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1700211722 想当厨子的生物学家是个好黑客 [:1700210501]
1700211723 想当厨子的生物学家是个好黑客 第二部分 阅读/编写
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1700211725 自打20世纪70年代和80年代第一批朋克举起了DIY的横幅,强烈反对商业音乐产业以及它所代表的文化疾病,“DIY(自己动手)”的概念便一直带有政治影响力。无政府主义路线、自由主义和梭罗〔1〕式的极端自立交织在一起,形成了美国版的DIY理念,这种理念一直展现出一种对企业家资本主义的健康热爱,尽管早期的朋克创建唱片公司、夜店、打印店的活动可能没有使用“小企业主”这样的标签。而硅谷版的DIY理念中,这种热爱一直以来都是据理力争的样子,突出书呆子和朋克之间长久却又别扭的联盟关系,而他们只不过是因为念高中时数年的社交排斥这个共同的原因才偶然撞在了一起。
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1700211727 将所有DIY爱好者团结在一起的这种特殊的理想主义,是一种支配一切的信仰,他们相信个人个可以在制度腐朽失效的社会中取得成功。自治可以激发创造力、鼓励创新精神,而官僚主义会阻碍改变的发生、惩罚冒险行为。开放的参与权能够孕育出革新,然而封闭的层级制度则会导致停滞不前和政治而不是进步。
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1700211729 但是,正如克里斯·凯尔蒂(Chris Kelty)观察到的,没有了人的力量,生物朋克也不会有任何成就。启发了生物朋克并且让他们的工作成为可能的大多数技术都出现于过去的40年中,这些技术来自于大学、公司和政府中的实验室。20世纪70年代,斯坦福大学和加州大学旧金山分校一起开发出了重组DNA技术,这两个学校也是国际著名生物技术研究中心。与此同时,著名高校的研究者也找到了第一个有效的方法来制造单克隆抗体,制造能识别特定致病细胞并对研发畅销的生物技术药物至关重要的细胞。
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1700211731 20世纪80年代早期,毕业于伯克利的研究者凯利·穆利斯开发出了用于复制DNA的聚合酶链式反应技术(PCR),当时他在鲸鱼座公司(Cetus Corp.)工作,这是世界上最早也是当时财务状况最好的生物技术公司之一〔2〕。最近,人类基因组计划可谓是金光闪闪,称得上是只有“大科学”才能完成的科学成就中的最光辉典范。花费了上亿美元、几十个实验室参与其中、耗时十几年、动用成百上千国家资助的研究者,最终才成就了这样一个业绩:一张完整的人类基因组图谱。
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1700211733 如今的生命科学DIY爱好者依赖于最新的信息技术。个人电脑和移动设备变得非常普遍,就像互联网一样,这些都使个人拥有了史无前例的数字自主性。与此同时,这些发明中的每一个都是现代资本主义整个社会政治经济的一个缩影。毕竟,互联网最初是作为一个军事项目开始研发的。
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1700211735 那么,在如此巨大的体制内成就的基础上建立一个亚文化圈,再给它冠名为DIY,是不是有点虚伪?
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1700211737 也许不是。梭罗从未真正在瓦尔登湖畔的小木屋里过上自给自足的生活。但是《瓦尔登湖》书中关于他这段经历的故事改变了美国文化当中的诸多理念,激励了几代人去重新思考他们与社会、自然和自己的关系。同样,DIY生物技术家的真正意义也许并不在于任何具体的技术成就,而在于他们所提出的这些挑衅性的问题。事实上,美国的DIY运动从未涉及到脱离社会的问题,它只是想巧妙地重塑社会规范。生物朋克制造自己的实验工具并非为了保持对现有系统的绝对独立。他们想促进大家来探讨这个现有系统的工作效率如何,这个系统究竟为谁服务。
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1700211739 2010年1月,凯尔蒂组织了第一届致力于讨论制度外生物技术这一概念的学术会议。他把这次会议定名为“非法生物学?”,这激怒了一些自认为是DIY爱好者的人。但是凯尔蒂主张,这个名字可以促进大家对“为什么DIY生物技术一开始会让大家感到焦虑”这个话题的讨论。最后他说,答案其实跟耸人听闻的生物技术灾难没太大关系,它其实是质疑科学研究方法的。比如,“谁在制定议题?谁是真正在创新的人?面对像‘大生物’和‘大制药’这样的强大主宰者时,个人究竟可以做些什么?谁能修改什么?”
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1700211741 今天,对于最后一个问题的答案是“有史以来最多的人都可以参与其中。”过去十年中,两项联系紧密的技术永远地改变了我们与生物技术的关系,也改变能够参与其中的标准。读取和编写DNA变得前所未有的容易,而且容易得模糊了“大科学”〔3〕和平民科学之间的界限。DIY理念渗透到了直接面对客户的基因扫描中,青少年成了用基因建造机器的先锋。如果合成生物学取得了成功,那遗传工程有朝一日就会变得像启动笔记本电脑一样容易。廉价的DNA测序仪和更加便宜的数字存储设备意味着我们每个人很快都能在智能手机里装一份自己的个人全基因组扫描。随着读写DNA变得越来越像处理计算机中的比特与字节一样,更贴近人类的遗传学逐渐成为我们日常生活中的一部分。当这成为现实时,我们会发现每个人都变成了DIY生物学家。
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1700211747 想当厨子的生物学家是个好黑客 第11章 你的DNA到底是什么意思
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1700211749 20世纪80年代,他潜伏在洛杉矶最贫穷的社区街道中,将妇女勒死或枪杀。7名妇女惨遭毒手后,枪杀告一段落。2002年,凶杀案再度开始。新闻界将他称为“残酷睡客”(Grim Sleeper),因为两次屠杀中间隔了很久。调查员取得了一些线索,但是外面的警探从没有明确的嫌疑人。
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1700211751 同时,洛杉矶以北数百英里外,加州的一个贫穷、以谋杀案多发闻名的城市——里士满市,一个实验室的政府基因检测员在进行一项常规检查时发现了些奇怪的结果。在一个叫做家族DNA搜查的项目中,州立实验室正在将一名被判涉枪重罪的男子的DNA与加州犯罪数据库的记录进行核对。虽然隐私权拥护者表示反对,但2008年,加州的执法人员开始搜索罪犯DNA和历史未破案件中的DNA证据,寻找遗传相似性。调查员不仅查询直接匹配点,还开始寻找相同的Y染色体,Y染色体在男性亲属中几乎完全一致。Y染色体匹配不仅仅意味着嫌疑人可能是罪犯本人,也有可能是他的儿子、叔伯、兄弟和侄子。
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1700211753 在这个案件中,31岁的克里斯托弗·富兰克林(Christopher Franklin)的DNA与“残酷睡客”犯罪现场中找到的样品部分匹配。嫌疑转向了富兰克林的父亲——57岁的小朗尼·富兰克林(Lonnie Franklin Jr.)。特工对他进行了严密的监视,并在跟踪他时偷偷拿到了一块他丢弃的匹萨饼皮,并从中获取了一份最近的DNA样品。这一样品也和犯罪现场中的DNA匹配。调查人员宣布小朗尼·富兰克林就是残酷睡客。
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1700211755 迄今为止,在比较基因组学方面,利用家族DNA搜索技术抓获连环杀手,是最有轰动潜质的用法了。但是用来追捕残酷睡客的技术并不能被执法部门垄断。只要花149美元,任何能够上网的人都可以从Ancestry.com上面买到与抓获富兰克林的检测技术一模一样的检测,用来追踪自己“遗传近亲”。这个网站声称,顾客可以用检测结果找到自己的近10万年前的父系祖先。
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1700211757 曾经,DNA是尖端科学和凶案调查组的专属领域,如今它已经变成了日常生活的一部分。在不到十年的时间里,成本极高、耗时十多年的人类基因组计划已经让位给了快速廉价的测序仪,这些测序仪测完一个人的全部DNA只需要花一辆廉价二手车的价。(这个领域中很多人都相信,未来10年中,对个人全基因组测序的成本会接近无穷小。)而社会刚刚开始消化这种剧烈变化——我们能了解自己的生物本质——背后的含意。但是,不仅包括生物朋克,也有普通消费者的越来越多人明白,可以开放地接触DNA对他们来说意味着什么。他们想更深入地了解自己、他人、世界上所有生物,以及我们还未想象出来的生命。而且,他们也不想等着其他人来告诉自己能知道什么和不能知道什么。
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1700211759 现在,中产阶级的消费者都有机会了解人类基因组的全部30亿碱基对,科学界也以同样的速度扩展着对这些碱基背后含意的理解。快速的DNA测序让科学家能够着手对个体遗传差异进行广泛的研究,这些研究揭示了具体基因的实际功能,以及它们会给健康带来何种风险。这些研究已经让人类深刻理解了肥胖、精神疾病、致命疾病、日常行为等内容。即使现在,我们自身几乎没有信息能够躲过遗传审查。几乎没有遗传学家会断言先天完全决定后天,但是大多数人都主张,基因永远是两者关系的关键。
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1700211761 长久以来,直线下跌的DNA测序价推动了这样一种预测,即很快每个人的医疗记录上都会附带一份本人的完整基因组信息。一些商业机构将数百万资金押宝在所谓的个性化医疗,以及基因的破译能更好地诊断、治疗和预防疾病这样的希望上。而对于生物黑客来说,廉价的DNA扫描对于他们的意义不止如此。
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1700211763 “一旦给环境中的DNA测序价格变得只有5美元这样便宜,大家肯定会等不及要给能测序的都测了。”麦肯齐·考威尔对我说。
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1700211765 现在,5美元只能让你解读一条DNA链上大约20个碱基的顺序。这点信息太少了,不足以解读出什么有价值的东西。而且,你要读取信息的DNA样品中,必须包含同样基因序列的无数个拷贝,同时样品也必须达到相当的纯度。如果样品中混杂了太多其他基因的片段,这会使DNA扫描异常,导致读出不准确的序列。
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1700211767 由于第三代测序技术的出现,上述限制条件如今都变得不那么严格了,同时,测序价格也大大降低。随着软件可以尽量预测你要测定的类型和你的关注点是什么,最新的测序技术能够利用精细的算法过滤掉遗传噪音。随着这项技术不断改进,即时测序的能力也逐渐提高。对那些想要知道自己把何种微生物带进了实验室的生物黑客来说,他们只需要用棉签蹭一蹭鞋底,把样品装在小管子里寄出来就可以了。他们随后就能收到一封电子邮件,里面详尽地展示出他们发现的那些生物的DNA序列,而一条序列的价格不过是几美元而已。
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1700211769 尽管DIY生物技术仍旧是一个小型的亚文化圈,但直销形式的基因组学将遗传时代带入了美国和世界各地的家庭当中。与最近其他现象不同,透过DNA扫描创业公司,我们能够窥见,遗传信息将不再隐藏于精英大学和医院诊所里致力于研究罕见疾病的实验室。尽管我们是自己的基因造就的生物,但是,我们可能很快就可以知晓自己的遗传档案,并因此能够更多地参与自身决策。从某种意义上讲,我们都变成了DNA玩客,做出关于我们的生活和生活方式的选择,试图通过挖掘埋藏在基因中的潜力改变我们的未来。
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1700211771 开始,媒体都在巴结测序公司。他们为什么不呢?2007年安妮·沃西基(Anne Wojicicki)和琳达·艾维(Linda Avey)刚刚创办23andMe〔4〕公司时,只有少数科学名人已经将自己DNA中的全部30亿碱基进行全部测序。毕竟,人类基因组计划耗时13年、花费27亿美金才测通了第一个完整的人类基因组,这个项目在2003年才终于完成。仅4年之后,谷歌公司创始人之一谢盖尔·布林(Sergey Brin)的妻子——沃西基(Wojcicki)就告诉广大消费者,他们也能够解开自己DNA里的秘密,只需要花999美元再收集一管自己的口水就行了。
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