41]
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麦克阿瑟一行人乘坐驱逐舰“布坎南号”来到了“密苏里号”上。这位盟军最高指挥官沿着右前方的舷梯上舰，在那里得到了尼米兹和哈尔西的迎接。他登上“密苏里号”后，桅顶升起了第二面三角形的五星将旗，高度和尼米兹的将旗相同。这种做法是没有先例的。海军礼仪规定，一艘军舰任何时候都只能升起一面将旗——以舰上的最高将领为准。但这本来就是史无前例的一天，而且没人想要去冒犯麦克阿瑟那些幕僚敏感的内心。
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尼米兹和哈尔西陪同麦克阿瑟来到哈尔西的住舱，三人在那里私聊了片刻。“米克”卡尼发现麦克阿瑟对哈尔西很熟悉，很友善，称他为“公牛”，对尼米兹则有些冷淡，显得更正式。[42]麦克阿瑟躲进哈尔西的私人卫生间待了一会。“土佬”罗兹在日记中写道：“我听见他在里面干呕，问他要不要我去请个医生来。他说他一会儿就好了。”[43]几分钟后，他走到了能够俯瞰上甲板的阳台上。摄影记者们看见了他，向他打招呼，要他向自己这边看。麦克阿瑟摆了个姿势说：“好的，孩子们，拍这里。”[44]
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报道这场仪式的媒体人员数量极多，共有来自全世界的225名通讯员和75名摄影师参加，其中还包括了日本同盟社的一个纪录片摄制组。军舰右舷栏杆外临时搭建了一个媒体平台，那里挤满了记者和摄影师。为了抢到更好的位置，不守规矩的新闻人员争先恐后地往前挤，甚至相互推搡起来。一名苏联报社的记者想要直接站到即将代表苏联签字的杰列维扬科将军身后。人家要他离开，他不干，说是有来自莫斯科的特别指示。于是斯图尔特·S.莫里上校找来两个强壮的水兵，抓着他的两只胳膊，把他往上拖了两层甲板，来到他的指定位置上。一些美国军官和外国高官被这一幕小插曲逗笑了，包括杰列维扬科将军，他哈哈大笑道：“好，好，好。”[45]
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出席者各就各位后，一名通讯员注意到，在这块小小的露天甲板上站着的美国陆海军上将和中将比二战之前就任的所有上将和中将都要多。太平洋战争中美国海军的众多顶级人物都来了，包括特纳、麦凯恩、洛克伍德、拉福德、博根、托尔斯、两个谢尔曼、两个斯普拉格——但是没有斯普鲁恩斯和米彻尔，尼米兹要他们远离此地，防止此时有自杀机杀出来，把太平洋舰队的高级将领一锅端干净。代表海军陆战队的是盖格中将和两名准将。代表美国陆军和陆军航空队的是背靠巨大16英寸炮塔列队站立的卡其色方阵，站在前排的有克鲁格、艾克尔伯格、肯尼、斯帕茨、史迪威和理查德森一众陆军将领。麦克阿瑟的参谋长萨瑟兰将军和消瘦憔悴的前战俘温赖特、珀西瓦尔站在一起，他们将在麦克阿瑟签字时直接站在他身后。胖墩墩的C.E.L.赫尔弗里赫将军身着白衣，代表荷兰签字；穿橄榄绿军服配黑色肩带的徐永昌将军代表中国签字；留着板刷胡子，头戴直筒高帽的雅克·勒克莱尔将军代表法国签字；代表英国签字的则是英国海军上将布鲁斯·弗雷泽爵士，他穿着像是小学生夏季校服的军常服，白色短衣短裤，白鞋子，白袜子提至膝盖处。加拿大、澳大利亚和新西兰的代表也出席了仪式。
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在甲板中央摆放着一张从“密苏里号”水兵食堂里搬出来的桌子，铺着一块普通的绿呢桌布。桌上放着两份投降文件，以及几支黑色钢笔。